An ancient enzyme finds a new home: Prevalence and neofunctionalization of trypsin in marine phytoplankton

Trypsin is an ancient protease best known as a digestive enzyme in animals, and traditionally believed to be absent in plants and protists. However, our recent studies have revealed its wide presence and important roles in marine phytoplankton. Here, to gain a better understanding on the importance of trypsin in phytoplankton, we further surveyed the distribution, diversity, evolution and potential ecological roles of trypsin in global ocean phytoplankton. Our analysis indicated that trypsin is widely distributed both taxonomically and geographically in marine phytoplankton. Furthermore, by systematic comparative analyses we found that algal trypsin could be classified into two subfamilies (trypsin I and trypsin II) and exhibited highly duplicated and diversified during evolution. We also observed markedly different domain sequences and organizations between and within the subfamilies, suggesting potential neofunctionalization. Diatoms contain both subfamilies of trypsin, with higher numbers of genes and more environment-responsive expression of trypsin than other lineages. The duplication and subsequent neofunctionalization of the trypsin family may be important in diatoms for adapting to dynamical environmental conditions, contributing to diatoms' dominance in the coastal oceans. This work advances our knowledge on the distribution and neofunctionalization of this ancient enzyme and creates a new window of research on phytoplankton biology.     

Localisation of acidic and basic fibroblast growth factors during mouse palate development and their effects on mouse palate mesenchyme cells in vitro

Summary The distribution of acidic and basic fibroblast growth factors (aFGF, bFGF) was mapped during mouse embryonic palate development. Generally, they localised most intensely in the basement membrane and epithelia rather than the mesenchyme. Localisation was predominantly restricted to the palatal nasal, and medial edge epithelia. Staining was particularly intense in the medial edge epithelia at the time of mid-line epithelial seam formation. Intense staining persisted in the epithelia of the degenerating seam and later in the oral and nasal epithelial triangles. Mouse embryonic palate mesenchyme (MEPM) cells cultured in vitro on a variety of substrata (on plastic, on the surface of a collagen gel and within a collagen gel) responded to treatment with aFGF or bFGF. These responses were modulated by the culture substratum. The FGFs stimulated MEPM cell proliferation on plastic and on collagen, but inhibited cell growth in collagen. The FGFs had little effect on protein production when cells were cultured on plastic, but caused a large reduction in on-collagen and incollagen cultures. This reduction was greater in collagenous than non-collagenous proteins. Generally, treatment with FGFs stimulated the production of glycosaminoglycans (GAGs), particularly hyaluronan (HA) and dermatan sulphate (DS). In addition, the size class of HA was shifted to a higher molecular weight form. These data indicate that aFGF and bFGF may play a role in modulating mesenchymal cell matrix biosynthesis, so facilitating palatal epithelial seam degeneration. Correspondence to: M.W.J. Ferguson     

中国旧石器原料开发策略的研究进展

石料开发与获取是石器生产操作链的重要环节,也是史前人地关系研究的重要内容,能够反映史前人类的资源开发策略、环境认知与适应能力、移动模式和交流贸易网络等。相比于旧大陆西侧,东亚地区的燧石和黑曜岩等优质石料产地相对稀缺,中国许多旧石器考古遗址的石器原料主要来自遗址周边质量欠佳的脉石英、石英岩和一般燧石等,而相关的旧石器时代石料开发策略系统研究也相对较少。本文对中国目前已开展的旧石器时代石料开发策略研究进行系统梳理分析和总结发现,从旧石器时代早期到晚期末段,中国境内史前人类的石料开发策略存在明显的时空变化,主要体现在石料类型组成、产地选取和开发方式三个方面,可能主要受到史前人类流动性变化、石器技术演变和环境变化等因素的共同影响。综合而言,开展旧石器时代遗址的石料开发策略研究,对于理解中国境内史前人类的行为模式和交流迁徙等有重要意义。     

