非编码RNA与竞争性内源RNA调控网络在慢性阻塞性肺疾病中的研究进展

非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)与竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络是近几年国内外医学行业的研究热点之一,它们通过多环节、多因素、多靶点调控,直接或间接参与多种疾病的基因组转录或转录后调控过程。慢性阻塞性肺疾病是一种持续性气流受限的呼吸慢性疾病,该文对ncRNA与ceRNA调控网络在慢性阻塞性肺疾病中的研究近况进行归纳总结,为今后慢性阻塞性肺疾病的临床诊治开辟崭新的研究角度与方法。     

基于网络药理学探究芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的机制

本研究通过体外实验与网络药理学相结合的方法分析芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的相关作用机制。制备高糖环境下视网膜血管内皮细胞的体外模型,探究芍药苷对糖尿病视网膜病变的保护作用;从TCMSP、 UniProt、 PubChem、 PharmMapper、 SwisstargetPrediction、 GeneCards、 OMIM、 DrugBank、 TTD数据库获取芍药苷和糖尿病视网膜病变的作用靶点,使用韦恩图获取核心靶点;基于STRING数据库,采用Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和“药物-靶点-疾病”网络;应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并用AutoDock软件将芍药苷与核心靶点进行分子对接验证。体外实验结果显示,芍药苷能显著抑制视网膜血管内皮细胞的增殖,降低其迁移能力并减少管腔形成长度。网络药理学结果显示共获取芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的核心靶点154个,其中度值较高的靶点包括VEGFA、 IL6等。GO功能共富集到705个GO条目,主要涉及细胞对药物的反应、血管内皮细胞迁移的调节、细胞增殖的调节等生物过程;KEGG通路富集...     

基于网络药理学和实验验证探究糖肾宝复方治疗糖尿病肾病的作用机制

网络药理学方法结合分子生物学实验探究糖肾宝复方（Tangshenbao compound,TSB）治疗糖尿病肾病（diabetic nephropathy, DN）的作用机制。使用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库,结合相关文献,得到TSB相关活性成分与靶点;通过GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库,获得TSB治疗DN候选靶点;利用在线作图软件绘制“TSB-DN”候选靶点Venn图,并结合Cytoscape 3.7.2软件进行GO和KEGG富集分析;然后使用PyMOL、AutoDock Tools和AutoDock Vina软件完成活性成分配体与靶蛋白晶体结构对接;再通过体外培养小鼠肾小球系膜细胞Mcs进行细胞实验验证,实时荧光定量PCR检测各组细胞中STAT3、PIK3CD、PIK3R1、MAPK8及关联性靶点Ets-1 mRNA表达水平,CCK-8法检测24 h后的细胞活性。结果发现,Swiss Target Prediction数据库合并处理后共获得TSB作用靶点835个,联合GeneCards、DisGeNET、OM...     

主编导读

第三代测序技术 自1868年Miescher在白细胞中首次发现遗传信息载体核酸,不断发展完善的测序技术为破解遗传密码提供了重要的技术手段,发挥了至关重要的作用.近些年,以单分子实时测序技术(single molecule real time sequencing,SMRT)和纳米孔单分子测序技术(single-mole...     

Multi-Hop Routing Optimization Method Based on Improved Ant Algorithm for Vehicle to Roadside Network

This paper proposes a route optimization method to improve the performance of route selection in Vehicle Ad-hoc Network （VANET）. A novel bionic swarm intelligence algorithm, which is called ant colony algorithm, was introduced into a traditional ad-hoc route algorithm named AODV. Based on the analysis of movement characteristics of vehicles and according to the spatial relationship between the vehicles and the roadside units, the parameters in ant colony system were modified to enhance the performance of the route selection probability rules. When the vehicle moves into the range of several different roadsides, it could build the route by sending some route testing packets as ants, so that the route table can be built by the reply information of test ants, and then the node can establish the optimization path to send the application packets. The simulation results indicate that the proposed algorithm has better performance than the traditional AODV algorithm, especially when the vehicle is in higher speed or the number of nodes increases.     

《细胞》：研究开发出细胞重新编程新方法

据物理学家组织网近日报道，美国波士顿大学和哈佛医学院、马萨诸塞州总医院合作。开发出一种给细胞重新编程、设计基因线路的新方法，能大大增加基因”零件”的数量，构建更大更复杂的基因网络。相关论文在线发表于8月2日的《细胞》（Cell）杂志上。     

美国长期生态研究计划三十年:特点、效果与启示——以弗吉尼亚海岸带保护区为例

为观测和理解长时间与大范围尺度的生态变化,美国自然科学基金会于1980年启动了长期生态研究计划(LTER),30年来在站点建设、科学研究和社会服务等方面取得了巨大成就.本文将美国LTER的成功经验归纳为5个特点,即:研究网络、研究主题和数据兼容的系统性,项目时间与研究尺度的长期性,资金来源与研究内容的灵活性,国际、人文、方法与机构合作方面的拓展性,数据和教育的共享性;并以弗吉尼亚海岸保护区(VCR)为案例展示其实施效果.在此基础上提出对我国长期生态研究的建议,包括加强组织建设,建立完整网络并增强站际合作,重视数据的质量、管理和分享,增强多学科研究,扩大公共影响等.     

金融机具销售组合预测方法的研究与应用

本文以省科学技术基金项目＂企业市场预测系统的研究＂为依托,以鞍山某金融机具公司为背景,对金融机具销售组合预测进行了深入的研究.首先,应用定量和定性预测方法进行单项预测,然后应用组合预测方法进一步修正预测值,最后运用定性影响因素修正定量预测结果.并且应用此方法对JL302微型纸币清分机2009年销售量进行预测,结果表明此方法优于以往各种方法.用定性修正定量的方法更适用于金融机具产品的销售量预测.     

人分泌型磷脂酶A2-IIA的功能性动力学特征研究

目的 人分泌型磷脂酶A₂-IIA（secretory phospholipase A₂ group IIA,sPLA₂-IIA）在调节细胞脂质代谢和信号传导中具有重要作用,参与了多种急、慢性炎症反应。研究其动力学和变构与功能的关系具有重要意义。方法 利用弹性网络模型（elastic network model,ENM）、微扰响应扫描（perturbation-response scanning,PRS）和蛋白质结构网络（protein structure network,PSN）方法对来自人sPLA₂-IIA的31个分子的结构动力学和变构效应进行分析,并探索其动力学共性和特异性与功能的关系。结果 结果表明,对酶的催化和结构稳定起关键作用的催化残基和参与二硫键形成的半胱氨酸残基具有低运动性,这是对酶共有功能的要求;而涉及与钙离子或膜结合的5个结构区域具有高运动性,它们体现了酶成员的特异性。另外,高运动性区域在PRS分析中显示出对外界微扰响应的高敏感性,表明其在变构调节中起重要作用,而低敏感性残基则在维持结构稳定方面发挥了重要作用。残基运动相关性分析发现,人sPLA₂分子催化位点周围的强相关运动有利于酶催化功能的发挥。结论 本研究有助于深入理解人sPLA₂-IIA成员分子的动力学及功能性变构机制,可为药物设计和准确设计具有精细调节活性的蛋白质提供指导。     

传染病在度相关有向网络上的传播（英文）

我们在度相关的有向网络上建立了一种新的SIR模型.该模型从一个特殊的角度揭示了有向网络的入度分布对于疾病传播过程的影响,发现在同配性有向网络中传播阚值的存在性.此外,我们分析了传播阈值、度相关性和最近邻平均度三者之间的相互关系.最后,在一个增长网络上作了数值模拟,验证了我们的结论.