基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

对虾白斑综合征病毒ORF220基因在昆虫细胞内的表达及其分布

对虾白斑综合征病毒厦门分离株ORF220编码真核生物GP130受体同源蛋白。将ORF220和绿色荧光蛋白编码基因融合在一起克隆到昆虫杆状病毒表达载体pFastBacI,然后与AcBacmid共同转染DH10B细胞。用PCR鉴定含有ORF220和EGFP基因的重组质粒,提取纯化重组质粒并转染昆虫细胞进行表达。结果发现,DNA转染后3-5d可以在荧光显微镜下观察到绿色荧光,表明融合蛋白在昆虫系统内成功表达。用病毒上清液感染昆虫细胞进行时相观察,结果表明,ORF220蛋白在昆虫细胞的细胞质和细胞核内呈随机分布,没有特异的细胞定位。     

丝状真菌瑞氏木霉外源基因表达系统的构建

采用PCR技术体外扩增获得了瑞氏木霉外切葡聚糖纤维二糖水解酶Ⅰ (CBHⅠ )启动子和终止子序列 .并以大肠杆菌质粒pUC1 9为骨架 ,在该启动子和终止子序列间加入多克隆位点 ,构建了瑞氏木霉强表达整合型载体pTRIL .以质粒pAN7 1为模板 ,体外扩增了带有潮霉素磷酸转移酶(hph)基因的DNA片段 ,将hph插入pTRIL的cbh1启动子和终止子序列之间 ,构建了Pcbh1 hph Tcbh1表达盒 .用此表达盒转化瑞氏木霉C30原生质体 ,在潮霉素平板上得到 1 5株抗性转化子 .对其中的H1转化子进行了PCR和Southern印迹分析 ,证实hph基因确实整合到转化子染色体DNA上 ,并在Pcbh1 启动子控制下进行高效表达 .转化子H1对潮霉素抗性达 1 5 0mg L ,比出发菌株提高 2倍 .瑞氏木霉强表达整合型载体pTRIL的构建成功为开展瑞氏木霉分子生物学研究以及进一步的工程菌株构建工作奠定了基础     

金黄色葡萄球菌生物膜形成机制研究进展

金黄色葡萄球菌是医院和社区获得性感染最常见的病原菌之一,而且可形成生物膜,从而导致生物膜相关疾病的产生。患者一旦发生金黄色葡萄球菌生物膜感染,难以彻底治愈。深入研究金黄色葡萄球菌生物膜形成的分子机制和调控网络,对寻找有效的防治、治疗药物和手段具有重要意义。我们就金黄色葡萄球菌生物膜形成过程和调控机制的研究近况做一综述。     

吸水链霉菌NND-52-C基因工程宿主载体系统的构建

吸水链霉菌NND-52-C菌株是大环内酯类抗生素-阿扎霉素B的高产菌株。采用原生质体转化技术,将来自变铅青链霉菌TK24菌株的pU702质粒转化吸水链霉菌NND-52-C菌株的原生质体,建立了吸水链霉菌NND-52-C菌株的基因工程宿主载体系统。确定了NND-52-C菌株原生质体制备和再生的条件,其原生质体形成率达到10^8／mL,再生率约为0．2％,转化率为10^2-10^3个转化子／μg质粒DNA。     

河流沿线土地利用对策的研究

河流沿线土地是与河流、湖泊的生态学过程紧密相连,直接受洪水影响的沿河（湖）土地带,本文以生态学原理为指导,结合中国森林生态网络工程体系建设理论,对河流沿线土地安全和土地利用的原则、指导思想、理论依据及对策等问题进行了探讨,河流沿线土地安全包括土地的生态效闪安全、经济效益安全与社会效益安全3个方面,土地利用策略的原则是要确保三者的统一,找到三者的最佳结合部,土地利用的指导思想是要把治理与开发紧密结合起来,通过各种措施加强土地的安全建设,实行以增加林木比重为主的近自然的利用和管理对策,根据河流特征的地域分异来确定不同河流,不同河段的利用模式,并基于洪水干扰的风险等级和河流沿线土地的空间分异规律,诊为在河流沿线的纵向上,分别中下游不同河实施人为干扰程度不同的管理对策;横向上按照土地分异性和洪水安全性,分别弹性利用带、脆弱利用带和稳定利用带3条不同土地带采取不同的利用对策。     

