基于多时相SAR数据和SPOT数据的盘古林场林分类型识别

林分类型信息的提取是遥感影像分类中的热点和难点。而大兴安岭地区又是我国重点林区和天然林主要分布区之一,植被类型丰富,种类繁多,为林分类型精确识别带来了很大的难度。为了比较和提高林分类型的分类精度,研究以大兴安岭地区盘古林场为实验区,综合利用SPOT-5影像和不同时相的RADARSAT-2全极化SAR影像,采用3种分类方案及最大似然分类方法对研究区遥感影像进行分类,并比较不同分类方案对林分类型识别的精度。3种方案分别是:(1)单独采用SPOT影像对林分类型进行识别;(2)对全极化SAR数据进行极化分解提取参数并结合SPOT数据参与分类;(3)结合SPOT数据与多时相全极化SAR分解参数进行分类。结果表明:对比SPOT、加入单时相和加入多时相3种方案的分类结果,方案三加入多时相SAR影像与SPOT数据对白桦林、落叶松林、樟子松林和云杉林的分类中总分类精度最高,为84.64%,Kappa系数为0.79,对林分类型的识别最为有效,而单用SPOT数据对林分类型识别的精度最低,精度为76.66%,Kappa系数为0.70。     

甘蔗主要病害抗病遗传育种研究进展

甘蔗生产长期受到病害的严重影响,这些病害不仅降低蔗茎产量和糖分,还影响宿根性,甚至造成品种种性退化,而抗病品种的选育是保证甘蔗生产的有效途径。概述了甘蔗花叶病、黑穗病、宿根矮化病和梢腐病4种主要甘蔗病害在病原物检测、种质筛选和基因工程技术等抗病育种工作方面的研究进展。     

橡胶树AFLP银染体系的建立和优化

目的:扩增片段长度多态性(AFLP)为遗传图谱的构建及育种的辅助选择提供了有力的工具。建立一套适合橡胶树的AFLP技术优化体系。方法:以197个GT1×IAN873橡胶树杂交群体为材料,通过对影响AFLP的多种关键因素如模板DNA质量、酶切连接体系、酶切连接反应时间、预扩增体系、选择性体系的分析进行研究。结果与结论:找出一套适于热带植物基因组DNA提取及橡胶树AFLP技术。用改进的CTAB法,经多次抽提纯化,用细玻璃棒挑出DNA得到高质量的模板DNA;酶切连接时DNA模板为250ng,反应体系采用各3U的EcoRⅠ/MseⅡ/T4连接酶,反应时间为9h;预扩增模板为稀释1/2的酶切连接产物,用量为1μL;选择性扩增要用稀释至1/20的预扩增产物。     

AFLP技术的改进及其在热带作物遗传育种中的应用

AFLP分子标记是一种基于PCR的DNA指纹分析方法,广泛应用于遗传多样性和亲缘关系的分析、遗传图谱构建、品种鉴定及标记辅助育种等方面。简要介绍了AFLP分子标记技术的原理、发展及在热带作物遗传育种中的应用。     

薏苡黑粉菌基因组测序揭示其物种分类及适应性进化

以薏苡黑粉菌病瘿为研究对象,采用固体和液体培养方法对薏苡黑粉菌进行分离纯化培养和形态观察;利用Illumina、Pacbio测序和Hi-C辅助基因组组装技术对黑粉菌进行测序、组装和注释,分析其基因组结构和组成特征。通过与其他6个黑粉菌物种基因组进行比较基因组学研究,分析薏苡黑粉菌的基因家族进化和系统发育关系。在pH 7的固体PDA和液体PDB培养基中实现了薏苡黑粉菌的纯化培养,固体培养菌落表现为白色、表面隆起、具褶皱,较湿润且不透明的形态特征。Illumina、Pacbio和Hi-C组装结果显示,薏苡黑粉菌具有20对染色体(2n=40),基因组大小20.093 417 Mb,GC含量53.81%;共预测和注释到7 476个蛋白编码基因和164个非编码基因,占整个基因组长度的61.02%和0.285 3%;查找到3 674个散在重复序列和8 139个串联重复序列,分别占整个基因组长度的2.754 4%和1.605 4%。同源基因家族聚类显示,7个黑粉菌物种Ustilago coicis、U. bromivora、U. maydis、U. hordei、Sporisorium reilianum、S. scitamineum和S. graminicola的编码基因被聚类为6 999个基因家族,其中共有基因家族5 379个。薏苡黑粉菌包含5 339个单拷贝基因、105个多拷贝基因、89个特异基因、752个其他基因和188个未分类基因。基因家族进化和系统发育聚类表明,薏苡黑粉菌U. coicis在~60.9 MYA分化出来,与雀麦黑粉菌U. bromivova、大麦坚黑粉菌U. hordei聚为一支,表现为更近的亲缘关系;而玉米黑粉菌U. maydis在~66.6 MYA分化出来与3个孢堆黑粉菌物种S. scitamineum、S. graminicola和S. reilianum聚为一支。     

木薯商业品种的指纹图谱构建

利用SSR分子标记技术构建10个木薯商业品种的指纹图谱。通过基因组多态性分析,从已定位于木薯连锁群的44对SSR引物中筛选到22对扩增效果好的引物,经统计分析发现,用其中4对引物ssry-13、ssry-19、ssry-23和ssry-45的组合能够建立该组木薯商业品种的指纹图谱,品种鉴定的置信概率达到99.9985%。     

薏苡黑穗病菌的宏基因组测序及分类解析

旨在寻找薏苡黑穗病害的关键致病菌群,指导薏苡的黑穗病害防治.本研究利用ITS高通量测序技术对薏苡的黑穗病瘿的真菌进行检测,解析薏苡黑穗病瘿组织的菌群组成和群落多样性.结果表明,薏苡黑穗病瘿中存在多种真菌菌群,总共聚类得到2 699条物种OTU,所有样品共同拥有94条,总共注释得到9门、19纲、37目、68科和85属.在...     

利用非近交亲本间杂交F1群体对木薯褐斑病田间抗性的QTL分析

对非近交亲本抗褐斑病的文昌红心和中感亲本华南6号杂交获得分离群体184个株系,采用简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)分析,检测了木薯(Manihot esculenta Crantz)对褐斑病田间抗性的数量性状基因位点(Quantitative Trait Locus,QTL)。采用田间自然发病和辅助人工接菌的方法,分别在2004年苗期、2005年苗期和成株期3次调查和鉴定了群体的抗病性反应。结果表明,这3个时期群体褐斑病病情指数(DI)分布范围较一致,均呈连续性偏峰态分布。从400对SSR引物中筛选出在抗、感基因池和两个亲本间均具有多态性的引物17对,群体检测获得50个等位基因位点,构建了包含34个位点的8个连锁群,覆盖木薯基因组695.7cM,2个位点间平均图距为20.5cM。采用复合区间作图法进行QTL分析,共检测到15个与木薯褐斑病抗性相关的QTL,贡献率在9.61%-64.81%,主要分布在第1、2、4连锁群的特定区域。其中,第1、2连锁群上的6个QTL是重要的QTL。