大黄鱼源溶藻弧菌的鉴定及其菌蜕制备

【背景】菌蜕是诱导Phi X174噬菌体裂解基因E(Lysis E)在革兰氏阴性菌中表达后所获得无细胞内容物的细菌空壳。菌蜕生物安全性高,能以类似活菌方式诱导机体产生良好的系统和黏膜免疫应答。【目的】对分离自患溃疡病大黄鱼肝脏中的病原菌株16-3进行种属鉴定,利用温控调节表达系统控制Phi X174噬菌体裂解基因E在该菌株中的表达来制备菌蜕,为防控鱼类溶藻弧菌感染提供有效手段。【方法】采用形态特征观察、生理生化特性测定及16S r RNA基因序列分析等方法对菌株16-3进行鉴定;构建温控裂解质粒p BV220-Lysis E,并将其电转至溶藻弧菌菌株16-3,形成重组溶藻弧菌菌株16-3(p BV220-Lysis E);将不同起始浓度的重组溶藻弧菌培养物同时进行42°C升温诱导,比较其溶菌动力曲线和裂解效率的差异;在最佳条件下制备溶藻弧菌菌株16-3菌蜕,电镜观察其形态与结构,采用倾注平板法测定冻干菌蜕中的活菌数。【结果】综合菌株16-3在形态、生理生化及16S r RNA基因系统发育等方面的特性,确定其为溶藻弧菌;构建了温控裂解质粒p BV220-Lysis E和重组溶藻弧菌菌株16-3(p BV220-Lysis E);溶藻弧菌菌株16-3菌蜕制备的最佳条件是选择起始浓度OD600为0.3的菌液进行诱导,诱导3 h后即可收获菌蜕,其裂解效率为96.9%,但经冻干处理后的菌蜕无活菌残留;电镜观察发现菌株16-3菌蜕保持原细胞的基本形态,但细胞表面有明显的溶菌孔道,且由于细胞内容流失而使细胞表面发生皱缩。【结论】制备出溶藻弧菌菌株16-3菌蜕,为其作为疫苗或疫苗递送载体奠定了基础。     

铜绿假单胞菌在液滴界面的二维和三维运动特征

【目的】环境中无处不在的气-液界面能够影响细菌的运动和养分的传输扩散,进而调控微生物的种群互作和群落结构。因此,系统地认知微生物在微观界面的运动特征对于理解和解析微生物多样性的产生、维持机制以及生态功能至关重要。【方法】本文基于微流体显微系统(超高速荧光显微镜和数字全息显微镜),以具备主动运动能力的模式菌株铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosaPAO1)为研究对象,观测并解析了细菌细胞在气-液界面的二维运动特征和气-液-固界面的二维与三维运动特征。【结果】PAO1既能在气-液界面处执行近似直线轨迹的运动,也能在气-液界面下方执行顺时针或逆时针旋转的圆周运动(最小曲率半径Rmin=3μm)。在气-液-固界面处,6.45%的不运动细胞聚集于气-液-固界面边缘处,并在该处完成不可逆附着;同时,游动细胞由于受到液滴内部毛细管流和马兰戈尼(Marangoni)涡流运动的综合作用,直线游动至距界面约40μm内的区域后,其运动轨迹转变为垂直界面方向返回或以近似界面平行方向运动并附着,这些行为显著调节了PAO1的空间分布,促使了其朝向气-液-固界面的迁移,表明个体PAO1的鞭毛在此...     

西双版纳5种附生兰非菌根内生真菌多样性研究

从西双版纳纳板河流域国家级自然保护区的盆距兰Gastrochilus、隔距兰Cleisostoma、毛兰Eria、贝母兰Coelogyne和万代兰Vanda的根、茎、叶分离得到172株非菌根内生真菌,根据ITS1-5.8S-ITS2 rDNA系统发育分析鉴定为盘菌亚门的4纲11目29属,其中炭角菌目、肉座菌目和格孢腔菌目真菌的相对频率最高;Xylaria、Fusarium和Phoma为主要优势属,相对频率分别为23.3%、14.5%和10.5%,它们的组织专化性不同,其中Xylaria在根、茎和叶均有分布,而Fusarium和Phoma都分离自根部。不同组织的内生真菌多样性和种类组成差异明显,根、茎和叶的内生真菌Shannon多样性指数分别为2.4083、1.0312和0.6557,表明根部内生真菌多样性显著高于茎、叶内生真菌多样性,其中根的主要优势内生真菌类群有Fusarium、Xylaria和Phoma,茎的主要优势内生真菌类群有Xylaria、Pestalotiopsis和Colletotrichum,叶的主要优势内生真菌类群有Colletotrichum、Pallidocercospora、Pantospora和Phyllosticta。从附生兰种类来看,盆距兰、隔距兰、毛兰、贝母兰和万代兰内生真菌的Shannon多样性指数分别为2.2689、2.2635、2.0115、1.9197、1.7139,表明盆距兰和隔距兰内生真菌多样性高于毛兰、贝母兰和万代兰。     