鸭蛋黄颜色的生态遗传分析

1 引言 蛋黄颜色作为衡量禽蛋质量的主要经济性状之一,愈来愈受到消费者的关注,家鸡中这种性状的遗传力很低。Farnsworth等(1955)发现其遗传力为0.15,Torges报道其仅为0.05,Vanchev等(1980)估测母系遗传力为0.18,父系为0.47。因此,决定蛋黄色度主要是饲料因素,饲料中的氧化类胡萝卜素(叶黄素和玉米黄质)为蛋黄提供色素来源,能大量提供有效类胡萝卜素的饲料有藻类、紫花苜蓿、黄(白)玉米、大豆等植物,甲壳类动物、微生物(醇母)及类胡萝卜素制剂Mackey分别用墨角藻(Fucus vesiculosus)、齿缘墨角藻     

Bayesian tests for random mating in polyploids

Hardy–Weinberg proportions (HWP) are often explored to evaluate the assumption of random mating. However, in autopolyploids, organisms with more than two sets of homologous chromosomes, HWP and random mating are different hypotheses that require different statistical testing approaches. Currently, the only available methods to test for random mating in autopolyploids (i) heavily rely on asymptotic approximations and (ii) assume genotypes are known, ignoring genotype uncertainty. Furthermore, these approaches are all frequentist, and so do not carry the benefits of Bayesian analysis, including ease of interpretability, incorporation of prior information, and consistency under the null. Here, we present Bayesian approaches to test for random mating, bringing the benefits of Bayesian analysis to this problem. Our Bayesian methods also (i) do not rely on asymptotic approximations, being appropriate for small sample sizes, and (ii) optionally account for genotype uncertainty via genotype likelihoods. We validate our methods in simulations and demonstrate on two real datasets how testing for random mating is more useful for detecting genotyping errors than testing for HWP (in a natural population) and testing for Mendelian segregation (in an experimental S1 population). Our methods are implemented in Version 2.0.2 of the hwep R package on the Comprehensive R Archive Network https://cran.r-project.org/package=hwep .     

血清SIRT1水平与射血分数保留的心力衰竭患者炎性因子、氧化应激的相关性分析及对预后的影响研究

摘要 目的：探讨血清去乙酰化酶1（SIRT1） 水平与射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）患者炎性因子、氧化应激的相关性,分析SIRT1预测HFpEF患者预后的价值。方法：选择2019年10月至2021年6月青岛阜外心血管病医院收治的190例HFpEF患者为HFpEF组,92例心功能正常的健康体检志愿者为对照组。HFpEF患者出院后随访12个月,统计随访期间不良心血管事件发生情况,多因素Logistic回归分析HFpEF患者预后不良的影响因素。结果：HFpEF组血清SIRT1水平低于对照组（P＜0.05）,白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、C反应蛋白（CRP）、丙二醛（MDA）、晚期氧化蛋白产物（AOPP）水平高于对照组（P＜0.05）。HFpEF患者血清SIRT1水平与IL-6、TNF-α、CRP、MDA、AOPP呈负相关（r=-0.496、-0.502、-0.419、-0.533、-0.542,P＜0.05）。190例患者2例失访,余188例HFpEF患者中41例预后不良,147例预后良好。预后不良组美国纽约心脏病协会（NYHA）Ⅳ级比例、IL-6、TNF-α、CRP、MDA、AOPP、N末端B型利钠肽前体（NT-proBNP）水平、左室收缩末期内径（LVEDS）、左室舒张末期内径（LVEDD）、二尖瓣舒张早期血流峰值（E）与舒张晚期血流峰值（A）（E/A）高于预后良好组（P＜0.05）,血清SIRT1水平、左心室射血分数（LVEF）低于预后良好组（P＜0.05）。高IL-6、高MDA、高NT-proBNP是HFpEF患者预后不良的危险因素（P＜0.05）,SIRT1是HFpEF患者预后不良的保护因素（P＜0.05）。结论：HFpEF患者血清SIRT1水平降低,与HFpEF患者炎症反应、氧化应激以及预后不良的发生有关,可作为HFpEF患者预后评估的辅助指标。     

