CircR2Disease v2.0: An Updated Web Server for Experimentally Validated circ RNA–disease Associations and Its Application

With accumulating dysregulated circular RNAs(circRNAs) in pathological processes,the regulatory functions of circRNAs, especially circRNAs as microRNA(miRNA) sponges and their interactions with RNA-binding proteins(RBPs), have been widely validated. However, the collected information on experimentally validated circRNA–disease associations is only preliminary.Therefore, an updated CircR2Disease database providing a comprehensive resource and web tool to clarify the relationships between circRNAs...     

DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

自组织特征人工神经网络在庞泉沟自然保护区植物群落分类中的应用

人工神经网络是较新的数学分析工具,其中的自组织特征映射网络（SOFM）具有较强的聚类功能。应用SOFM网络对庞泉沟自然保护区植物群落进行了分类研究。在讨论了SOFM网络的数学原理、聚类方法和步骤的前提下,分类过程在MATLAB（6.5）神经网络工具箱（NNTool）中编程实现。结果将89个样方分为13个植物群落类型。分类结果符合植被实际,生态意义明确,表明SOFM网络可以很好地反映植物群落的生态关系,是非常有效的植物群落数量分类方法。     

抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点相关[]神经细胞类型及相互作用网络分析

基于抑郁症的全基因组关联分析研究(GWAS),对于获得的单核苷酸多态性位点(SNP)使用Haploreg软件进行基因注释,得到SNP注释的102个易感基因.。使用MAGMA软件对GWAS的汇总统计数据做基因水平的分析,获得了270个校正之后显著的基因,两者合并共得到320个抑郁症易感基因。通过药物数据库Drugbank获取133个抗抑郁药物靶点基因。使用EWCE包对抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点在三套脑组织单细胞测序数据中,分别进行神经细胞类型富集分析。结果发现大脑皮质的GABA神经元(抑制性神经元)和谷氨酸能神经元(兴奋性神经元)是抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点共同的神经元。这两种类型的神经细胞可能是抗抑郁药物与抑郁症易感基因相互作用的神经细胞,另外少突胶质前体细胞可能是抑郁症特有的易感神经细胞。使用Network Calculator软件构建网络并进行进行网络拓扑学参数分析。结果表明抑郁症易感基因与抗抑郁药物靶点组成了一个具有显著的相互连接的网络。本研究从单细胞层面揭示抑郁症的遗传机制,在网络层面为寻找新的抗抑郁药物靶点提供了一定的启示。     

云南纵向岭谷区道路网络对生态系统影响的尺度效应

云南纵向岭谷区具有复杂的生态系统,其生物多样性在全球中具有重要地位,但是由于人类活动的影响,尤其是道路网络的发展及其导致的土地利用变化,使得该地区生态系统退化日益严重.选取2km×2km、4km×4km、6km×6km、… \,20km×20km网格进行多尺度相关分析和方差分析,研究云南纵向岭谷区道路网络与生态系统分布的相关性及其独立和交互作用,分析道路网络对生态系统影响的尺度效应.然后又进一步研究了道路网络和地形因子(比如海拔、坡度和坡向等)对生态系统的独立和交互作用.研究结果表明,道路网络与生态系统分布的相关性与路网等级有关,其相关程度与路网等级呈反比,随着尺度的变化,道路网络与生态系统分布的相关性表现为增强型、减弱型、质变型和无尺度效应这4种类型.在大多数尺度下,道路网络和地形因子对生态系统分布既有独立作用,也有交互作用.其中,高等级路网的独立作用比较显著,而低等级路网的独立作用不太显著.但是,随着尺度的增大,县乡路网、乡村路网和小路网对生态系统分布的独立和交互作用均显著,且表现出高度的相似性,表明地形对低等级道路具有明显的干扰或屏蔽效应.     

基于网络药理学与分子对接技术的清瘟护肺颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质研究

本文通过网络药理学和分子对接技术探讨清瘟护肺颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质.首先,通过TCMSP数据库,BATMAN-TCM数据库及TCMIP数据库检索清瘟护肺颗粒中十六味药的化学成分及作用靶点,利用GeneCards和OMIM数据库检索COVID-19的相关疾病靶点.然后,通过venny2...     

