广东人禽流感H5N1毒株M基因特性、进化和变异

通过对人禽流感H5N1毒株M基因序列的变异分析,揭示毒株M基因特征与进化。检测广东地区人禽流感H5N1毒株M基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株M基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株M基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果发现,1997~2006年53株毒株M1基因和51株毒株M2核苷酸序列同源性均分成两组,1997年毒株为第一组(GⅠ),2003~2006年香港、越南、泰国、印尼、中国大陆、土耳其、伊拉克、阿塞拜疆、埃及毒株为第二组(GⅡ)。M1基因20个氨基酸位点置换,占7.94%(20/252),其中2003~2006年毒株M1基因有9个氨基酸位点不同于1997年毒株;M2基因22个氨基酸置换,占22.7%,其中2003~2006年毒株M2基因有4个氨基酸不同于1997年毒株。M2基因Ks值为26.8×10-6~42.6×10-6Nt/d,Ka值为4.39×10-6~6.98×10-6Nt/d;而M1基因的同义突变速度均远高于错义突变速度,显示M1基因受到机体免疫压力较小;检验发现M1基因进化存在负选择性压力。2003~2006年毒株M1基因通过氨基酸S224N置换,增加一个糖基化位点NSS224-226;而来自印尼的8株毒株M2基因发生C50F置换,引起蛋白二级结构改变。1997年中国香港人禽流感毒株自当时出现后,便未在以后人禽流感疫情中出现。2003~2006年毒株M1基因增加糖基化位点NSS224-226,可能与毒株致病性有关。人禽流感H5N1毒株M基因在自然界变异频繁,可能影响H5N1毒株的人-人传播能力。     

引起一起暴发性急性胃肠炎疫情的埃可病毒18型VP1基因特征分析

埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)属于B组肠道病毒(Enterovirus B,EV-B),是引起病毒性脑膜炎的重要病原体。对2019年4月广东省深圳市龙岗区一起急性胃肠炎疫情进行病原学鉴定及病原基因特征分析。此次疫情共有26名患者,均以发热、呕吐、腹泻、腹痛为主要症状。从其中18名病例采集了18份肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)和半巢式聚合酶链反应法以鉴定病原,扩增病毒全长VP1区,测序并进行系统进化分析。结果显示,18份标本中11份肠道病毒核酸阳性,其中8份为E18。病毒分离得到2株病毒,从肛拭子标本直接扩增得到的7条E18全长VP1核苷酸序列,核苷酸相似性为100%,与GenBank中E18参考株的核苷酸及氨基酸同源性分别为79.2%~96.4%和93.3%~99.3%;进化树显示,深圳龙岗E18分离株(GDSZ1902)归属由中国分离株组成的C2a进化分支,在其VP1蛋白中的底部环处发现一处特异的氨基酸变异(D200N)。从流行病学和病原学结果分析,E18是引起本次深圳市龙岗区急性胃肠炎疫情的主要病原,属于中国E18主要流行株的进化分支,这是我国首次发现E18引起急性胃肠炎疫情的报道。     

2005～2008年广东省诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征

为研究广东省诺如病毒胃肠炎暴发疫情的分子流行病学特点,我们采集了2005～2008年期间24起急性暴发性胃肠炎患者的粪便和肛拭子标本,使用诺如病毒特异性引物,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定以分析诺如病毒的基因型,同时收集急性暴发性胃肠炎患者的相关流行病学资料。结果显示:24起急性暴发性胃肠炎中19起由诺如病毒引起,时间主要集中在每年的10月至次年2月,2005年病毒胃肠炎暴发疫情是由GⅡ-3基因型病毒引起,主要为幼儿园和小学,发生地主要在内陆山区,2006年秋季疫情以后则均为GⅡ-4型的变异株2006b引起,主要为大学和社区,2007年疫情数比其他年份高1倍,发生地遍及广东全省。广东省诺如病毒变异株2006b在个别特殊的基因位点呈现出高度的地域一致性。随着诺如病毒流行株的基因型由GⅡ-3变为GⅡ-4型,广东省诺如病毒流行的强度大大增加,新出现诺如病毒变异株2006b引起的暴发波及地方多,涉及人群从低幼儿童为主扩展到全年龄组,表明GⅡ-4新变异株比其它毒株具有更高的侵袭力。     

广东省2018年手足口病病原谱及柯萨奇病毒A10型基因特征分析

广东省手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)监测数据显示,2018年5～7月非肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)和非柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)的其他肠道病毒(以下简称"其他EV")阳性率大幅度增高,经鉴定60%为柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)。因此,为了解广东省2018年HFMD病原谱及CV-A10的基因特征,本研究收集2018年哨点监测数据进行统计分析,采集HFMD其他EV标本进行分型鉴定,并随机选取2008～2018年CV-A10阳性标本开展VP1全长序列测序与分析。结果显示,广东省2018年HFMD病原谱包括24种肠道病毒,阳性率位于前三位的分别是CV-A16(30.73%)、CV-A6(24.29%)和CV-A10(≈11.0%)。CV-A10主要流行于5～7月份,且在各市广泛流行,所致HFMD重症率低于EV-A71,却高于CV-A16和CV-A6。遗传...     

广州市生活污水中埃可病毒11型循环动态变化及基因特征分析

埃可病毒11型（Echovirus 11,E11）属于B组肠道病毒,是最常见的人类肠道病毒（Enterovirus,EV）之一,是引起无菌性脑膜炎,新生儿感染的重要病原体之一。为探讨广州市生活污水监测中E11分离株循环动态变化及其基因组特征,本研究对2009-2021年广州市生活污水EV监测获得的E11分离株进行VP1区基因扩增及测序,结合2019年广东省发生的两起E11新生儿感染事件及部分散发病例中获得的E11分离株,与全球E11参考株进行序列相似性分析和系统发生学分析。结果显示,2009-2021年生活污水EV监测中E11分离株的核苷酸及氨基酸相似性分别为72.8%～99.3%和84.5%～99.6%。监测发现,广州市2018-2019年在污水中检出大量E11,与两起新生儿感染事件及散发病例的分离株核苷酸相似性高达96.2%～99.2%,但序列间仍存在差异,两起新生儿感染及散发病例感染的毒株为不同来源。通过系统进化树分析发现,2018-2019年污水E11分离株及两起新生儿感染与散发病例E11亲缘关系较近,分子分型结果均为E11 D5基因型。2017年及以前的污水分离株以A1基因型...