直接前方入路与后外侧入路全髋关节置换治疗股骨颈骨折的疗效比较及术后髋关节功能的影响因素分析

摘要 目的：比较直接前方入路与后外侧入路全髋关节置换治疗股骨颈骨折的疗效及术后髋关节功能的影响因素分析。方法：选取2019年5月至2021年12月徐州医科大学附属医院收治并行全髋关节置换治疗股骨颈骨折患者96例,按照手术方法的不同分为直接前方入路组（n=48）和后外侧入路组（n=48）。观察两组围术期指标、并发症发生情况,比较两组治疗前后Harris评分、视觉模拟评分法（VAS）。并应用单因素、多因素Logistic回归分析患者术后髋关节功能的影响因素。结果：直接前方入路组下床时间、切口长度、住院时间显著短于后外侧入路组,术中失血量、术后引流量显著低于后外侧入路组,而手术时间显著长于后外侧入路组（P<0.05）。直接前方入路组术后1、3个月Harris评分显著高于后外侧入路组,VAS评分显著低于后外侧入路组（P<0.05）。两组术后并发症发生率比较,无统计学差异（P＞0.05）。两组治疗6个月后髋关节功能优良率比较,差异无统计学意义（P>0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示：体质量指数≥24 kg/m²、术后锻炼时间<3 h/d、合并骨质疏松是接受全髋关节置换治疗的股骨颈骨折患者术后髋关节功能不良的危险因素（P＜0.05）。结论：直接前方入路全髋关节置换术较后外侧入路全髋关节置换术短期内优势明显,表现为对患者的创伤更小,术后疼痛程度较轻,有利于患者的髋关节功能恢复。体质量指数≥24 kg/m²、术后锻炼时间<3 h/d、合并骨质疏松是接受全髋关节置换治疗的股骨颈骨折患者术后髋关节功能不良的危险因素。     

吸烟对种植体周围炎患者龈下菌群、龈沟液炎症因子和RANKL/OPG比值的影响

摘要 目的：探讨吸烟对种植体周围炎患者龈下菌群分布、龈沟液炎症因子白细胞介素-4（IL-4）、白细胞介素-5（IL-5）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-8（IL-8）、白细胞介素-17（IL-17）和核因子-κB受体活化因子配体/骨保护素（RANKL/OPG）比值的影响。方法：选择2019年3月至2022年3月首都医科大学附属北京友谊医院口腔科收治的种植体周围炎患者99例（共151颗种植体）,根据是否吸烟分为吸烟组（45例,68颗种植体）和非吸烟组（54例,83颗种植体）,比较两组患者种植体牙周改良菌斑指数（mPLI）、牙龈出血指数（GBI）、种植体周围探诊深度（PPD）,采集两组龈下菌斑进行细胞培养并进行菌种鉴定,分析两组龈下菌群分布情况,比较两组龈沟液中IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-17、RANKL/OPG比值。结果：吸烟组mPLI、GBI、PPD高于不吸烟组（P＜0.05）。吸烟组厌氧菌检出率高于非吸烟组（P＜0.05）,有益菌检出率低于非吸烟组（P＜0.05）,两组需氧菌检出率比较差异无统计学意义（P＞0.05）。吸烟组龈沟液IL-4、IL-5、IL-6、IL-8、IL-17水平均高于非吸烟组（P＜0.05）。吸烟组龈沟液RANKL水平、RANKL/OPG比值高于非吸烟组（P＜0.05）,OPG水平低于非吸烟组（P＜0.05）。结论：吸烟可导致种植体周围炎患者龈下厌氧菌增加,加重炎症反应,增加牙槽骨吸收风险。     

