福建省输入性D8基因型麻疹病毒分子流行病学特征

为分析福建省输入性D8基因型麻疹病毒分子流行病学特征,采集咽拭子标本采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(Real-time RT-PCR)筛查麻疹病毒核酸.用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒核酸筛查阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物,对麻疹病毒核蛋白(Nucleoprotein,N)羧基(COOH)端634个核苷酸(Nucleotides,nt)片段进行测序分析,构建系统进化树.最终分离获得1株麻疹病毒株,26条麻疹病毒N蛋白羧基末端450个nt序列.亲缘性分析发现,所有福建麻疹毒株与WHOD8基因型参考株(MVi/Manchester.GBR/30.94)在亲缘关系树上同属一个大分支,两者核苷酸序列和氨基酸(Amino acid,aa)序列同源性分别为96.4％～99.1％和96.7％～98.0％.其中2014年的福建毒株 MVs/Fujian.CHN/28.14和 MVs/Fujian.CHN/30.14与越南胡志明市2014年分离株MVs/HoChiMinh.VNM/11.14及美国纽约2013年分离株MVs/New.York.USA/19.13的nt同源性为 100％;2019年的毒株MVs/Fujian.CHN/25.19与泰国龙仔厝府2018年分离株MVs/Samut.Sakhon.THA/8.18的nt同源性为100％;而剩余的23个监测毒株则与日本神户2019年分离株MVs/KobeC.JPN/28.19的核苷酸同源性和氨基酸同源性最高,分别为99.6％～100.0％和99.3％～100.0％.在病毒N蛋白羧基端150个氨基酸位点上,福建株与WHO D8参考株存在3～5个氨基酸位点差异.而与现用的疫苗株(Shanghai-191)相比,存在17～19个氨基酸变异位点,其中有14个氨基酸位点为所有福建株共有的变异位点,这些位点的变异总体上未对编码蛋白的氨基酸造成明显改变.结论是福建省成功分离获得1株D8基因型麻疹毒株.D8基因型为福建省发现的输入性麻疹基因型,病毒N蛋白羧基端氨基酸位点上与疫苗株相比均出现了差异位点.     

福建省2015～2018年风疹病毒分子流行病学特征

风疹病毒(Rubella virus,RV)的分子流行病学监测是控制和消除风疹的重要途径。为了解福建省2015～2018年流行RV的变异特征,并探讨其流行规律,本研究收集2015～2018年福建省风疹病例咽拭子标本并开展病毒分离,采用RT-PCR方法扩增RV的E1基因739个核苷酸片段并进行序列测定,随后与WHO的13个基因型的32条RV参考株序列比对进行基因型别鉴定,并与GenBank数据库中2010年以来国内外流行1E和2B基因型RV代表株进行比对分析。最终从2015～2018年279例风疹病例中共分离获得113株RV毒株,基因型别鉴定结果显示,25株为2B基因型,88株为1E基因型,后者均来自2018年。2B基因型RV存在4个进化分支(Cluster 1～4),福建省2B基因型RV毒株均属于Cluster1分支,与国内多数省份流行情况一致。1E基因型RV存在6个进化分支(Lineage 0～5),福建省1E基因型RV毒株属于Lineage 5b分支,不同于我国2018年之前流行的1E基因型RV毒株(Lineage1),两者之间的核苷酸和氨基酸遗传距离分别是0.035～0.050和...     

