高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展

随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从Me RIP-seq测序原理出发,较全面地综述Me RIP-seq数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.     

NK细胞中过表达Livin的实验研究

目的:将携带Livin的质粒pIRES2-EGFP-Livin进行扩增,转染自然杀伤细胞(NK)及胃癌细胞株SGC-7901,并检测其在NK及胃癌细胞株SGC-7901中的表达。方法:将携带Livin基因的质粒p IRES2-EGFP-Livin进行扩增,鉴定质粒纯度与浓度;从健康人外周血中获得NK细胞,应用HP转染试剂将质粒pIRES2-EGFP-Livin转染体外培养的NK及胃癌细胞,对比分析NK及胃癌细胞株SGC-7901中基因转染效率及目的基因的表达情况。结果:用无血清培养基在体外成功的扩增大量的NK细胞;质粒提取试剂盒抽提得到大量无内毒素的质粒,质粒DNA基因序列并未发生突变,浓度和纯度较高。胃癌细胞株SGC-7901中观察到明显的质粒pIRES2-EGFP-Livin绿色荧光表达;而NK中未观察到绿色荧光表达。结论:质粒pIRES2-EGFP-Livin能使Lvin蛋白表达于胃癌细胞株SGC-7901中,而在NK中未表达。     

畜禽粪便中抗生素抗性基因的分布特征及消减技术研究进展

随着集约化畜禽养殖业的不断发展,兽用抗生素的长期使用导致畜禽粪便抗生素抗性基因污染日益严重,对生态环境和人类健康造成严重危害。如何有效消减畜禽粪便中的抗生素抗性基因成为当前研究热点。本文系统总结了畜禽粪便中抗生素抗性基因的产生途径、分布和影响因素,并阐述了好氧堆肥、厌氧消化及其强化工艺消减畜禽粪便抗生素抗性基因的研究进展,根据现有工艺研究存在的问题展望了今后的重点研究方向,为畜禽粪便中抗生素抗性基因的消减提供理论基础和技术支撑。     

过表达的趋化因子CXCL12通过PI3K/Akt途径促进骨髓基质干细胞Connexins的表达

研究过表达的趋化因子CXCL12是否通过PI3K/Akt信号途径促进了骨髓基质干细胞膜上缝隙连接蛋白Connexin40、Connexin43和Connexin45的表达。采用重组DNA技术使骨髓基质干细胞过表达趋化因子CXCL12,采用Western blot法测定趋化因子CXCL12过表达后骨髓基质干细胞Connexin40、Connexin43、Connexin45、Akt、pAkt表达的变化情况,并用CXCL12受体和Akt途径阻断剂明确CXCL12和PI3K/Akt途径在这一过程中的作用。基因重组后骨髓干细胞过表达了趋化因子CXCL12,CXCL12过表达使骨髓基质干细胞膜上Connexin40、Connexin43和Connexin45表达明显增多,且CXCL12的这一作用是通过PI3K/Akt这一途径实现的。趋化因子CXCL12通过PI3K/Akt途径使骨髓基质干细胞膜上Connexin40、Connexin43和Connexin45的表达增加,可促进移植后干细胞与宿主心肌细胞形成有效的电耦合,从而有利于移植后干细胞的存活并发挥治疗作用。