1981～2005年中国H1N1甲型流感病毒血凝素基因的HA1演变特征

为了解1981~2005年我国H1N1甲型流感病毒血凝素基因的HA1演变特征,选取H1N1甲型流感病毒370株,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链反应扩增HA1并测序,测定的序列用生物信息软件分析,与GenBank中相关序列比较,并对推导的编码氨基酸序列进行基因特性分析。结果表明:HA1氨基酸的变异表现为抗原决定簇4个区均有变异,Sb区和Ca区变化较大;HA1受体结合位点(RBS)的前壁130环的第134位赖氨酸从1991年起在部分毒株HA1序列上开始缺失,以后缺失株逐步增多,自2000年起测定的所有毒株上该氨基酸全部缺失,同时这些缺失株的第137位氨基酸也全部由苏氨酸替换为丝氨酸;糖基化位点从增多到减少,最后稳定在7个;1981~2004年我国H1N1甲型流感病毒血凝素HA1编码的氨基酸在种系发育树上同年代基本呈现集中分布,与时间和地域无关,2005年毒株分成两个分支在时间上有明显差异。     

抗A型产气荚膜梭菌α毒素单链抗体基因的克隆和表达

应用RT PCR技术 ,从分泌具有中和活性的抗A型产气荚膜梭菌α毒素单克隆抗体的杂交瘤细胞中 ,扩增出抗体V_H 和V_L 基因 ,连接成ScFv基因 ,并将其克隆至pGEM T载体中构建了重组质粒pXScFv 2E3。经序列分析证实 ,V_H 和V_L 基因及linker基因拼接正确 ,基因全长为 726bp ,编码 242个氨基酸。随后将其定向克隆于表达载体pHOG21,转化至大肠杆菌XL1 BLUE筛选出表达菌株XL1 BLUE(pHOG 2E3)。经ELISA和SDS PAGE分析表明 ,在20℃用IPTG诱导培养时 ,表达的ScFv蛋白占菌体总蛋白的 25 %。并且ScFv基因表达产物能够中和α毒素的磷酯酶C活性     

从12S rRNA基因片段序列研究20种蛇的系统发生关系

本文测定了中国产蛇亚目20种蛇约800bp的mtDNA 12S rDNA基因片段序列。所测序列与楔齿蜥的同源序列一起经Clustal X1.8软件比对,共有881个位点,其中变异位点有494个。以楔齿蜥为外群,用NJ法构建了4科20种蛇的进化关系树,对这20种蛇的系统发生关系作了初步探讨。研究结果表明：所研究的4个科20种蛇分成4个支系。第一个支系包括蟒科的东方沙蟒和蟒2种蛇;第二个支系为蝰科3种蛇,即草原蝰、尖吻蝮、竹叶青组成一个单系群;眼镜蛇科的眼镜蛇和银环蛇构成第三个支系;游蛇科的13种蛇构成了第四个支系,其中灰鼠蛇、乌梢蛇和赤链蛇组成一个支系,锦蛇属的7种蛇组成一个单系群,然后它们与前一支系相聚。剩下的颈槽蛇属两种聚类后与赤链华游蛇构成一个支系,并与游蛇科其它蛇组成姐妹群。第四支系首先与第三支系眼镜蛇科聚类,第二支系蝰科构成了三、四支系眼镜蛇科和游蛇科的姐妹群,第一支系蟒科在系统树的最基部,为四个科中较原始的类群。     

Time lag and negative responses of forest greenness and tree growth to warming over circumboreal forests

The terrestrial forest ecosystems in the northern high latitude region have been experiencing significant warming rates over several decades. These forests are considered crucial to the climate system and global carbon cycle and are particularly vulnerable to climate change. To obtain an improved estimate of the response of vegetation activity, e.g., forest greenness and tree growth, to climate change, we investigated spatiotemporal variations in two independent data sets containing the dendroecological information for this region over the past 30 years. These indices are the normalized difference vegetation index (NDVI3g) and the tree‐ring width index (RWI), both of which showed significant spatial variability in past trends and responses to climate changes. These trends and responses to climate change differed significantly in the ecosystems of the circumarctic (latitude higher than 67°N) and the circumboreal forests (latitude higher and lower than 50°N and 67°N, respectively), but the way in which they differed was relatively similar in the NDVI3g and the RWI. In the circumarctic ecosystem, the climate variables of the current summer were the main climatic drivers for the positive response to the increase in temperatures showed by both the NDVI3g and the RWI indices. On the other hand, in the circumboreal forest ecosystem, the climate variables of the previous year (from summer to winter) were also important climatic drivers for both the NDVI3g and the RWI. Importantly, both indices showed that the temperatures in the previous year negatively affected the ecosystem. Although such negative responses to warming did not necessarily lead to a past negative linear trend in the NDVI3g and the RWI over the past 30 years, future climate warming could potentially cause severe reduction in forest greenness and tree growth in the circumboreal forest ecosystem.     

