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目的:针对斑马鱼高通量测序数据,通过一系列质量控制和突变过滤,构建一套有效隐性遗传突变筛选系统。方法:A)经过与斑马鱼参考基因组比对,利用GATK获得初始的VCF格式突变信息。B)使用perl语言编写本地脚本,对突变信息进行过滤,注释等。C)通过绘制纯合突变点分布图,找出突变富集区域。整合以上步骤,构建出一套针对斑马鱼高通量测序数据的遗传性突变筛选系统。结果:对获得的突变位点进行了一系列的质量控制,定位到具体染色体上的特定区域,并且对获得的突变进行了功能上的注释。结论:本过滤筛选系统能有效控制检测的假阳性率,对斑马鱼致病性的隐性突变位点筛查提供有力参考。 相似文献
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中国对虾(Penaeus chinensis)4个种群的同工酶遗传变异 总被引:23,自引:0,他引:23
采用水平淀粉凝胶电泳技术分析了中国对虾(Penaeuschinensis)黄渤海沿岸种群(YP)、朝鲜半岛西海岸种群(KP)和2个养殖种群(CP1和CP2)的同工酶遗传变异水平。每个种群随机选取50尾中国对虾进行同工酶检测。在所分析的12种同工酶编码的20个基因位点中,有4个是多态位点。4个种群的多态位点比例(P0.99)分别为15%、20%、10%和20%。种群平均杂合度(观测值)(Ho)分别为0.014±0.007、0.020±0.010、0.010±0.007和0.033±0.017。4个种群的位点有效等位基因数(Ne)分别为1.015±0.008、1.023±0.011、1.011±0.007和1.042±0.022。杂合子平衡偏离指数(D)分别为+0.037、-0.030、-0.098和-0.030。2个地理种群(YP和KP)的遗传相似性系数(I)和遗传距离(D 相似文献
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以中国对虾抗WSSV选育群体第四代雌虾和野生中国对虾雄虾为亲本,采用人工精荚移植方式产生F1代家系,家系内个体姊妹交获得R家系材料,42尾R家系个体采用口饲法进行WSSV(White Spot Syndrome Virus)攻毒实验,获得个体抗WSSV及其它相关数据。构建了中国对虾的AFLP(Amphfied Fragment Length Polymorphism)分子标记遗传连锁图谱。利用MAPMAKER/QTL1.1软件进行了中国对虾体长、全长、体重及抗WSSV性状的QTL(Quantitative TraitsLoci)定位分析,首次实现了中国对虾重要经济性状的QTL定位。在LOD值大于2.0的条件下,共检测到和体长相关的QTL位点1个,与全长相关的QTL位点2个,与体重相关的QTL位点2个,与抗WSSV性状相关的位点2个,分别位于3个连锁群上,位点变异解释率从26.6%-66.9%不等。在其中的1个连锁群上检测到了体重、全长和抗WSSV性状相关的三个QTL位点,1个连锁群上检测到了体重和抗WSSV性状相关的两个QTL位点,1个连锁群上检测到了全长和体长相关的两个QTL位点。表明在中国对虾在此生长阶段,抗WSSV性状和个体大小存在一定程度的正相关关系[动物学报54(6):1075-1081,2008]。 相似文献
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真鲷野生群体和人工繁殖群体的同酶遗传差异 总被引:16,自引:0,他引:16
采用水平淀粉凝胶电泳技术对采集于黄海海州湾海域的真鲷野生群体和经过 2代人工繁育的养殖群体进行了同工酶遗传变异研究。分析检测了 2个群体各 50个样本肌肉和肝脏组织的 1 3种同工酶共 2 0个基因位点 ,其中MDH_a、GPI、PGM等 1 0个位点为多态位点 ,ME和EST_b为变异程度比较高的位点。野生群体和人工繁殖群体的多态位点比例分别为 45%和 2 5% (P0 .95) ;群体平均观察杂合度分别为 0 .1 41± 0 .0 4 4和 0 .0 95± 0 .0 4 3。结果表明 ,真鲷的野生群体和养殖群体拥有较高程度的遗传变异水平 ,但是养殖群体的遗传变异水平比野生群体有一定程度的降低。养殖群体遗传变异水平的降低在一定程度上是由于亲鱼数量少所致。比较了同工酶分析和RAPD分析的结果。将此两种技术相结合在鱼类群体遗传多样性分析中具有比较实际的意义。 相似文献
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<正> 美国“新科学家”杂志在1984年报道了几种增效剂可提高马拉松杀虫剂的药效。马拉松是一种有机磷杀虫剂。可用于防治库蚊(culex)、按蚊(Anophelex)等。由于该杀虫剂安全且价格便宜,经世界卫生组织推荐后广为应用。但随着人们使用该杀虫剂的增多,蚊虫对这种马拉松的抗性日趋增加。在一些地区,人们使用超过安全剂量的办法借以达到杀虫的效果。这样造成环境污染和昆虫的抗药性跃增到更高的水平。同时也消耗掉大量的马拉松杀虫剂。 上述现象促使一些学术单位研究害虫对该种杀虫剂抗性的机理。英国伦敦卫生药物学院简·赫明威先 相似文献
