耳叶牛皮消的全长转录组测序及其重要活性物质代谢通路的分析

耳叶牛皮消(Cynanchum auriculatum)为萝藦科(Asclepiadaceae)植物,具有较高的营养价值和药用潜力,是中国传统的药食同源兼用植物。当前耳叶牛皮消的相关研究以活性物质的提取和分类为主,但分子水平的研究较少。本研究借助PacBio三代测序平台,对‘滨乌1号’耳叶牛皮消的转录组进行测序,获得高质量Unigenes共42 710条,总长度为113 782 167 bp。将上述Unigenes与Nr、KEGG、GO、COG、Swissprot、Pfam等数据库比对,分别获得41 642、19 502、21 997、31 150、37 710、37 433条注释,其中在“氨基酸代谢”(1 967条)、“脂质代谢”(1 503条)、“萜类化合物和聚酮化合物代谢”(350条)等通路的注释有助于揭示耳叶牛皮消的药理物质代谢机制。进一步分析表明,类黄酮合成通路上可注释到29条Unigenes,黄酮和黄酮醇合成通路上可注释到2条Unigenes;类固醇合成通路上可注释到68条Unigenes,油菜素类固醇合成通路上可注释到12条Unigenes。通过这些潜力基因的鉴定,可以为...     

秋葵AeMYB1R1转录因子基因克隆及对胁迫的响应北大核心CSCD

MYB转录因子家族广泛参与了植物对干旱、盐渍、冷害等非生物胁迫的应答。为了深入研究秋葵[Abelmoschus esculentus(L.) Moench]中的MYB类转录因子,该研究以‘北海道1号’秋葵为研究对象,采用PCR方法克隆AeMYB1R1基因,并借助生物信息学进行特征分析;采用qRT-PCR荧光定量方法分析其表达模式及其在非生物胁迫下的表达特性。结果表明:(1)成功克隆获得1个秋葵AeMYB1R1基因;该基因包含1个1 056 bp的开放阅读框,编码352个氨基酸;序列对比和系统进化树结果显示,AeMYB1R1在植物进化过程中具有较高的保守性;AeMYB1R1蛋白分子量为37 891.57 Da,等电点为8.75,含有较多的谷氨酸和较少的色氨酸,以及较多潜在的磷酸化位点和糖基化位点。(2)结构分析显示,AeMYB1R1蛋白主要由α螺旋和无规则卷曲构成,无信号肽和跨膜结构,为疏水性蛋白;同时,氨基酸序列在第104至第156位含有一个保守结构域,表明其属于SHAQKYF类MYB家族转录因子。(3)qRT-PCR结果显示,AeMYB1R1基因在秋葵叶中的表达量最高,其次是根和茎,具有组织表达特性;与高温和低温胁迫相比,在盐胁迫和干旱胁迫中AeMYB1R1表达量更高,说明AeMYB1R1可能是秋葵抗盐和抗旱的关键转录因子。研究结果为AeMYB1R1基因在秋葵生长发育和抗逆机制中的功能研究奠定了理论依据。     

基于地形梯度特征的福州市景观格局演变

地形是土地景观格局变化的重要因素.为揭示不同地形梯度下景观格局的时空特征和变化规律,以1995、2005和2015年3期福州市遥感影像和数字高程模型(DEM)数据为基础,运用地形位指数、土地利用分布指数、地学信息图谱分析和景观指数等方法,探讨景观格局的地形梯度效应以及形成原因.结果表明: 研究期间,研究区林地主要位于中低、中高和高等级地形位,农地、水体、建设用地和未利用土地主要集中位于低等级地形位.1995—2015年,福州市林地、农地和未利用土地面积减少,建设用地和水体面积增加.景观类型变化以稳定型为主,主要分布于中低、中高及高等级地形梯度区域;景观格局在地形梯度上变化差异明显,低地形位区域景观类型主要转向建设用地,而在中低及中高地形位区域,主要发生农地与林地的交替转变.研究区景观格局破碎化、景观异质性和景观多样性等属性逐年上升,随着地形梯度升高而降低.