以重组TACE胞外功能域从噬菌体随机肽库中筛选TACE的抑制肽

肿瘤坏死因子转换酶 (TACE)是加工裂解TNF-α前体的关键酶 ,参与了许多炎症的发生发展过程。为通过肽库筛选得到TACE的抑制肽 ,首先制备筛选靶分子 ,用RT PCR从人外周血单核细胞中分别扩增出TACE的催化区 (T800 )和整个胞外区 (T1300 ) ,然后分别克隆至pET-28a和pET-28c中 ,转化大肠杆菌BL2-1(DE3) ,经IPTG诱导表达出带有His-tag的目的蛋白 ,两者均为包涵体 ,变性复性后过Ni²⁺-NTA亲和层析柱得到纯度达90%的重组蛋白。以纯化的重组T800和T1300分别筛选噬菌体展示随机 15肽库 ,对筛选克隆进行ELISA检测、竞争抑制实验和序列分析。从两个独立的筛选过程中得到一个相同的阳性克隆序列“TRWLVYFSRPYLVAT” ,固相Fmoc法合成该短肽 ,观察其在LPS诱导人单核细胞产生sTNF-α中的作用。结果表明 ,筛选到的短肽可显著抑制TACE的活性 ,减少TNF-α的分泌 ,抑制率可达 60.3% ,为抗炎小分子药物的设计和改造提供线索和依据。     

重组人TACE的解整合素域对人肺腺癌A549体外增殖、粘附和侵袭的抑制作用

为了解人TACE的解整合素域对肿瘤细胞粘附和侵袭的影响以及其独立于其他结构域发挥作用的能力,从单核细胞系THP1中提取RNA,RT-PCR扩增出TACE全长基因,构建了pMD18T-TACE载体。对pMD18T-TACE质粒进行PCR,分别扩增T300(300bp,编码解整合素域)、T800(800bp,编码酶催化域)及T1300(1300bp,编码胞外域)三个片段,将其分别亚克隆至表达载体pET28a( )。把质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),表达产物均以不溶性包涵体形式存在。经过溶解包涵体、BBSTNTA树脂柱亲和层析并透析复性,获得高纯度的三种活性蛋白。MTT法、细胞粘附实验、Transwell小室侵袭实验分别显示TACE解整合素域、胞外域蛋白均能明显抑制A549细胞的增殖,且以剂量依赖性的方式抑制A549细胞与纤维粘连蛋白的粘附,并能抑制Transwell小室中A549细胞对Matrigel模拟的天然基底膜的侵袭,而酶催化域蛋白则无相应的抑制能力。表明重组TACE解整合素域蛋白可独立抑制肿瘤细胞的增殖、粘附和侵袭,为深入研究该区域的作用及TACE在肿瘤发病中的机制提供了新的认识。     

基于SVM和平均影响值的人肿瘤信息基因提取

基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段。借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向,有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法。鉴于肿瘤基因表达谱样本数据维数高、样本量小以及噪音大等特点,提出一种结合支持向量机应用平均影响值来寻找肿瘤信息基因的算法,其优点是能够搜索到基因数量尽可能少而分类能力尽可能强的多个信息基因子集。采用二分类肿瘤数据集验证算法的可行性和有效性,对于结肠癌样本集,只需3个基因就能获得100%的留一法交叉验证识别准确率。为避免样本集的不同划分对分类性能的影响,进一步采用全折交叉验证方法来评估各信息基因子集的分类性能,优选出更可靠的信息基因子集。与基它肿瘤分类方法相比,实验结果在信息基因数量以及分类性能方面具有明显的优势。     

重组人TAGE的解整合素域对人肺腺癌A549体外增殖、粘附和侵袭的抑制作用

为了解人TAGE的解整合素域对肿瘤细胞粘附和侵袭的影响以及其独立于其他结构域发挥作用的能力,从单核细胞系THP1中提取RNA,RT-PCR扩增出TAGE全长基因,构建了pMD18T-TAGE载体.对pMD18T-TAGE质粒进行PCR,分别扩增T300(300bp,编码解整合素域)、T800(800bp,编码酶催化域)及T1300(1300bp,编码胞外域)三个片段,将其分别亚克隆至表达载体pET28a(+).把质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),表达产物均以不溶性包涵体形式存在.经过溶解包涵体、BBST NTA树脂枉亲和层析并透析复性,获得高纯度的三种活性蛋白.MTT法、细胞粘附实验、Transwell小室侵袭实验分别显示TAGE解整合素域、胞外域蛋白均能明显抑制A549细胞的增殖,且以剂量依赖性的方式抑制A549细胞与纤维粘连蛋白的粘附,并能抑制Transwell小室中A549细胞对Matrigel模拟的天然基底膜的侵袭,而酶催化域蛋白则无相应的抑制能力.表明重组TAGE解整合素域蛋白可独立抑制肿瘤细胞的增殖、粘附和侵袭,为深入研究该区域的作用及TAGE在肿瘤发病中的机制提供了新的认识.