基于高通量测序的黄河三角洲4种人工林土壤细菌结构及多样性研究

为研究黄河三角洲不同人工林土壤细菌群落特征,应用高通量测序技术,比较分析了刺槐、榆树、白蜡、臭椿4种人工林土壤细菌结构及多样性,并结合土壤理化性质进行相关性分析。结果表明:人工林土壤中共有31门细菌;4种人工林土壤中酸杆菌门、变形菌门、放线菌门细菌以及刺槐、臭椿人工林土壤中硝化螺旋菌门细菌是土壤中的优势群落。不同人工林土壤中酸杆菌门、变形菌门、硝化螺旋菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门、广古菌门、泉古菌门、蓝藻菌门细菌丰度差异显著。刺槐人工林土壤细菌多样性最高;白蜡人工林土壤细菌多样性最低。土壤pH、含水量、有机质含量与酸杆菌门细菌丰度呈显著负相关关系,土壤pH与变形菌门、硝化螺旋菌门、芽单胞菌门细菌丰度呈极显著正相关关系;土壤pH、有效磷含量与人工林细菌多样性呈显著正相关关系。以上研究结果表明,黄河三角洲不同人工林土壤细菌群落存在一定差异,土壤pH、含水量、有机质、有效磷含量是影响土壤细菌结构和多样性的主要土壤因素。     

Construction and characterization of a bacterial artificial chromosome library of thermo-sensitive genie male-sterile rice 5460S

In order to develop a detailed physical map of the thermo-sensitive genie male-sterile (TGMS) gene-encompassing region and finally clone the TGMS gene, a high-quality rice bacterial artificial chromosome (BAC) library from TGMS rice 5460S was constructed. The method of constructing BAC library was examined and optimized. The 5460S library consists of 19 584 BAC clones with an average insert size of 110 kb, which represents about 5 times rice haploid genome equivalents. Rice inserts of up to 140 kb and 250 kb were isolated and appeared stable after 100 generations of serial growth. Hybridization of BAC clones with mitochondrial and chloroplastic genes as probes demonstrated that this library has no organellar contamination. The 5460S library was screened with 3 molecular markers linked to tmsl gene as probes and at least 1 BAC clone was identified with each probe. The insert ends of positive clones were successfully isolated using thermal asymmetric interlaced PCR (TAIL-PCR) technique.     

树[鼠句]正常肠道细菌的培养分离鉴定及其药敏试验研究

目的了解人工饲养树[鼠句]肠道菌群感染情况及其各种细菌对药物的敏感性。方法通过肠道细菌采样、培养、分离和菌落生长特性观察,并经革兰氏染色、氧化酶试验、触酶试验、生化编码鉴定管试验和9种药敏试验分析,初步鉴定了107例人工饲养树[鼠句]肠道感染细菌的种类和这些细菌对药物的敏感程度。结果本次细菌培养共从树[鼠句]肠道中培养分离出5株细菌,其中革兰氏阳性菌2株,革兰氏阴性菌3株,以大肠杆菌和葡萄球菌最为多见。同时确定了菌株的药敏情况为：（1）大肠杆菌对头孢类药头孢哌酮最为敏感,对药物磺胺甲嚼唑／甲氧苄定、氧氟沙星、左氧氟沙星、呋喃妥因、诺氟沙星、氨苄西林高敏;（2）沙门氏菌对阿米卡星最为敏感,对药物头孢哌酮青霉素G高敏;（3）链球菌对试验药物氨苄西林、头孢哌酮、呋喃妥因显示为中敏;（4）葡萄球菌对头孢类药头孢哌酮、磺胺类磺胺甲晤唑／甲氧苄定、沙星类诺氟沙星、左氧氟沙星、氧氟沙星、呋喃妥因和氨苄西林最为敏感,对其它药物均为中敏;（5）假单胞菌对药物左氧氟沙星最为敏感,对大多数药物都显示高敏。结论大肠杆菌和葡萄球菌可能是树鼢肠道中正常寄生的主要菌群,同时其它菌群也有寄生。用药敏实验筛选出的药物可为临床用药和动物的生物净化提供指导依据。     

