药物基因组学对癌症化疗的启示

药物基因组学的研究任务是阐明个体差异的遗传基础,并利用这些遗传信息来预测药物的疗效、毒性和安全性。绝大多数的癌症化疗药物在治疗效果及正常组织毒性上的个体差异一直广为关注。不仅诸多临床因素(如年龄、性别、饮食、药物相互作用等)与药物反应和治疗效果有关,而且药物分布(转运和代谢)和药物靶标的遗传变异同样可导致癌症治疗上的差异。本篇综述主要讨论当前和将来药物基因组学在临床癌症治疗和抗癌药物研制方面的应用。     

基于微流控芯片的温度梯度毛细管电泳检测大肠癌石蜡标本中K-ras基因突变

K-ras基因突变检测可用于大肠癌的早期筛查与诊断,并有利于筛选出抗表皮生长因子受体靶向药物治疗有效的大肠癌患者,以实现肿瘤的个体化治疗．采用以倾斜式热辐射原理建立的微流控温度梯度毛细管电泳(temperature gradient capillary electrophoresis,TGCE)基因突变检测系统,实现了对98例石蜡包埋大肠癌组织中K-ras基因突变的高灵敏度筛查,突变阳性检出率为47.96%,显著高于PCR产物直接测序的23.47%．克隆测序显示该方法至少能检测到2.08%的K-ras基因突变体．K-ras基因突变与临床病理学参数的关系分析显示,直肠癌中K-ras基因突变率明显高于结肠癌(P < 0.05),而与年龄、性别、组织学类型和肿瘤分期等无显著相关性．该检测方法为肿瘤早期诊断和指导临床用药提供了一种灵敏度高、检测速度快、便于大规模筛查的有效手段.     

乙型肝炎病毒假病毒体外感染树鼩原代肝细胞模型的建立

目的：建立乙型肝炎病毒假病毒（HBVpp）体外感染树鼩原代肝细胞（PTH）模型。方法：通过肝脏原位两步灌注法分离PTH并对其冻存方法进行优化,通过共转染293T细胞生产基于慢病毒包装系统的HBVpp并考察其感染的种属和组织特异性。结果：通过肝脏原位两步灌注法分离了PTH,并优化了PTH冻存液的配方;包装的HBVpp具有与HBV真病毒类似的感染种属和组织特异性。结论：该模型的建立对深化HBV进入肝细胞机制的研究具有重要意义。     

基于近红外光谱技术的白茶可溶性糖总量快速测定研究

本文以积分球漫反射模块采集113份不同等级不同年份的白茶近红外光谱图并进行预处理分析,采用蒽酮比色法对来自不同厂家的白茶进行含量测定,运用偏最小二乘法(PLS)建立了白茶可溶性糖总量快速测定模型并对模型进行验证。试验结果表明所建立模型的相关系数(R)为0. 963,校正均方根差(RMSEC)为0. 363 9,验证均方根差(RMSEP)为0. 349,验证集平均相对误差为3. 11%。通过NIRS快速测定白茶总糖含量具有较高的可行性,该方法预测结果较好,能够准确、快速、无损的对白茶可溶性糖总量进行快速定量分析。     

适用于降解样本的201个遗传标记检测体系的构建和验证

近年来,法医实践中复杂案件数量逐渐增多,需要联合使用短串联重复序列(short tandem repeat,STR)、单核苷酸多态性(single nu cleotide p olymorphis ms,SNP)、插入缺失多态性(insert ion/deletion p olymorphism,InDel)、微单倍型(microhaplotype,MH)等不同类型的遗传标记,为案件提供更多的参考信息。本研究筛选了24个常染色体STR(autosomes STR,A-STR)、24个Y染色体STR(Y-STR)、110个A-SNP、24个Y-SNP、9个A-InDel、1个Y-InDel、8个MH和Amelo genin共201个遗传标记,建立二代测序检测体系HID_AM Panel v1.0。根据DNA分析方法科学工作组(Scientific Working Group on DNA Analy sis M ethods,SWGDAM)的验证指南,对该体系的重复性、准确性、灵敏度、对降解样本的适用性、物种特异性、抗抑制性等指标进行评估。本体系分型结果与基于毛细管电...     

