丙肝病毒内部核糖体进入位点Ⅲd区域及其适配体的发夹结构

发夹结构于RNA的生物学功能有重要影响.该文从实验和理论预测结构两方面,介绍丙肝病毒（HCV）内部核糖体进入位点（IRES）Ⅲd区域及其适配体（aptamer）RNA中的发夹结构在翻译起始时的作用.     

奇妙的核糖体

核糖体作为蛋白质的合成场所,在遗传信息向以蛋白质为基础的结构信息的转换中起着决定性作用。对它的精细结构的深入了解,将有助于全面认识这个“分子机器”的功能。     

基于流形学习的基因表达谱数据可视化

基因表达谱的可视化本质上是高维数据的降维问题。采用流形学习算法来解决基因表达谱的降维数据可视化,讨论了典型的流形学习算法（Isomap和LLE）在表达谱降维中的适用性。通过类内／类间距离定量评价数据降维的效果,对两个典型基因芯片数据集（结肠癌基因表达谱数据集和急性白血病基因表达谱数据集）进行降维分析,发现两个数据集的本征维数都低于3,因而可以用流形学习方法在低维投影空间中进行可视化。与传统的降维方法（如PCA和MDS）的投影结果作比较,显示Isomap流形学习方法有更好的可视化效果。     

rRNA--行使核糖体功能的主体

高分辨率的核糖体精细结构揭示,核糖体行使功能的主体是RNA：核糖体的主要功能：催化肽键形成,识别、选择rRNA等都主要由rRNA来完成。     

与烟草细胞质雄性不育相关的线粒体基因atp9的mRNA研究

已知导入未编辑atp9 mRNA的烟草表现细胞质雄性不育(CMS),因此认为线粒体基因atp9是引起高等植物CMS的主要基因。为了解atp9在CMS中的作用机制,从3对烟草不育系及其同型保持系中提取atp9,利用实验与理论结合来分析其mRNA在编辑前后以及在不育系及其同型保持系中的一维、三维信息差别。结果表明,atp9mRNA一维信息方面的差异,更重要的是二级结构的差异和稳定性,可能是影响ATP合成而导致CMS的根本原因。     

七种不同抗冷性植物甘油-3-磷酸转酰酶mRNA二级结构研究

对南瓜、豌豆、黄瓜、拟南芥菜、红花、菠菜、黑子南瓜等7种不同抗冷性植物甘油－3－磷酸酰基转移酶的mRNA序列作了三核苷酸碱基模式分析,并用Zuker方法对其mRNA序列的翻译区进行了二级结构分析,统计出发夹、内环、膨胀环、三分支环、四分支环等二级结构的基本结构单元数,通过对编码脯氨酸的密码子在mRNA二级结构中的分布位置的研究,发现这些密码子主要是分布在茎的末端、环的根部、膨胀环或分支环上,占到了序列中所有编码脯氨酸的密码子总数的69％到97％的比例,这与我们在研究其他物种的mRNA二级结构时的发现是一致的。     

大肠杆菌mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系

从GenBank获得大肠杆菌K-12MG1655株的全基因组序列,计算了与基因密码子偏好性相关的多个参数(Nc、CAI、GC、GC3s),对其mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性之间的关系进行了统计学分析,发现虽然翻译效率(包括翻译速度和翻译精度)是制约大肠杆菌高表达基因的密码子偏好性的主要因素,同时,mRNA编码区长度及其形成二级结构的倾向也是形成这种偏好性的不可忽略的原因,而且对偏好性有一定程度的削弱。另外对mRNA编码区形成二级结构倾向的生物学意义进行了讨论分析。     

RNA的历史与未来

核酶的发现使得人们有理由相信生命起源于RNA,通过试管演化实验获得的各种各样的催化性RNA更使人们对地球历史早期的RNA世界有了越来越多的了解。同时,随着RNA结构和功能上非凡的多样性的日益被揭示．RNA在未来的临床应用研究中所具有的巨大潜力也正逐渐显现出来。     

图论在RNA二级结构中的应用

图论是以图为研究对象的数学分支,是一门研究事物对象在图表示法中的特征与性质的学科。鉴于RNA二级结构在功能基因组研究中的重要地位,已发展了用二维图解表示法描述RNA二级结构。文章介绍了用于RNA二级结构图解表示法的两种图,即树图和对偶图的构造规则。并在树图表示基础上产生Laplacian矩阵和相应本征值谱。以有害突变预测和类RNA模体设计的例子,说明图论在RNA二级结构中的应用,同时对可能存在的一些问题做了讨论。