刚毛柽柳S-腺苷甲硫氨酸合成酶(ThSAMS)基因的克隆及表达分析

通过对刚毛柽柳转录组分析,克隆获得了一条与S-腺苷甲硫氨酸合成酶(SAMS)基因同源性高的基因,命名为ThSAMS。序列分析结果表明:ThSASM基因全长cDNA为1185bp,编码394个氨基酸,编码蛋白相对分子质量为97.85kDa,理论等电点为5.02。通过生物信息学分析表明,ThSASM基因编码的氨基酸与其他物种SAMS基因编码的氨基酸具有很高的同源性,其中与枣的同源性最高,达95%。实时荧光定量PCR(quantitativereal-timePCR,qRT-PCR)分析表明,ThSASM表达受NaCl、聚乙二醇(PEG)和ABA处理做出应答,暗示ThSASM可能参与了刚毛柽柳对盐和干旱的胁迫应答,为进一步研究SAMS基因在植物胁迫应答中的功能及作用机制提供了参考依据。     

人类新基因WDR24的研究初报

WD40家族是一类结构保守、功能复杂的蛋白.目前很多研究显示该家族成员通过参与MAPK信号途径调控细胞内信号转导而影响细胞的基本生命活动.为了鉴定参与细胞生命活动的新基因,运用同源基因克隆法,通过PCR技术扩增获得一个新的人类基因WDR24, 其cDNA全长3 302 bp,2 373 bp长的开放阅读框编码由790个氨基酸残基组成的蛋白质.生物信息学分析表明,WDR24蛋白在进化上高度保守,与其他脊椎动物中的同源蛋白组成了一个功能未知的亚家族.蛋白序列分析显示其中有6个WD40重复序列和1个ERK的停泊位点D-domain.RT-PCR分析表明,该基因在所有被检测的人类胚胎组织中表达.     

养殖牡蛎体内检出坎氏弧菌的鉴定

2 0 0 3年 9月从福建近海养殖太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)体内分离出 4株细菌 ,对它们形态、生理生化特征、盐度、温度和pH生长条件以及 16SrRNA基因序列进行了研究。结果表明 ,4株细菌均为革兰氏阴性杆菌 ,具极生单鞭毛 ,发酵葡萄糖产酸不产气 ,氧化酶阳性 ,生长需NaCl,无色素 ,不发光 ,在TCBS平板上形成中等大小圆形绿色菌落 ,对弧菌抑制剂O 12 9敏感 ,具有弧菌属的典型特征。结合 16SrRNA基因序列分析结果 ,该菌 (编号SXS1)与坎氏弧菌的亲缘关系最为接近 ,其同源性达 99 .0 % ,因此将该菌鉴定为坎氏弧菌。对该菌在环境中的分布与水产养殖动物疾病的关系进行了讨论。     

白细胞介素2-绿脓杆菌外毒素融合基因的克隆及高效表达

利用聚合酶链式反应和寡核苷酸介导的定向诱变技术构建了白细胞介素2-绿脓杆菌外毒素IL2-PE40、IL2-PE40KDEL、IL2-PE66~(4Glu)和IL2-PE66~(4Glu)KDEL融合基因的原核表达重组质粒,并实现了高效表达,表达产物占菌体总可溶蛋白的20％～30％。此外,由于这一表达质粒在IL-2cDNA与PE基因连接处引入了唯一的SmaⅠ位点,其5＇、3＇端分别含有唯一的EcoRⅠ、PstⅠ位点,因此可方便地用其它基因替换IL-2或PE基因而获得相应融合蛋白的表达质粒。     

海参i型溶菌酶基因及其编码产物的结构特点

通过RT-PCR 和 RACE PCR技术,从海参(Stichopus japonicus)体壁中克隆得到一种溶菌酶基因(GenBank：EF036468).生物信息软件分析表明,其中全长cDNA为 713 bp,5′非编码区（UTR）246 bp,3′UTR 29 bp,开放阅读框438 bp,编码145个氨基酸,包括溶菌酶成熟肽124个氨基酸和信号肽21个氨基酸.对海参溶菌酶与多种无脊椎动物的c、g和i型溶菌酶进行分析比较,发现它与i型溶菌酶有较高的同源性,并具有i型溶菌酶高度保守的2个活性位点,即Glu34和Ser50.活性位点附近具有i型溶菌酶的一段特有的氨基酸保守序列MDVGSLSCG(P/Y)(Y/F)QIK,所以推断克隆的海参溶菌酶为i型.另外,通过搜索蛋白保守结构域数据库,发现海参溶菌酶与医用水蛭失稳酶相似性最高,并且这2个酶的三级结构模型也极其相似.因此推测,海参i型溶菌酶具有双功能特性,既能作用于细菌细胞壁的糖苷键使细胞裂解,又具有失稳酶的一些生化功能,能够水解纤维蛋白,这些特点在海参自溶过程中发挥重要的作用.