水葫芦黑斑病菌Alternaria alternata的生物学特性研究

在不同试验条件下培养水葫芦黑斑病菌Alternaria alternata菌株,探讨其主要的生物学特性,结果表明：该菌株生长的最佳培养基为PSA,最佳C源为葡萄糖,弱碱性和中性N源对该菌菌丝生长具有明显的促进作用,而酸性N源对其具有抑制作用。菌株生长的最佳pH值为pH7,最适温度为27℃。湿度越大,对菌株生长越有利。     

中国汉族人群66个InDel基因座的遗传多态性

插入/缺失多态性(insertion/deletion polymorphism,InDel)遗传标记是一类由DNA片段的插入或者缺失形成的变异形式,在降解检材身份识别领域展现出优势.本文从dbSNP数据库中自主筛选66个InDel基因座,基于高通量测序系统建立了一套多重复合扩增体系(66-plex InDels).通...     

水体中氮素对水葫芦生长发育的影响

本文通过对水体中氮素营养条件的研究,分析了水体中不同氮素对水葫芦生长的影响,从而为福建省水葫芦的综合治理提供科学依据。结果表明：在水体氮浓度为25～30mg·L^1的范围内,水葫芦生长情况最佳,高于或低于这个范围,水葫芦的生长发育均受到不同程度的抑制。     

基于GEE的黄河上游生态环境质量动态监测与评价：以龙羊峡至积石峡段为例

为了解黄河上游龙羊峡至积石峡段生态环境质量的动态变化,本研究基于GEE(Google Earth Engine)遥感大数据平台,以Landsat TM/OLI遥感影像作为数据源,构建遥感生态指数(remote sensing ecological index, RSEI),评价黄河上游龙羊峡至积石峡段流域2000—2020年期间生态环境质量变化特征并探讨其影响因子。结果表明：2000—2020年龙羊峡至积石峡段流域生态环境质量呈现先恶化后改善的变化趋势;2000—2010年区内生态环境质量处于轻微退化和中等退化状态,而2010—2020年区内生态环境质量处于轻微改善和中等改善状态;地理探测器显示,区内2000—2020年单因子解释力由大至小依次为干度、绿度、湿度、热度,其中绿度和湿度之间的双因子相互作用在2000—2020年期间对区内生态环境质量的影响程度相对最大。本研究结果可为黄河上游开展生态环境治理、植被恢复和生态监测,以及实现有效保护黄河上游生态环境等,提供理论支撑和实际指导。     

CsPPR和CsCPN60-like在茶树白化叶片中的表达分析及互作蛋白验证

本课题组前期通过转录组筛选出2个与‘白鸡冠’茶树（Camellia sinensis）叶片白化相关的基因（CSS0013384和CSS0036305），为探明CSS0013384和CSS0036305在白化茶树中的表达模式与其互作蛋白，以‘白鸡冠’茶树叶片为材料，克隆CSS0013384和CSS0036305 cDNA全长序列，利用生物信息学、酵母单杂交和酵母双杂交，分析其蛋白理化性质、系统进化树、染色体定位、基因结构、蛋白结构、蛋白调控与互作网络和基因表达模式。生物信息学分析结果表明，CSS0013384和CSS0036305分别属于三角状五肽蛋白（pentatricopeptide repeat protein, PPR）和伴侣蛋白（chaperone, CPN60-like）家族，其蛋白质编码区（coding sequence, CDS）长度为1 893 bp和1 752 bp，编码氨基酸个数为631和575，蛋白质质量为71.87 kD和60.79 kD，等电点为8.93和6.21。亚细胞定位预测结果表明，CSS0013384定位于叶绿体，CSS0036305定位于线粒体。通过...