石斛SSR标记的开发及可转移性分析

当前已开发的石斛（Dendrobium）SSR标记仅100余对,难以满足研究的需要。为开发更多石斛分子标记,本研究通过生物信息学方法从公共核酸数据库搜索石斛SSR。结果表明,GenBank收录的3599条石斛DNA序列经拼接获得1343条Uni—DNA序列。经搜索,共检测出283个SSR,分布于205条Uni—DNA序列,平均每2815bp含一个SSR。通过序列比对,剔除86条已开发引物的SSR—DNA序列,从剩余的119条序列设计76对引物,并在石斛属32个种间进行可转移性分析,结果显示47对引物得到有效扩增,种间可转移率为51．1％N95．7％,平均为75．9％。有效扩增引物中有46对在石斛种间具多态性,检测出等位基因数2～8个,平均4．0个。选取10对多态性引物扩增60份铁皮石斛资源,每对引物检测出等位基因数2～5个,平均3．4个。根据SSR扩增带型将60份铁皮石斛资源聚为5大类,同一类型内的表型较类群间接近。对DMl21扩增产物测序表明铁皮石斛种内的SSR等位变异由SSR重复次数差异造成,而石斛种间的SSR等位变异还包含SSR位点侧翼序列的插入缺失以及替换。