蛋白质晶体结构测定通用程序之一——差值帕特逊法确定蛋白质同晶型衍生物中重原子位置

多对同晶置换和反常散射法是目前测定生物大分子晶体结构的主要方法。这一方法可以概括为以下五个步骤; 1.培养出适用于衍射的蛋白质晶体。 2.制备两个以上与蛋白质母体同晶型的重原子衍生物。     

Refined structure of basic phospholipase A2 from venom of Agkistrodon halys Pallas in orthorhombic crystal form I at 0.25 nm resolution

The basic phospholipase A2 from the venom of Agkistrodon halys Pallas is a potent hemolytic toxin and anticoagulant. The accurate rotation and translation parameters of the molecules in orthorhombic crystal form I were successfully obtained using the fitting refinement technique. The structure was refined in the resolution range of 0. 6-0.25 nm using least square refinement with non-crystallographic two fold symmetry restraint, and resulted in the final R factor of 20.1 % , and the rms deviations from ideal stereochemistry were 0. 001 3 nm for bond lengths and 1. 32° for bond angles. The overall architecture of the present structure was similar to that of the determined structure of the orthorhombic crystal form Ⅱ, with a few differences in the regions of the β-wing and Ca2 -binding loop. The dimers formed by the two molecules in the asymmetric unit in both crystal forms were also similar. However, one of the monomers showed an orientational difference of 5.5° along the dimer interface in the two cr     

中国东北地区基于环志监测的田鹀迁徙趋势和数量动态北大核心CSCD

许多长距离迁徙的雀形目鸟类的种群数量正在持续下降,田鹀(Emberiza rustica)种群数量下降趋势更为突出。通过对田鹀种群数量长期监测和迁徙动态分析,可为此物种保护提供科学依据。从2001年开始,陆续在黑龙江省高峰、青峰、帽儿山、新青和大沾河,吉林省珲春和吉林市,辽宁省的辽宁鸟类研究中心(大连)和旅顺老铁山,以及内蒙古乌尔其汗鸟类栖息的临水林缘处布网环志。截至2018年,累计环志田鹀184181只,其中春季88571只,秋季95610只;各年度环志数量波动较大,总体呈现急速下降趋势。幼鸟的越冬损失率高达41.3%。田鹀106只次的回收信息表明,自然条件下田鹀寿命可达11年以上;日迁飞距离最快可达到300 km,飞行速度可达30 km/h。中国东北地区是田鹀等鸟类的重要迁徙途经地;田鹀的迁徙路线相对稳定,在瑞典北部繁殖的种群经中国东北地区迁徙到天津以南越冬。通过环志发现,近些年田鹀种群数量急速下降。通过比对,发现中国东北地区田鹀的环志数量变化趋势与瑞典的田鹀环志数量变化趋势相似;相对于环志数量最多的年份,环志数量下降95%以上,值得关注。栖息地破碎化、非法猎捕等是影响田鹀生存的主要受威胁因素。建议依据田鹀等鸟类生物学习性,加强鸟类栖息地的保护,坚持长期标准化的鸟类环志监测,进一步探索鸟类迁徙规律,以助于鸟类种群的恢复。     

江浙蝮蛇毒溶血毒素晶体培养及初步晶体学研究

从江浙蝮蛇中分离纯化的碱性磷脂酶Ａ２在ｐＨ９．５,０．０５ｍｍｏｌ／ＬＣＨＥＳ缓冲液中,用汽相悬滴扩散的方法,获得了适用于高分辨率Ｘ射线结构分析的单晶．经Ｘ２００Ｂ面探测器分析,表明该晶体属于正交晶系,Ｐ２Ｉ２Ｉ２Ｉ空间群,晶胞参数为ａ＝９７．１３,ｂ＝１０３．６９,ｃ＝２３．２７．并收集了一套衍射数据,独立衍射点数１２００１个,数据完整度为８６．２％,Ｒｍｅｒｇｅ为０．０４５９．最高分辨率达２．０,根据分子量与晶胞体积估算,一个不对称单位含两个分子．     

Structure of D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase fromPalinurus versicolor in a tetragonal crystal form

