大黑毛肩长蝽(半翅目:异翅亚目:地长蝽科)线粒体基因组及地长蝽科系统发育地位探讨

为了更加深入地了解地长蝽科的基因组水平特征,测序并分析了大黑毛肩长蝽Neolethaeus assamensis(半翅目:异翅亚目:地长蝽科:毛肩族)的线粒体基因组序列。大黑毛肩长蝽线粒体基因组是双链共价环状DNA分子,长度为17097 bp,编码13个蛋白质编码基因,22个t RNA基因和2个r RNA基因,基因排列方式同果蝇Drosophila yakuba一致。大黑毛肩长蝽线粒体基因组内存在2个大的非编码区。一个是控制区,另一个是位于ND6和Cyt B之间的串联重复区域,TRR4.4。控制区内包含7类共9个结构显著的区域,如一个茎环结构,3个非串联的重复序列以及其他5个结构区域。TRR4.4长802 bp,包括4个184 bp的重复单元和1个66 bp的部分重复单元。TRR4.4的重复单元与控制区中TRR2.7的重复单元在长度、方向以及核苷酸组成等方面几乎完全一致。22个t RNA全部能够折叠为典型的三叶草二级结构。16S r RNA二级结构包含6个结构域(结构域III在节肢动物中缺失)和44个茎环结构,12S r RNA二级结构包含3个结构域和28个茎环结构。基于蝽次目15个线粒体基因组数据分析得到的系统发育结果,支持地长蝽科位于长蝽总科基部分支的观点。     

系统发育研究中直同源预测方法的选择策略

测序技术的不断发展和价格的日益降低使得系统发育组学更深层次的研究成为可能。在系统发育组学分析中,至关重要的步骤是直同源预测,这是因为进行系统发育重建的先决条件是进行比对的基因是直同源的。这里我们简单地回顾了直同源的定义和直同源预测的不同方法,与此同时,我们还给出了一些选择更合适的直同源预测方法的建议。