食用菌产业发展历史、现状与趋势

本文回顾了人类对食用菌认识和利用的历史,介绍了我国对食用菌栽培利用的早期贡献和近代对食用菌产业发展的贡献,以及全球食用菌产业的基本情况、欧美双孢蘑菇和亚洲食用菌产业的发展历史与现状,分析了世界食用菌产业格局的变化、生产方式和技术的转型,简述了食用菌科学研究的进展,同时对中国食用菌产业发展历程和现状进行了梳理,提出了全球食用菌产业将继续从发达地区向欠发达地区转移以及我国的生产方式将加快向组织化、规模化、标准化和专业化方向转变的进展。     

真菌基因组de novo测序组装的方法与实践

真菌基因组较其他真核生物基因组结构简单,长度短,易于测序、组装与注释,因此真菌基因组是研究真核生物基因组的模型。为研究真菌基因组组装策略,本研究基于Illumina HiSeq测序平台对烟曲霉菌株An16007基因组测序,分别使用5种de novo组装软件ABySS、SOAP-denovo、Velvet、MaSuRCA和IDBA-UD组装基因组,然后通过Augustus软件进行基因预测,BUSCO软件评估组装结果。研究发现,5种组装软件对基因组组装结果不同,ABySS组装的基因组较其他4种组装软件具有更高的完整性和准确性,且预测的基因数量较高,因此,ABySS更适合本研究基因组的组装。本研究提供了真菌de novo测序、组装及组装质量评估的技术流程,为基因组<100 Mb的真菌或其他生物基因组的研究提供参考。     

两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究

随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点。本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92%和91.68%的保守基因。对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931 542个单核苷酸多态性位点,231 654个插入/缺失和9 221个结构变异。对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异。CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复（DSB）信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失。     

糙皮侧耳不同单核体基因序列的保守性分析

从已公布的糙皮侧耳基因组信息入手,用全局比对法计算两个不同单核之间基因序列的相似性,这种相似性与基因序列的保守性有关。通过对保守和不保守的基因集合进行功能富集分析研究,分析与序列保守性相关的Gene Ontology功能。保守基因集合中显著富集的主要是一些代谢过程、催化酶活性、输送等功能。不保守基因集合中显著富集的多为激酶活性、绑定、调控等功能。