小儿豉翘清热颗粒联合奥司他韦对急性上呼吸道感染患儿血清炎性因子和外周血T淋巴细胞亚群的影响

摘要 目的：探讨小儿豉翘清热颗粒联合奥司他韦对急性上呼吸道感染患儿血清炎性因子和外周血T淋巴细胞亚群的影响。方法：选择2019年9月至2022年1月期间合肥市第二人民医院收治的急性上呼吸道感染患儿180例。按照双色球法将患儿分为对照组和研究组,在常规治疗的基础上,对照组（给予磷酸奥司他韦颗粒治疗）和研究组（给予小儿豉翘清热颗粒联合磷酸奥司他韦颗粒治疗）,两组各为90例。对比两组疗效、临床症状缓解情况、T淋巴细胞亚群指标、炎性因子水平和不良反应发生情况。结果：研究组的临床总有效率为95.56%,高于对照组的83.33%（P<0.05）。研究组的咳嗽、发热、咽痛、鼻塞流涕等症状缓解时间均短于对照组（P<0.05）。治疗5 d后,研究组CD3⁺、CD4⁺、CD4⁺/CD8⁺高于对照组,CD8⁺低于对照组（P<0.05）,研究组血清降钙素原（PCT）、白介素6（IL-6）、血清淀粉样蛋白A（SAA）、超敏C反应蛋白（hs-CRP）低于对照组（P<0.05）。两组不良反应发生率组间对比无明显差异（P>0.05）。结论：奥司他韦联合小儿豉翘清热颗粒治疗急性上呼吸道感染,可提高患儿的免疫力,降低血清PCT、IL-6、SAA、hs-CRP水平,有助于临床症状改善。     

多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的危险因素分析

摘要 目的：探讨多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的危险因素。方法：选取本院2019年5月至2022年5月收治的198例重症肺炎患者,根据患者在ICU住院期间是否死亡分为存活组（121例）和死亡组（77例）。对重症肺炎患者多药耐药菌感染情况,多药耐药G⁺耐药情况,多药耐药G^-耐药情况进行分析,对影响多药耐药菌感染重症肺炎患者预后危险因素的单因素分析,将单因素分析中差异有统计学意义的变量进行多因素Logistic回归分析,筛选影响多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的危险因素。结果：198例重症肺炎患者中,多药耐药菌感染患者60例,占比30.30 %,共分离出病原菌290株,其中多药耐药菌65株,占比22.41 %,其中占比比较高的有鲍曼不动杆菌（23.08 %）、铜绿假单胞菌（20.00 %）、金黄色葡萄球菌（20.00 %）、肠炎克雷伯菌（10.77 %）;重症肺炎患者多药耐药G⁺对青霉素、克林霉素、红霉素等具有较高的耐药性,而对万古霉素、替考拉宁、替加环素较为敏感;重症肺炎患者多重耐药G^-对多种抗菌药物均表现出耐药性,其中对头孢他啶、头孢吡肟等具有较高的耐药性;单因素分析结果显示,死亡组患者中男性、年龄≥70岁、APACHEⅡ评分≥26分、有创通气的患者占比显著高于存活组,碳青霉烯类抗生素使用的患者占比显著低于存活组（均P<0.05）,两组患者肺部基础疾病、脑血管疾病、高血压、联合使用其他抗生素的占比,以及两组患者机械通气时间比较无差异（均P>0.05）;纳入多因素非条件Logistic回归模型分析显示,男性、年龄≥70岁、APACHEⅡ评分≥26分、有创通气为多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的危险因素（OR=1.568、1.203、2.812、1.674,均P<0.05）,而碳青霉烯类抗生素使用是多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的保护因素（OR=0.542,P<0.05）。结论：多药耐药菌感染重症肺炎患者的主要菌株为鲍曼不动杆菌,且男性、年龄≥70岁、APACHEⅡ评分≥26分、有创通气为多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的危险因素,而碳青霉烯类抗生素使用是多药耐药菌感染重症肺炎患者预后的保护因素。