基于统计建模的系统发育谱方法研究

系统发育谱算法作为一种有效的大规模基因组功能注释方法,已经被成功的应用到原核生物基因组的功能注释中去。通过对系统发育谱方法中的一个关键环节——相似谱的聚类进行分析,提出了一种基于统计建模的方法来对相似的系统发育谱进行聚类。实验表明,该方法在保证较高的覆盖率的同时,还有效的提高了算法的整体速度,且当参与建模的系统发育谱的数目越大时,算法的精确度越高。     

改进的K—mean聚类算法在基因系统发育谱分析中的应用

简要介绍了系统发育谱法的原理,着重阐述了K—mean聚类算法在对基因系统发育谱分析中的改进,并与传统的K—mean聚类算法进行比较。实验结果表明,改进的K—mean聚类算法在运用系统发育谱法进行基因功能注释上是快而有效的,可以快速收敛到近似最优解。