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【目的】通过挖掘实验性文献,建立巨大芽胞杆菌事实型代谢网络模型,以详尽解析生理特性,优化其生理功能。【方法】从PubMed、Derwent Innovations Index、中国知网等公共文献(专利)数据库中获取与巨大芽胞杆菌(Bacillus megaterium)相关的实验性文献建立本地文献数据库。采用文献挖掘工具获取功能基因、酶、代谢物和生化反应等信息,以其为基础构建代谢网络粗模型,进一步借助KEGG等数据库修正以及Matlab程序的模拟得到精细模型(系统生物学标记语言的形式)。【结果】最终的精细模型共有292个生化反应、378个代谢物、220个酶和217个基因。以1.62 mmol/g cell/h的葡萄糖底物吸收速率为限制性条件,模拟的菌体比生长速率为0.089 h-1,略低于实验值0.11 h-1。此外,嘧啶代谢途径的单基因敲除模拟结果表明,准确率为90%。【结论】该代谢网络模型涵盖了中心代谢途径、维生素B12合成途径和氨基酸代谢途径,并在一定程度上反映了营养底物与基因对巨大芽胞杆菌生长性能的影响。 相似文献
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本文基于静息态功能磁共振成像研究18名健康男性大学生志愿者在服用盐酸哌甲酯药物后大脑默认网络的效应连接变化。应用动态因果模型方法分析比较在服用安慰剂和盐酸哌甲酯药物两种条件下静息态默认网络的效应连接的区别。静息态的动态因果模型分析以文献研究提供的网络模型为先验基础,将低频波段信号(0.01~0.08 Hz)作为默认网络的驱动输入,再根据盐酸哌甲酯药物对节点间不同连接的调节作用设计32种动态因果可能性模型,最终通过拟合分析和贝叶斯模型选择得到最优模型及模型参数。结果表明,在静息条件下默认网络的内侧前额叶到后扣带回、两侧顶下小叶到内侧前额叶以及右侧顶下小叶到后扣带回的效应连接分别表现为促进状态,而左侧顶下小叶到后扣带回却表现为抑制连接。进一步地,根据盐酸哌甲酯药物与安慰剂条件的连接参数的配对统计比较发现,盐酸哌甲酯显著调节右侧顶下小叶到内侧前额叶皮质的连接(t=2.724,P=0.016),使其由弱促进状态转变为抑制状态,但对其它连接无显著影响。本研究结果表明,盐酸哌甲酯药物对正常志愿者大脑静息态默认网络的效应连接具有显著的调制作用。 相似文献
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