斑马鱼和鲤miR-1-2/133a-1基因间序列活性和调控研究

分别以斑马鱼(Danio rerio)和鲤(Cyprinus carpio L.)为研究材料,通过克隆斑马鱼和鲤miR-1-2和133a-1的基因间增强子序列,利用活体和离体实验探讨其是否具有肌肉特异性;并通过荧光素酶报告系统等研究转录因子MyoD是否调控该序列。研究结果显示:在活体实验中,无论斑马鱼还是鲤, miR-1-2/133a-1基因间序列均有肌肉特异性,且保留有保守区域(cr,含有E-box)的序列,注射72h后GFP表达量明显高于其他突变体。体外细胞实验也显示,转染含有cr序列的实验组,分化后的荧光素酶活性明显高于分化前。进一步探讨MyoD对miR-1-2/133a-1基因间序列的调控作用结果显示:无论是斑马鱼还是鲤, miR-1-2/133a-1基因间序列活性均受MyoD调控。结果为完善鱼类肌肉发育机理,及未来的鱼类分子育种奠定基础。     

祁连山天然气水合物赋存区钻孔细菌多样性

分析了青海省祁连山冻土区天然气水合物赋存区DK-6钻孔的4个样品,对岩心样品进行处理提取微生物总基因组,采用PCR构建了细菌16S rDNA基因文库,4个文库包括44个OTU,其中有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形杆菌门(Proteobacteria)(包括α-、β-和y-变形杆菌亚群)、放线菌纲(Actinobacteria)和异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)5类,煤、泥岩、粉砂岩等不同岩性的微生物群落之间显示出较大的组成差异,优势菌不同.细菌菌群多样性随采集点地质环境不同而有较明显的变化,天然气水合物含量、水含量、有机质含量等环境因素对冻土区天然气水合物赋存区中细菌菌群有一定的影响.4个样品中存在的微生物大部分可以代谢有机烃类,在天然气水合物环境的特殊条件下,外界环境因素制约了微生物的种类.     

几种经济作物根际拮抗细菌的多样性

采用抗菌谱测定以及BOXAIR-PCR、生理生化特征和16S rDNA序列分析等方法对分离自10种作物根际的55株拮抗细菌的多样性及主要拮抗菌类群进行了分析.结果表明： 根际拮抗细菌的拮抗作用具有丰富的多样性;BOXAIR-PCR分析中供试菌在721％相似性水平上可以聚为7个群,850%相似性水平上聚为25个群;所有供试根际拮抗菌分别属于芽孢杆菌属（Bacillus）芽孢杆菌属（Paenibacillus）、短芽孢杆菌属（Brevibacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和产碱菌属（Alcaligenes）.作物根际拮抗菌具有丰富的遗传多样性和拮抗性能多样性.     

新型冠状病毒相关TMPRSS2蛋白结构特征和抗原表位分析

采用生物信息学方法分析预测新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)的理化特性、结构特征和抗原表位,为抗SARS-CoV-2药物研...     

两种独行菜序列特征差异比较

以宽叶独行菜和钝叶独行菜为材料,采用CTAB法提取总DNA,参照文献中引物对两物种nrITS基因、trnL-trnF基因及psbA-trnH基因进行PCR扩增和测序,获得两物种的3个基因片段,并分析其序列特征。结果显示,nrITS基因序列中A+T含量低于G+C含量,而两叶绿体基因序列的碱基组成则相反,A+T含量显著高于G+C含量。用DNAMAN软件对两独行菜物种进行同源性分析,结果表明宽叶独行菜和钝叶独行菜nrITS、trnL-trnF及psbA-trnH基因序列同源性分别为95.65%、97.97%及99.25%。本研究首次扩增获得宽叶独行菜和钝叶独行菜psbA-trnH基因序列,为独行菜属植物分子遗传学积累了研究资料。     

木耳属真菌rDNA特异性扩增片段的RFLP研究

对木耳属8个种25个菌株的ITS和28SrDNA5’端两个区域分别进行了PCR扩增和限制酶切片段长度多态性（RFLP）研究。ITS－RFMP研究结果表明,HaeⅢ可将黑木耳与其它种区分开,MspⅠ可将盾形木耳、角质木耳、琥珀木耳和黑木耳4个种区分开,而供试的HaeⅢ、TaqⅠ、HinfⅠ和MaPⅠ这四种限制酶均不能将皱木耳、大木耳、网脉木耳及毛木耳4个种区分开,表明它们之间的亲缘关系较近;结果还表明,ITS—rDNA拷贝在毛木耳和琥珀木耳种内是异质性的,而在黑木耳种内是同质性的。285rDNA-RFLP研究结果表明,供试的4种限制酶中,仅MspⅠ可将盾形木耳和角质木耳区分开,而不能将其它种区分开,这显示了28SrDNA序列在木耳属不同种间的保守性。     

嗜盐菌素HalC8基因簇克隆与分析

采用基因组部分文库及锚定PCR技术,克隆了嗜盐菌素HalC8编码基因及其上下游可能的相关基因共约9.3kb的DNA序列。序列分析表明已知序列至少含有6个ORF,包括上游编码跨膜蛋白的halU基因、编码可能的调节蛋白的halR基因,编码嗜盐菌素HalC8及其免疫蛋白HalⅠ的proC8基因、以及位于proC8基因下游的编码可能的转运蛋白的halT1,halT2和halT3基因。这是国际上首次对嗜盐菌素基因簇可能的相关基因的克隆。     

百合查尔酮合成酶(CHS)基因的克隆与分析

以东方百合“索邦”基因组DNA为模板进行PCR扩增,将得到的目的片段克隆至pGEM-T easy载体后进行测序.结果表明,目的序列全长1 307 bp,经BLA ST分析,与鸢尾、玉米、水稻等植物的查尔酮合成酶(CHS)基因核苷酸同源性在70%以上;与已经克隆的CHS cDNA序列相比,CHS DNA序列中包含2个外显子和1个内含子,内含子全长82 bp,符合TG-AG特征.将得到的序列提交G enB ank,序列号为DQ 471951.     

广州地区艾滋病患者中人类疱疹病毒8感染及部分序列的检测

检测广州地区艾滋病患者中人类疱疹病毒8(HHV-8)的感染状况并完成部分序列的测序,从而了解HHV-8感染相关的Kaposi’s肉瘤在本地区艾滋患者中可能的罹患风险,并初步探讨HHV-8在本地区是否存在基因序列的变异。使用n-PCR法检测患者唾液中的HHV-8 DNA,PCR产物经ABI3100系统直接测序。结果显示在广州地区艾滋病患者中唾液HHV-8 DNA阳性率为20.0%,而在作为对照的健康组的阳性率为0.0%,艾滋病患者组与健康对照组间具非常显著性差异;检测的部分碱基序列未发现变异。提示在广州地区的艾滋病患者中存在较高的HHV-8感染。     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列。从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列。研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据。用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank。