一株柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016的全基因序列分析

对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016（简称V1641）全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点。设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。V1641毒株基因组全长7 392nt,5’-UTR和3’-UTR分别长744nt和90nt,编码区长6 558nt,与其他CVB5相比未见核苷酸的插入和缺失,编码一个2 185aa的多聚蛋白。CVB5流行株大体上分为两个基因组,中国大陆流行株同原型株Faulkner一起分布于GenogroupⅠ分支,外国流行株大多分布于GenogroupⅡ分支。在GenBank中,V1641与KY303900-417/JS-CHN-2013最为同源,相似性为97.86%。V1641与其他中国大陆流行株的全基因组序列的核苷酸和氨基酸相似性分别为85.1%～97.8%和97.1%～99.6%。V1641在P1、P2和P3区段均与EV-B不同血清型的原型株聚类,经...     

果蝇吡咯啉-5-羧酸还原酶的表达、纯化及理化特点

吡咯啉-5-羧酸还原酶(P5CRs)是普遍存在于原核和真核生物中的一种重要管家蛋白,其主要的功能是催化吡咯啉-5-羧酸(P5C)转化为脯氨酸,同时将NAD(P)H氧化为NAD(P)+。为揭示果蝇P5CR的聚合形式、酶学性质及晶体结构,提取了果蝇的总RNA,通过逆转录获得了cDNA,进而通过PCR获得了编码果蝇P5CR的cDNA片段;将此片段连接到pET-28a(+)载体上,在大肠杆菌(Escherichia coli)中得到了高效表达,依次经过硫酸铵分级沉淀、亲和层析及凝胶过滤层析得到了适合晶体生长的高纯度蛋白;通过EGS交联实验和凝胶过滤层析检测了P5CR在溶液中的聚合形式;应用分光光度法测定了果蝇P5CR的酶活性参数;采用悬滴气相扩散法筛选了P5CR的结晶条件并进行了优化。实验结果:(1)纯化后的蛋白样品经SDS-PAGE检测,结果显示,凝胶上已基本观察不到杂蛋白质条带,说明目的蛋白质纯度较高;(2)果蝇P5CR在溶液中的基本存在形式是十聚体,在此基础上可形成更大的聚合形式;(3)果蝇P5CR参与抗癌药物硫代脯氨酸的代谢,在该逆向反应中最适pH为高碱性,该酶在45℃的半衰期约15分钟;(4)筛选得到了果蝇P5CR的初步结晶条件(0.2mol/L Ammonium phosphate dibasic,20%PEG3350 pH 8.0)。