三峡库区花岗岩坡耕地不同种植方式下水土流失定位研究

对三峡库区花岗岩坡耕地不同种植方式下水土流失规律的定位研究表明,库区雨季主要集中在5～8月,降雨量约占全年总降雨量的60%以上;此期间的土壤侵蚀量也占全年总侵蚀量的60%以上,其中6、7月土壤侵蚀量约占全年的1/2.不同种植方式下地面覆盖率差异较大,三熟制下或与多年生植物(牧草、黄花菜)间作时地面的覆盖率明显大于两熟制,夏季作物为花生时雨季的地面覆盖高于夏作为红薯,其土壤及养分流失量亦相对较低.不同种植方式下土壤及养分流失的大小顺序为油(麦)红薯>油菜(小麦)玉米红薯>油菜(小麦)玉米花生>油菜(小麦)金荞麦花生,油菜(小麦)黄花花生.研究结果还表明,在良好的种植与管理方式下,坡耕地土壤流失量仍可被控制在允许范围内.     

二氧化碳减排产柴油微藻培养体系研究进展

污水资源化、二氧化碳减排及微藻生物柴油是当前能源与环境领域的前沿课题。以下围绕污水及烟道气资源化培养产油微藻的培养体系,就藻种、营养条件、培养方式、培养环境及微藻生物反应器等影响产油微藻培养的因素研究进展进行了综述。在综述的基础上提出：由于微藻具有特殊营养方式,通过藻种筛选、微藻营养条件和培养环境的优化以及高效光生物反应器和生产工艺等的创新,可利用污水进行产油微藻生产,以获得生物柴油等高附加值产品,实现微藻生物能源、污水资源化处理和CO2减排三者高度耦合的产油微藻生产体系,从而减少微藻培养费用及污水处理费用,因此,该体系具有重要的环境、社会、经济价值和商业化应用前景。     

'IntraCell' plugin for assessment of intracellular localization of nano-delivery systems and their targeting to the individual organelles

Efficient intracellular targeting of drugs and drug delivery systems (DDSs) is a major challenge that should be overcome to enhance the therapeutic efficiency of biopharmaceuticals and other intracellularly-acting drugs. Studies that quantitatively assess the mechanisms, barriers, and efficiency of intracellular drug delivery are required to determine the therapeutic potential of intracellular targeting of nano-delivery systems. In this study we report development and application of a novel ‘IntraCell’ plugin for ImageJ that is useful for quantitative assessment of uptake and intracellular localization of the drug/DDS and estimation of targeting efficiency. The developed plugin is based on threshold-based identification of borders of cell and of the individual organelles on confocal images and pixel-by-pixel analysis of fluorescence intensities.We applied the developed ‘IntraCell’ plugin to investigate uptake and intracellular targeting of novel endoplasmic reticulum (ER)-targeted delivery system based on PLGA nanoparticles decorated with ER-targeting or control peptides and encapsulating antigenic peptide and fluorescent marker. Decoration of the nanoparticles with peptidic residues affected their uptake and intracellular trafficking in HeLa cells, indicating that the targeting peptide was identified as ER-targeting signal by the intracellular trafficking mechanisms in HeLa cells and that these mechanisms can handle nano-DDS of the size comparable to some intracellular vesicles (hundreds of nanometers in diameter).We conclude that decoration of nanoparticles with peptidic residues affects their intracellular localization and trafficking and can be potentially used for intracellularly-targeted drug delivery. ‘IntraCell’ plugin is an useful tool for quantitative assessment of efficiency of uptake and intracellular drug targeting. In combination with other experimental approaches, it will be useful for the development of intracellularly-targeted formulations with enhanced and controlled drug pharmacological activities, such as delivery of antigenic peptides for anticancer vaccination and for other applications.     

蛋白质组学在去泛素化酶研究中的应用

泛素-蛋白酶体系统是细胞内蛋白质特异性降解的主要途径,参与并调控细胞周期、免疫应答、信号传递和DNA修复等真核生物体内几乎所有的生命活动。去泛素酶的存在使泛素化修饰成为可逆过程,保证了泛素系统及其相关生理过程的动态平衡,其表达紊乱也是诱发多种疾病的主要原因。对去泛素化酶进行系统、全面的研究是理解其作用机制并将其作为治疗药物靶点的前提。蛋白质组学技术的快速发展为系统深入研究去泛素化酶提供了条件,特别是在去泛素化酶的相互作用网络和底物特异性研究等方面发挥了独特的作用。因此,文中结合课题组研究工作,对去泛素化酶的分类及功能进行介绍并总结了蛋白质组学在去泛素化酶研究中的应用进展。