基于转录组测序的黄芩素对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的研究

目的 通过转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)初步探讨黄芩素对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的作用机制。方法 采用VITEK MS质谱检测仪和Vitek2-Compact药敏分析对菌株T3进行鉴定和药敏试验。通过微量肉汤稀释法测定黄芩素(baicalein, BE)对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌T3的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)。用Illumina NovaSeq 6000转录组测序平台对1/2 MIC黄芩素处理的肺炎克雷伯菌株T3和正常对照组进行RNA-Seq;利用Trimmomatic、Rockhoppe、edgeR和Goatools等生物信息学工具软件处理转录组数据,并分析得到的2组间差异表达基因、基因本体论(gene ontology, GO)注释、GO富集及KEGG代谢通路。结果 菌株T3为对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌,黄芩素对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌T3的MIC为160μg/mL。与对照组相比,黄...