"基因电脑克隆"软件SiClone的并行优化研究与实现

生物信息学中,发现、鉴别新基因是承上启下的一步,它既承接了过往如“基因组测序”的工作,又是未来“后基因时代”研究的基石．“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法,SiClone软件实现了“基因电脑克隆”功能．本文对SiClone软件操作的数据库提出并行处理方案,并详述了基于MPI(message passing interface)平台实现的并行优化版本PSiClone．根据已得到的EST数据库,展示了软件并行版PSiClone的运行性能,试验数据库EST序列条数仅仅是NCBI(The National Center for Biotechnology Information)dbEST庞大数据库的很小部分,这也暗示我们软件的并行工作对于大数据库的比较和运算将更有应用前景．     

水稻种质资源芽期耐冷性的鉴定与评价

对新收集的879份水稻种质资源进行了水稻芽期耐冷性的鉴定与评价,从中筛选出芽期耐冷性极强的水稻种质资源39份,均为贵州地方粳稻品种.供试粳稻品种61.23%具有强芽期耐冷性(3级),而籼稻品种只有13.77%具有强芽期耐冷性(3级 ),粳稻品种的芽期耐冷性显著强于籼稻品种.无论籼稻,还是粳稻,贵州地方稻种的芽期耐冷性显著强于来自其他地区的品种,从贵州地方稻种中挖掘极强耐冷种质资源的潜力较大 .     

心肌细胞／胶原复合体移植心梗大鼠梗死周边区的电偶联网络变化

目的应用免疫组化技术和电生理技术记录心肌细胞／胶原复合体对心梗大鼠梗死周边区的有效不应期（ERP）及缝隙连接蛋白43（Cx43）改变,探讨梗死周边区的电偶联网络变化。方法将成年SD大鼠随机分组：假手术组、模型组、移植组。后2组制作心肌梗死动物模型,假手术组仅开胸,不结扎冠状动脉,移植组移植心肌细胞与胶原材料复合组织。结果①左室ERP变化：与假手术组相比,心梗组梗死周边区ERP显著延长（P〈0．01）;移植组梗死周边区ERP延长,但较心梗阻ERP缩短,差异无显著性（P〉0．01）。②Cx43免疫组化结果：移植组Cx43阳性蛋白表达高于心梗组。结论移植的心肌细胞／胶原复合体移植可改善大鼠心肌梗死周边区缝隙连接电偶联网络,进而调控心肌细胞／胶原复合体与宿主心肌同步收缩。     

香菇栽培料新工艺

在国内香菇栽培料常规配方基础上,设计了添加2.5mL盐酸/kg取代常规配方中1%蔗糖的新工艺,经测定,2种栽培料灭菌后还原糖与蔗糖浓度、发菌期与子实体产量基本一致,新配方栽培料灭菌后pH值为5.6,是香菇菌丝生长最适pH值。新配方工艺可降低生产成本10%左右。     

珊瑚礁白化研究进展

珊瑚礁白化是由于珊瑚失去体内共生的虫黄藻和（或）共生的虫黄藻失去体内色素而导致五彩缤纷的珊瑚礁变白的生态现象。近年来,频繁发生的珊瑚礁白化导致了珊瑚礁生态系统严重退化,并已经影响到全球珊瑚礁生态系统的平衡,受到了人们的高度重视。研究认为：（1）大范围珊瑚礁白化主要是全球环境变化引起的,尤其是全球变暖和紫外辐射增强;（2）导致珊瑚礁白化的机制主要在于细胞机制和光抑制机制;（3）珊瑚礁白化后的恢复与白化程度有关,大范围白化的珊瑚礁完全恢复需要几年到几十年;（4）珊瑚礁白化的后果在于降低珊瑚繁殖能力、减缓珊瑚礁生长、改变礁栖生物的群落结构,导致大面积珊瑚死亡和改变珊瑚礁生态类型,如变为海藻型等;（5）与珊瑚共生的D系群虫黄藻更适应高温环境,珊瑚礁有可能通过D系群逐渐取代C系群的方式适应全球环境变化。     