D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (holo-GAPDH) from Palinurus versicolor was crystallized in a novel crystal form by the method of sitting-drop vapor diffusion. The crystals have space group P4212, cell parameters a=15.49 nm, c=8.03 nm and two subunits per asymmetric unit. The crystal structure at 0.34 nm was determined by the molecular replacement method. The final model has crystallographic Rfree and R factors of 0.274 and 0.262, and r.m.s. deviations of 0.002 nm for bond lengths and 2.33?for bond angles. The two subunits in asymmetric unit are similar to each other not only in the three-dimensional structure, but also in average temperature factors. This result demonstrates that the obvious difference in average temperature factors for the different subunits in C2 crystal form reported previously may be attributed to the different crystallographic environments of the subunits. This further supports that holo-GAPDH has a good 222 molecular symmetry.     

大兴安岭原麝冬季的生境选择

2005年3～4月和2006年3月,在黑龙江省大兴安岭呼中自然保护区,采用机械布点法随机设置样线,对原麝(Moschus moschiferus)冬季生境选择进行了研究。对海拔、乔木密度、雪深、隐蔽度、食物丰富度、坡度和倒木数量进行2个独立样本的Mann-Whitey U检验,找出生境利用样方与任意样方的生态因子的差异。U检验的结果表明,原麝冬季喜欢活动在相对海拔高、乔木密度小、雪层浅、隐蔽度高、坡度陡且喜食食物丰富的区域;对植被类型、坡位、坡向、距水源距离、距人为干扰距离、动物干扰和碎石坡7个名词性变量采用卡方(Chi-square)统计进行显著性检验,卡方检验的结果表明:原麝冬季偏好远离人为干扰、接近碎石坡、阳坡和其他动物干扰较少的针阔混交林中;对以上14个生态因子进行主成分分析,结果表明,前6个特征值的累计贡献率达到72·318%,可以较好地反映原麝生境特征,根据主成分分析结果,将原麝冬季生境选择影响因子分别命名为空间因子(海拔、坡度、距碎石坡距离)、干扰因子(距人为干扰距离、距水源距离)、坡向因子(坡向、乔木密度)、坡位因子(坡位、动物干扰)、食物因子(食物丰富度、隐蔽度)和倒木因子(倒木数量)。     

龙虾甘油醛-3-磷酸脱氢酶结构中的氢键

甘油醛－３－磷酸脱氢酶（ＧＡＰＤＨ）是一种具有别构作用的寡聚酶。根据Ｘ射线晶体学研究得到的中国南海龙虾Ｐ．ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒｈｏｌｏ－ＧＡＰＤＨ高分辩率三维结构显示复杂的氢键结构,对各种类型氢键的分布和几何性质进行了统计分析。这个寡聚蛋白氢键的特性总体上与单体蛋白类似。几乎所有位于亚基间界面的极性侧链都能形成氢键,并满足能量上有利的几何学要求     

十字花目植物ER body的形成机制及其生物学功能

在长期进化过程中,为了应对外界环境胁迫,植物细胞形成了多种具有特殊功能的内质网衍生结构,其中大部分是物种所特有的,尤其是在十字花目植物中发现的ER body。在ER body上特异性聚积的β-葡萄糖苷酶(PYK10/BGLU21)、NAI2、膜蛋白MEB1/2以及转录因子NAI1在ER body形成过程中起重要作用。ER body主要富集在植物与外界环境相互接触的界面部位,损伤或植物激素处理能够诱导ER body形成。β-葡萄糖苷酶能够产生对害虫入侵具有抵御作用的物质,其活性在细胞破碎时增强。因此,ER body在植物免疫中发挥功能。本文将对十字花目植物(拟南芥)中ER body的形成机制进行阐述,并探讨其生物学功能。     

PBL教学法在发酵工程课程教学中的应用

根据发酵工程的课程特点,在课程教学中探索使用PBL教学方法。经过几年的教学实践,逐步形成了“一个问题串联一次课,一个作业串联整个课程”的PBL教学模式。结果显示,通过采用该模式,激发了学生的学习兴趣,提高了学生的自主学习能力、工程应用能力和创新意识,取得了良好的教学效果。