福建省脊髓灰质炎疫苗转换前后AFP病例病原学监测结果分析

自2016年5月1日起,我国与全球另外154个国家和地区同步实施脊髓灰质炎(以下简称"脊灰")疫苗免疫策略转换,停用三价口服脊灰减毒活疫苗,改用二价口服脊灰减毒活疫苗.为探讨脊灰疫苗转换对福建省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测结果产生的变化,本研究收集2012-2018年福建省AFP病例的流行病学及实验室监测数据,对脊灰疫苗转换前后AFP病例的监测结果进行描述性分析,采集AFP病例及其接触者粪便标本,并使用RD细胞和L20B细胞进行病毒分离;对L20B阳性分离物进行脊灰病毒(Poliovirus,PV)的型内鉴别(Intratypic differentiation,ITD),对PV衣壳蛋白VP1编码区核苷酸序列测定和分析.使用SPSS 21.0软件对数据进行统计检验,比较采用X2检验.结果显示,2012-2018年福建省累计报告AFP病例1 776例,根据AFP病例分类流程确诊的AFP病例1 283例,排除的非AFP病例493例,疫苗转换前后报告发病率平均为2.83/10万和2.71/10万.实验室共检测3123份粪便标本(包括AFP病例、非AFP病例及接触者),其中合格标本采集率为92.42％,7日及时送检率为97.85％,14日内病毒分离完成率接近100％,疫苗转换前后PV平均分离率分别为1.91％(38/1986)、1.58％(18/1137),非脊灰肠道病毒平均分离率分别为10.22％(203/1 986)、5.45％(62/1 137).2016年5月1日之前分离出Ⅰ型PV6株,Ⅱ型PV 13株,Ⅲ型PV 19株;2016年5月1日之后分离出Ⅰ型PV 6株,Ⅲ型PV 12株.本研究结果提示,脊灰疫苗转换前后福建省AFP监测系统运转正常,始终保持较高的敏感性和及时性.2012-2018年福建省分离出的PV均为脊灰疫苗株,毒株血清型别以Ⅲ型为主,VP1编码区核苷酸以低变异为主,未发现疫苗衍生脊灰病毒及脊灰野病毒,疫苗转换后再未检出Ⅱ型PV,提示Ⅱ型脊灰疫苗株病毒可能已被阻断.     

福建省慢性HBV感染者HBV基因S区、基本核心启动子区和前C区基因变异特征分析

为研究福建省慢性HBV感染者HBV基因多样性及变异规律,了解该人群HBV-DNA的病毒学特征。收集慢性HBV感染者血清标本,通过巢式PCR法扩增其HBV基因序列,比对NCBI数据库中标准基因型序列,分析HBV基因S区,基本核心启动子区(BCP)及前C区的序列变异情况,并对这些变异可能造成的病毒抗原表达,疫苗逃逸,患者病症改变等情况进行探讨。最终成功扩增82例HBV全长基因序列,其中B基因型56例,C基因型26例。基因组特定功能区序列分析发现慢性HBV感染者HBV基因在S区(23.2%)、BCP区(61.0%)和前C区(29.3%)均出现了不同程度的变异。其中主蛋白(HBsAg)主要抗原决定簇a决定簇45.8%位点出现了变异,这些变异位点中包括与肝炎重症化及免疫逃逸密切相关的位点(aa126、aa129、aa145等)。位点G1896A(19.5%),G1764A(11.0%)和A1762T(9.8%)依然是BCP/前C区的主要突变位点。而位点A1752G(25.6%)高突变率的出现在BCP区应引起关注。此外位点G1764A(χ~2=5.742,P=0.030)、A1896G(χ~2=14.392,P=0.000)以及A1762T/G1764A(χ~2=7.289,P=0.012)的突变更容易发生在HBeAg阴性的样品中;而位点A1846T(χ~2=11.882,P=0.003)、A1762T(χ~2=6.561,P=0.038)和A1896G(χ~2=6.958,P=0.030)的突变与HBV-DNA的病毒载量存在一定相关性。总之,福建省慢性HBV感染者在HBV不同基因功能区域均存在不同程度的变异,一些与HBeAg表达情况、HBV-DNA载量、疫苗免疫逃避及肝细胞癌发生具有相关联的变异位点已经出现,BCP区A1752G位点的高频率出现应值得关注,对于这些变异位点的患者应加强监测。     

