基于基因组不稳定性相关lncRNA的宫颈癌患者预后模型

结合TCGA数据库中宫颈癌的lncRNA表达谱和体细胞突变谱,构建基于突变假设的计算框架,鉴定出36个与宫颈癌基因组不稳定性相关的lncRNA;对其共表达的基因功能进行分析,发现与36个lncRNA共表达的基因在2-氧代戊二酸代谢过程和2-氧羧酸代谢通路中富集。构建了基于基因组不稳定性衍生的两个lncRNA的基因特征(GILncSig),将Train组患者分为高风险组和低风险组,两组患者生存率显著不同,这一结果在Test组患者中得到进一步验证。通过独立预后分析,结果显示GILncSig可独立于其他临床性状,作为宫颈癌患者的整体生存相关独立预后因子。总之,本研究为进一步探讨lncRNA在基因组不稳定性中的作用提供了关键的方法和资源,为识别基因组不稳定性相关的肿瘤标志物提供了新的预测方法。     

基于生物信息学筛选宫颈癌血管生成基因及构建预后模型

利用生物信息学方法筛选与宫颈癌发生、发展和预后相关的血管生成相关基因(angiogenesis related gene,ARG),并进行相关预后风险模型的构建与验证。首先,从TCGA数据库中检索宫颈癌患者的表达谱和临床特征,并提取差异表达的ARG;其次,采用Lasso Cox回归筛选预后ARG,构建相关预后模型;再次,使用GSE52903和GSE44001数据集进行外部验证;最后,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)探讨宫颈癌预后机制。筛选结果显示,共获得15个预后ARG,分别为EFNA1、ITGA5、EPHB4、NRP1、CDH5、PLAU、BMP6、DLL4、JUN、CA9、MMP1、BAIAP2L1、SERPINF1、F2RL1和FGFR2。GSE52903和GSE44001数据集的Kaplan-Meier生存曲线显示,高风险组的总生存期(overall survival, OS)(P=0.005)和无病生存期(disease-free survival, DFS)(P<0.001)显著低于低风险组。受试者操作特征(r...     

术前三叶因子3、热休克蛋白40、中性粒细胞/淋巴细胞比值与上皮性卵巢癌患者肿瘤细胞减灭术后复发的关系

摘要 目的：探讨术前三叶因子3（TFF3）、热休克蛋白40（HSP40）、中性粒细胞/淋巴细胞比值（NLR）与上皮性卵巢癌（EOC）患者肿瘤细胞减灭术（CRS）后复发的关系。方法：选取2016年1月～2017年5月南京市第二医院妇科收治的140例接受CRS治疗的EOC患者，根据CRS后是否复发分为复发组和未复发组。检测和计算血清TFF3、HSP40、NLR。采用单因素和多因素Logistic回归分析EOC患者CRS后复发的影响因素，受试者工作特征（ROC）曲线分析EOC患者CRS后复发的预测价值。结果：随访5年，失访2例，138例EOC患者CRS后复发率为52.90%（73/138）。与未复发组比较，复发组国际妇产科联盟（FIGO）分期Ⅳ期、化疗疗程≥6个、术后残留灶为最大残留肿瘤直径≤1 cm（R1）比例更大，术前血清糖类抗原（CA）125、TFF3、HSP40、NLR升高（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示，肿瘤直径≥3 cm、低分化、FIGO分期Ⅳ期、术后残留灶为R1和TFF3、HSP40、NLR升高为EOC患者CRS后复发的独立危险因素（P＜0.05）。ROC曲线分析显示，术前血清TFF3、HSP40、NLR单独与联合预测EOC患者CRS后复发的曲线下面积（AUC）分别为0.766、0.763、0.765、0.911，术前血清TFF3、HSP40、NLR联合预测EOC患者CRS后复发的AUC最大。结论：术前血清TFF3、HSP40、NLR升高与EOC患者CRS后复发独立相关，可能成为EOC患者CRS后复发的辅助预测指标，且三指标联合应用预测价值更高。