杜仲内生真菌DZ05的鉴定及抗菌生物活性研究

结合菌株的形态学特征和ITS序列分析结果,对1株分离自杜仲茎部的内生真菌菌株DZ05进行鉴定,并对其在PDA液体培养基摇床培养3 d获得的发酵液对多种测试菌进行抗菌活性研究。结果显示:(1)分离自杜仲茎部的内生真菌菌株DZ05经形态学特征和ITS序列分析,被鉴定为淡紫色拟青霉。(2)其发酵液的乙酸乙酯提取物对6种测试细菌和9种测试植物病原菌均具有明显的抑菌活性,抑菌圈直径在13～45 mm之间,其中对番茄灰霉病菌、番茄叶霉病菌和苹果炭疽病菌抑菌圈直径＞40 mm。研究表明,杜仲内生真菌DZ05的代谢产物具有广谱的抗菌活性,在植物病原菌的生物防治领域具有较大的应用前景。     

内生芬芳镰刀菌Dzf2中两个抗菌活性成分(英文)

采用活性追踪的方法从盾叶薯蓣内生芬芳镰刀菌Dzf2中分离到两个抗菌活性成分,通过物理化学性质和波谱学特征鉴定为镰刀菌酸(1)和9,10-脱氢镰刀菌酸(2)。采用多孔板-MTT-比色法和孢子萌发法测定了化合物的抗菌活性。镰刀菌酸和9,10-脱氢镰刀菌酸对供试细菌的半抑制浓度(IC50)值为35.35μg/mL至171.29μg/mL;对稻瘟菌孢子萌发的IC50值分别为28.83μg/mL和27.06μg/mL。     

细菌抗氧化系统-oxyR调节子研究进展

细菌抗氧化系统是细菌抵抗呼吸作用及环境因素导致的氧化损伤的一套防卫系统.oxyR调节子是最早发现的具有抗氧化作用的系统之一,由OxyR调节蛋白的编码基因oxyR及其调控的基因和操纵子所构成.oxyR调节子参与了细菌的抗氧化作用、抑制自发突变、致病性、铁代谢及外膜蛋白相变等多种生理代谢作用,这些发现促进了该调节子在细菌耐药性以及致突变物质筛查等方面的研究应用.作者主要从细菌oxyR调节子的结构组成、参与的生理代谢作用、OxyR调控转录的分子机制及影响因素等方面结合最新研究成果展开了介绍,以期对开展细菌抗药性研究及致突变物质的筛查等提供参考.     

Comparison of Metagenomic DNA Extraction Methods for Soil Sediments of High Elevation Puga Hot Spring in Ladakh,India to Explore Bacterial Diversity

Extraction of good-quality metagenomic DNA from extreme environments is quite challenging, particularly from high elevation hot spring sediments. Low microbial load, high humic acid content and other contaminants complicate the process of extraction of metagenomic DNA from hot spring sediments. In the present study, efficacy of five manual DNA extraction protocols with modifications has been evaluated for metagenomic DNA extraction from boron–sulfur rich high elevation Puga hot spring sediments. Best suited protocol was identified based on the cell lysis efficiency, DNA yield, humic acid content, PCR reproducibility and representation of bacterial diversity. Quantity as well as quality of crude metagenomic DNA differed remarkably between various protocols used and were not pure enough to give PCR amplification using 16S rRNA bacterial and archaeal primers. Crude metagenomic DNA extracted using five different DNA extraction protocols was purified using spin column based purification method. Even after purification, only three protocols C, D and E yielded metagenomic DNA that could be amplified using both archaeal and bacterial primers. To evaluate the degree of microbial diversity represented by protocols C, D and E, phylogenetic genes amplified were subjected to amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and denaturing gradient gel electrophoresis analysis (DGGE) analysis. ARDRA banding pattern of amplicons generated for all the three extraction protocols, i.e., C, D and E were found to be similar. DGGE of protocol E derived amplicons resulted in the similar number of dominant bands but a greater number of non-dominant bands, i.e., the highest microbial diversity in comparison to protocols C and D, respectively. In the present study, protocol E developed from Yeates et al. protocol has been found to be best in terms of DNA yield, DNA purity and bacterial diversity depiction associated with boron–sulfur rich sediment of high elevation hot springs.