2011～2014年中国福建龙岩市Echo 30型病毒分子流行病学特征分析

了解中国福建省龙岩市2011~2014年病毒性脑炎散发病例中Echo 30分子流行病学特征。收集病毒性脑炎或中枢神经系统感染脑脊液标本,细胞培养分离病毒,RT-PCR扩增VP1基因序列全长以鉴定Echo 30血清型及遗传特征分析。2011~2014年共从608例监测病例中分离到168株肠道病毒,其中60株为Echo 30;60例Echo 30相关病例分析显示,Echo 30流行高峰为6~8月;波及年龄范围广,以小于10岁高发(65%);临床症状以发热、头痛和呕吐为主,脑脊液清,细胞和蛋白含量检测多增加。VP1区分析显示,2011~2014年龙岩流行株均属于h基因型,但有两个传播链共同循环;与2011年导致福建省病毒性脑炎暴发毒株高度同源,但2014年龙岩株均在VP1蛋白I 120V出现新氨基酸变异。福建省2011年暴发流行株仍流行于龙岩市,且两个传播链病毒仍共同循环,但2014年病毒株出现了新的变异,持续监测将有利于早期发现病毒变异积累和评估疾病流行的风险。     

肠道病毒ECHO13中国分离株的基因特征

为研究ECHO13病毒中国分离株的分子特征及其与世界其它分离株之间的基因关系,对1998年、2000年从中国福建省分离到2株ECHO13病毒进行基因序列对比分析.2株病毒分别命名为Fujian98-1和Fujian00-1,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因全长861个核苷酸片段并进行序列测定,将2株ECHO13病毒的VP1序列与所有已发表的ECHO13病毒VP1基因全长进行同源性比较.结果显示,福建分离株之间核苷酸同源性为79.6%,氨基酸同源性为93.4%;与遗传距离最近的法国CF1089-91(AJ537604)毒株的核苷酸同源性分别为80%和88%,与代表株Del Carmen的核苷酸同源性分别为75.8%和77.9%.通过VP1基因分析,福建2株病毒均属于ECHO13病毒,与血清中和试验鉴定结果一致.下载所有已发表的ECHO13病毒VP1序列并构建进化树,发现福建2株病毒分属不同的分枝,提示这2株病毒来自不同的病毒传播链.进一步分析发现,整个ECHO13病毒可划分为3个不同的基因型:A、B和C基因型.福建Fujian98-1和Fujian00-1分别被划分在基因型B和C中,各基因型之间的核苷酸差异均大于20%.为验证该分型方法,将26株来自不同国家和时间的ECHO13病毒和2株福建分离ECHO13病毒部分VP1基因序列进行对比分析,建立进化树.结果显示,所有ECHO13病毒被分在A、B和C3个基因型中,而2株福建分离病毒仍然被分在B和C基因型中.除了B基因型1株病毒以外,所有3个基因型之间的核苷酸差异均大于15%,与VP1全长分型结果基本一致,说明部分VP1序列的基因分析也能用于对ECHO13病毒进行规律和分子流行病学的研究中.该研究首次报道了ECHO13病毒中国分离株的VP1蛋白基因全长序列,并推荐按VP1基因全长核苷酸差异≥20%作为划分基因型的标准,将已知的ECHO13病毒划分为A、B和C3个基因型.同时也可用病毒VP1基因5′端部分序列替代VP1全长序列来划分基因型.     

福建省2012-2020年麻疹野毒株分子流行病学分析

为了解2012-2020年福建省麻疹野毒株病毒核蛋白N基因及H基因的变化,探讨其流行规律,本研究收集2012年-2020年福建省各地市级麻疹风疹网络实验室检测麻疹病毒核酸阳性的麻疹疑似病例咽拭子标本开展病毒分离,应用RT-PCR方法扩增MV的N基因羧基末端450个核苷酸片段并进行序列测定,通过与WHO推荐24个麻疹病毒基因型参考株、中国S(Shanghai,上海)191疫苗株、H1a中国代表株（China93-2）进行对比分析,从2012-2020年共收到1217例麻疹核酸检测阳性的疑似麻疹病例的病原学标本中,共分离出83株麻疹病毒野毒株,其中76株为H1a亚型,5株B3基因型,2株D8基因型。H1a亚型可分为2个独立谱系Lineage1～2,MV H1a基因型毒株间核苷酸及氨基酸同源性为99.82%～99.98%和99.91%～100%。2018年及2019年福建省首次分离到B3基因型麻疹病毒及D8基因型麻疹病毒为输入性基因型,B3基因型毒株高度同源,D8基因型毒株同源性100%。H1a基因型为福建省本土野毒株优势基因亚型,不同地区不同年代存在同一野毒株持续循环,同一地区同一年份也具...