测墒补灌对小麦光合特性和干物质积累与分配的影响

以高产冬小麦品种济麦22为材料,研究了测墒补灌对小麦光合特性和干物质积累与分配的影响.结果表明:W2(拔节期补灌至相对含水量75％,开花期70％)和DW2(拔节后10 d补灌至相对含水量75％,开花期70％)灌浆后期旗叶光合速率和实际光化学效率分别高于W3(拔节期补灌至相对含水量80％,开花期70％)和DW3(拔节后10 d补灌至相对含水量80％,开花期70％)处理;W2和DW2开花期和成熟期干物质积累量、开花前贮藏干物质向籽粒的转运量和籽粒干物质分配量高于W1(拔节期补灌至相对含水量65％,开花期70％)和DW1(拔节后10d补灌至相对含水量65％,开花期70％)处理,水分利用效率和灌溉水生产效率显著高于W3和DW3处理.相同补灌水平下,DW2和DW3灌浆后期旗叶光合速率和实际光化学效率分别高于W2和W3处理,开花期干物质积累量及其向籽粒的转运量低于W2和W3处理,开花后干物质积累量、籽粒产量、水分利用效率和灌溉水生产效率高于W2和W3处理.DW2是本试验条件下的高产高水分利用效率灌溉方案.     

period基因的Thr—Gly区段在果蝇和部分双翅目昆虫中的分子进化特征

以亲缘关系极近的近缘种类群、中等距离的远缘种类群为对象,分析生物钟基因period的Thr-Gly区段的分子进化特征,发现Thr-Gly区段在果蝇和部分双翅目昆虫中未曾经历性选择和其他定向的正选择。Thr-Gly区段在果蝇nasuta亚群中的分子进化速率为10.4×10     

我国丹顶鹤栖息地选择研究进展

丹顶鹤(Grus japonensis)是我国Ⅰ级重点保护野生动物,被世界自然保护联盟列为濒危物种。本研究通过搜集和整理2000至2017年丹顶鹤栖息地选择和生境适宜性相关文献,分析了丹顶鹤在繁殖期、迁徙期、越冬期的栖息地选择,发现丹顶鹤在这三个时期的最偏好生境均为芦苇沼泽或芦苇滩,回避人为干扰较为严重的居民点、道路、盐田等生境。通过梳理丹顶鹤繁殖地、中途停歇地、越冬地的栖息地变化及其原因,发现丹顶鹤栖息地变化是自然因素和人为因素共同驱动的结果,以人为因素为主。本研究希望为科学评价栖息地变化对丹顶鹤野生种群的影响、针对性地开展栖息地保护管理工作、促进丹顶鹤野生种群健康可持续发展提供依据。     

不同组织分离期对大圆头蛹虫草菌种性能的影响

为明确大圆头蛹虫草组织分离最佳分离时期,以大圆头蛹虫草优良母种为母本,采用组织分离法制备子代母种,以优良母种为对照,通过对不同组织分离期（35、40、45、50 d）子代母种平板培养、液体培养及栽培实验,考察不同组织分离期对子代母种培养性状及子实体形成能力的影响。结果表明,不同组织分离期大圆头蛹虫草子代母种培养性状存在较大的差异,其子实体形成能力与子代母种培养性状具有显著相关性,以组织分离期为40 d的子代母种性能表现最优,优良菌种筛选率最高（48%）,45 d次之（44%）,50 d最低（32%）。 明确大圆头蛹虫草优良菌种选育组织分离最佳时期为40 d,试验结果为大圆头蛹虫草优质菌种选育、复壮提供参考。     

Different strategies of Lotus japonicus, L. corniculatus and L. tenuis to deal with complete submergence at seedling stage

Two main strategies allow plants to deal with submergence: (i) escape from below water by means of shoot elongation, or (ii) remaining quiescent under the water until water subsides and then resume growth. We investigated these strategies in seedlings of Lotus japonicus, L. corniculatus and L. tenuis subjected to control and submergence for 12 days, with a subsequent 30-day recovery period. All three species survived submergence but used different strategies. Submerged seedlings of L. japonicus exhibited an escape strategy (emerging from water) as a result of preferential carbon allocation towards shoot mass and lengthening, in detriment to root growth. In contrast, seedlings of L. corniculatus and L. tenuis became quiescent, with no biomass accumulation, no new unfolding of leaves and no shoot elongation. Upon de-submergence, seedlings of L. japonicus had the lowest recovery growth (a biomass and shoot height 58% and 40% less than controls, respectively), L. corniculatus was intermediate and L. tenuis showed the greatest recovery growth. Previously submerged seedlings of L. tenuis did not differ from their controls, either in final shoot biomass or shoot height. Thus, for the studied species, quiescence appears to be an adequate strategy for tolerance of short-term (i.e., 12 days) complete submergence, being consistent with field observations of L. tenuis colonisation of flood-prone environments.