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表达谱基因芯片的可靠性验证分析 总被引:7,自引:0,他引:7
cDNA芯片是一项新兴的能评估检测全范围mRNA表达水平变化的技术。通过同种组织RNA自身比较实验及不同组织RNA的差异分析实验对cDNA芯片实验的重复性进行检验,利用相关系数(correlation coefficient,R)、变异系数(coefficient of variation,CV)和假阳性率(false positiver ate,FPR)分析eDNA芯片数据的可靠程度,对cDNA芯片实验数据作了整体的评估。结果证实,该芯片系统得到的cDNA表达谱数据相关系数一般大于0.9,平均变异系数15%左右,假阳性率控制在3%以内。还提出一致率(consistence rate,CR)的概念,作为衡量cDNA芯片系统重复性的新参数,同时阐述了该参数优于目前常用的相关系数及变异系数的特点。另外,通过比较芯片制备中点样浓度、mRNA和总RNA以及不同批次芯片和不同标记过程对实验的影响,来分析芯片数据的系统误差来源。并提出重复两次实验,可以克服绝大部分实验系统引入的假阳性。 相似文献
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利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A单核苷酸多态性(SNP)和GSTM1缺失与否,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片,检测了84份正常人的血液DNA样本,其中GSTMl基因缺失率达到47.6%,接近报道数值。统计分析发现,CYP1A m1-m2的3种基因型组合TT-AG、TT-GG和TC-GG的发生频率都为0,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算,它们的发生频率应是11.4%、2.6%和3.1%,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点)和G(m2位点)的连锁组合,即m1和m2位点的组合只有3种单体型:T-A、C-A和C-G,其发生频率分别是69.6%、7.7%和22.6%。 相似文献
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应用寡核苷酸芯片并行检测CYP1A1和 GSTM1基因多态性 总被引:1,自引:0,他引:1
利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A1单核苷酸多态性 (SNP)和GSTM1缺失与否 ,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型 ,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片 ,检测了 84份正常人的血液DNA样本 ,其中GSTM1基因缺失率达到 4 7 6 % ,接近报道数值。统计分析发现 ,CYP1A1m1 m2的 3种基因型组合TT AG、TT GG和TC GG的发生频率都为 0 ,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算 ,它们的发生频率应是11 4 %、2 6 %和 3 1% ,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点 )和G(m2位点 )的连锁组合 ,即m1和m2位点的组合只有 3种单体型 :T A、C A和C G ,其发生频率分别是 6 9 6 %、7 7%和 2 2 6 %。 相似文献
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