基于人工神经网络的农业病虫害预测模型及其效果检验

选取与病虫害有关的因子作为样本的输入特征,建立了农业病虫害年分类预测的Ｂ－Ｐ人工神经网络模型。该方法应用于稻瘟病的预测建模结果的拟合率为１００％,预留样本检验报率为８３％。     

黄土高原小流域治理效益评价与系统评估研究——以宁夏西吉县黄家二岔为例

根据黄土高原地区小流域及其治理的特点,提出了效益评价指标体系和评价方法,以生产力,均衡性,稳定性和持续性４基参数共８个指标从整体上系统平估了小流域在不 原状态,以黄家二岔小流域为例作了说明。     

北京东灵山地区植物群落多样性研究 Ⅵ.几种类型植物群落物种数目的估计

采用经验贝叶斯方法、非参数方法（刀切法和自助法）和种－面积曲线外推方法对北京东灵山地区５种类型植物群落的物种数目进行了估计,考察了这些方法的估计行为,从中得出如下结论：（１）只要抽样强度不是很小,经验贝叶斯方法就能给出群落物种数目很好的估计,但与非参数方法相比,其估计的标准差较大;（２）在适当的抽样强度下,非参数方法也能给出群落物种数目很好的估计。如果抽样强度过低,则估计值也偏低;相反,如果抽样强度过高,则估计值也偏高。但在各种抽样强度下,非参数方法估计的标准差都比经验贝叶斯方法的小;（３）种－面积曲线２、３、４、５、６可以给出群落物种数目较好的估计,曲线１的估计值偏高,而曲线７、８、９、１０的估计值则偏低;（４）经过几种方法的综合比较,可以对群落１、２、３、４、５的各层及整个群落的物种数目分别做出如下估计;乔木层１６、１９、２１、１２、１６,灌木层１３、１５、２１、１４、２１,草本层４９、４６、５４、８２、５５,整个群落７９、８０、９６、１０７、９２。     

Rhizosphere soil bacterial communities and nitrogen cycling affected by deciduous and evergreen tree species

Deciduous and evergreen trees differ in their responses to drought and nitrogen (N) demand. Whether or not these functional types affect the role of the bacterial community in the N cycle during drought remains uncertain. Two deciduous tree species (Alnus cremastogyne, an N₂‐fixing species, and Liquidambar formosana) and two evergreen trees (Cunninghamia lanceolata and Pinus massoniana) were used to assess factors in controlling rhizosphere soil bacterial community and N cycling functions. Photosynthetic rates and biomass production of plants, 16S rRNA sequencing and N‐cycling‐related genes of rhizosphere soil were measured. The relative abundance of the phyla Actinobacteria and Firmicutes was higher, and that of Proteobacteria, Acidobacteria, and Gemmatimondaetes was lower in rhizosphere soil of deciduous trees than that of evergreen. Beta‐diversity of bacterial community also significantly differed between the two types of trees. Deciduous trees showed significantly higher net photosynthetic rates and biomass production than evergreen species both at well water condition and short‐term drought. Root biomass was the most important factor in driving soil bacterial community and N‐cycling functions than total biomass and aboveground biomass. Furthermore, 44 bacteria genera with a decreasing response and 46 taxa showed an increased response along the root biomass gradient. Regarding N‐cycle‐related functional genes, copy numbers of ammonia‐oxidizing bacteria (AOB) and autotrophic ammonia‐oxidizing archaea (AOA), N₂ fixation gene (nifH), and denitrification genes (nirK, nirS) were significantly higher in the soil of deciduous trees than in that of the evergreen. Structural equation models explained 50.2%, 47.6%, 48.6%, 49.4%, and 37.3% of the variability in copy numbers of nifH, AOB, AOA, nirK, and nirS, respectively, and revealed that root biomass had significant positive effects on copy numbers of all N‐cycle functional genes. In conclusion, root biomass played key roles in affecting bacterial community structure and soil N cycling. Our findings have important implications for our understanding of plants control over bacterial community and N‐cycling function in artificial forest ecosystems.