猪Nramp1基因外显子2的SNP位点筛选及生物信息学分析

本研究采用DNA混合池扩增并进行直接测序的方法,对3个引进猪种和3个地方猪种Nramp1基因外显子2的SNP位点进行筛选,并通过生物信息学软件对该基因的m RNA二级结构、蛋白质二级结构和功能进行预测。结果在2个引进猪种(大白猪,长白猪)和3个地方猪种(八眉猪,蕨麻猪,烟台黑猪)中共检测到2个SNP位点,分别为T~(62)C和A~(92)G,而在杜洛克猪中未检测到SNP位点。生物信息学分析结果表明,T~(62)C和A~(92)G位点均降低了RNA二级结构的稳定性,Nramp1基因可能在转录和信号转导过程中发挥着重要作用。本研究结果丰富了猪Nramp1基因库,为进一步研究Nramp1基因功能和筛选抗病育种相关SNP位点提供理论参考。