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利用16对微卫星标记对来自泰国(CP)、缅甸(MN)、孟加拉(BD)和中国(MP和DP)的共5个罗氏沼虾群体进行了遗传多样性和遗传结构的分析。结果显示, 16个微卫星位点均具有较高的多态性,平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为17.563、0.8316、2.1662和0.7328。5个群体的期望杂合度(He)介于0.7025—0.8594,多态信息含量(PIC)介于0.6538—0.8048,表明所有群体均具有高度遗传多样性,遗传多样性水平CP>MP>BD>MN>DP。遗传分化指数(Fst)值介于0.03430—0.17333,表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。16个微卫星位点的Fst值均大于0.05,均值为0.0977,与群体间有遗传分化相符。AMOVA分析显示群体间变异占总变异的6.22%,群体内个体间的变异占总变异的40.72%,个体内部的遗传变异占总变异的53.07%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示, MN群体首先与MP群体聚为一类,再与DP群体聚为一类,之后再与B... 相似文献
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利用RAPD和SSR分子标记结合拟测交策略,对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)“黄海1号”雌虾与野生雄虾作为亲本进行单对杂交产生的F1代,采用RAPD和SSR 两种分子标记技术初步构建了中国对虾雌、雄遗传连锁图谱。对460个RAPD引物和44对SSR引物进行筛选,共选出61个RAPD引物和20对SSR引物,用于对父母本和82个F1个体进行遗传分析。共得到母本分离标记146个(RAPD标记128个,微卫星标记18个)和父本分离标记127个(RAPD标记109个,微卫星标记18个)。雌性图谱包括8个连锁群、9个三联体和14个连锁对,标记间平均间隔为11.28 cM,图谱共覆盖1 173 cM,覆盖率为59.36%;雄性图谱包括10个连锁群、12个三联体和7个连锁对,标记间平均间隔为12.05 cM,图谱共覆盖1 144.6 cM,覆盖率为62.01%。中国对虾遗传图谱的构建为其分子标记辅助育种、比较基因组作图及数量性状位点的定位与克隆奠定了基础。 相似文献
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真鲷野生群体和人工繁殖群体的同工酶遗传差异 总被引:13,自引:0,他引:13
采用水平淀粉凝胶电泳技术对采集于黄海海州湾海域的真鲷野生群体和经过2代人工繁育的养殖群体进行了同工酶遗传变异研究。分析检测了2个群体各50个样本肌肉和肝脏组织的13种同工酶共20个基因位点,其中MDH_a、GPI、PGM等10个位点为多态位点,ME和EST-b为变异程度比较高的位点。野生群体和人工繁殖群体的多态位点比例分别为45%和25%(P 0.95);群体平均观察杂合度分别为0.141±0.044和0.095±0.043。结果表明,真鲷的野生群体和养殖群体拥有较高程度的遗传变异水平,但是养殖群体的遗传变异水平比野生群体有一定程度的降低。养殖群体遗传变异水平的降低在一定程度上是由于亲鱼数量少所致。比较了同工酶分析和RAPD分析的结果。将此两种技术相结合在鱼类群体遗传多样性分析中具有比较实际的意义。 相似文献
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中国明对虾AFLP分子标记遗传连锁图谱的构建 总被引:26,自引:0,他引:26
以中国明对虾抗WSSV(白斑综合症病毒,WhiteSpotSyndromeVirus)选育群体第四代为母本,野生中国明对虾为父本,采用单对杂交方式产生F1代,F1代个体姊妹交产生F2代共42个个体为做图群体。62对AFLP选择性引物组合共产生529个分离位点,符合1∶1孟德尔分离类型位点共253个,3∶1孟德尔分离类型位点共276个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱,利用F2自交模型构建共同的AFLP分子标记连锁图谱。三张连锁图上分别有31、25和44个连锁群,图谱分辨率为分别为2.4cM、2.4cM和2.1cM。标记间隔距离分别为12.20cM、11.45cM和11.12cM图谱覆盖率分别达到50.21%、51.93%和48.08%。能够基本满足进行QTL(数量性状位点,QuantitativeTraitLocus)定位的需要。将该图谱和其他对虾类遗传连锁图谱进行了比较分析,探讨了利用相关分子标记将已有图谱进行整合的可能。 相似文献