KELMPSP:基于核极限学习机的假尿苷修饰位点识别

假尿苷(ψ)是RNA序列中的一种化学修饰,其在基因转录过程中,由酶的催化作用而形成。它是目前所发现为数最多的一种RNA修饰,并且在正常行使生物学功能方面扮演着重要角色。因此,假尿苷修饰位点的识别是一个非常重要的研究领域。随着RNA序列数据的急速增长,基于机器学习识别假尿苷位点的方法相继提出,但其识别精度有待提高。因此,本文提出了一个新的融合核苷酸化学性质、核苷酸浓度和位置特异性的单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸偏好特征的序列编码方式,并基于此编码方式和核极限学习机（Kernel Extreme Learning Machine, KELM）算法,构建了一个新的假尿苷位点预测器,该预测器被称为“KELMPSP”。通过Jackknife测试和独立数据集测试表明,KELMPSP明显优于现有的假尿苷位点预测器。KELMPSP可以通过网站：http://39.10577.161:8890/KELMPSP进行使用。