基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究

乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因。而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究。但是,对乙肝病毒序列中保守序列的研究为仍处于起步阶段。本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一种新的度量标准保守指数(Conserved index,CI),然后对HBV序列进行系统发育分析,最后对构建的系统发育树进行可靠性评价。结果表明,新的度量标准CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多个保守序列,进行HBV序列的系统发育树构建,进而分析HBV序列之间的进化关系,并可以找出样本可能的祖先序列。本文的实验方法对HBV大数据集分析方法的研究有积极地启示作用。     

HBV新亚型中C基因片段的B/C型结构分析

乙型肝炎是严重威胁人类健康的疾病之一。分析乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)的进化过程,可以获得HBV序列间的亲疏进化关系,进而为乙型肝炎的预测、治疗等方面研究提供依据。为了研究乙肝病毒样本的基因亚型,本文使用序列分析方法对采集到的临床HBV序列和公共核酸数据库的HBV数据集进行系统进化树构建和序列结构分析。结果显示,样本中有一条克隆序列的C基因区域是一种新的HBV B/C混合亚型。并且,实验结果还验证了云南省西双版纳州HBV新亚型HBV/B6的存在。本文的实验结论对云南省少数民族聚居地区乙型肝炎病毒的系统进化研究具有一定的价值。