P53家族基因的三周期性及其分步聚类分析

P53家族基因(p53、p63和p73)与肿瘤密切相关。为研究其相关性质,首先用Voss映射将p53家族基因的蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)映射为数值序列;继而对数值序列进行离散傅立叶变换,并计算其功率谱;接着基于功率谱研究p53家族基因的最大功率谱、信噪比、位移偏度和三周期性强度等性质;最后利用p53家族基因的三周期性分析结果,构造其特征向量并进行分布聚类分析。结果显示,p63基因和其他两类基因的性质较为接近,而p53和p73基因的性质差异相对较大。另外,通过实例说明和比较分析的方式证明分步聚类分析对p53家族基因具有较高的有效性。     

“柳芭”的厄运——由一场发生在4万年前的惨剧引发的故事

看过美国动画大片《冰河世纪》的人都对那场景感触很深：世界上只剩下最后两只猛犸象,为了重振家族的血脉,它们深深地相爱了。但人们也都知道,那是发生在动画片里的情节。现实的真相却十分残酷：     

敲低序列相似家族172成员A 抑制肝癌细胞增殖和糖酵解

序列相似家族172成员A(family with sequence similarity 172 member A, FAM172A)已被证实与多种肿瘤的发生和恶性转化有关，但是FAM172A在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中的作用尚不完全清楚。本研究分析了肿瘤与癌症基因组图谱数据库中50例正常肝组织和50例肝癌组织信息，结合实时荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹结果，发现肝癌组织中FAM172A的表达高于正常肝组织。利用短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)将肝癌细胞系中FAM172A进行敲低，细胞活力检测和细胞克隆形成实验结果表明，FAM172A的敲低显著抑制了细胞的增殖(P<0.01)。此外糖酵解压力测试和Western印迹结果显示，敲低FAM172A可以有效抑制肝癌细胞的糖酵解能力，糖酵解酶己糖激酶2(hexokinase 2, HK2)、肝内磷酸果糖激酶(phosphofructokinase-liver, PFKL)、乳酸脱氢酶A(lactate dehydrogenase A, LDHA)及其转录因子c-M...     

沙棘HrTCP转录因子家族鉴定及其干旱胁迫下的表达分析

TCP家族是植物特有的响应高盐、干旱等非生物胁迫的重要转录因子.该研究基于沙棘转录组数据,利用生物信息学与qRT-PCR对HrTCP转录因子家族进行鉴定,预测其家族成员的结构和功能,为解析TCP转录因子调控沙棘抵御干旱胁迫的作用机制奠定基础.结果表明:(1)获得了 11个HrTCP转录因子成员,并命名为HrTCP2/4...     

白桦Trihelix家族全基因组鉴定及抗病表达模式分析北大核心CSCD

Trihelix家族是植物中特有的一类转录因子家族,在植物生长发育、抗逆反应中具有重要的调控作用。该研究基于白桦基因组数据库,对白桦Trihelix家族基因的表达特性以及抗病功能等进行分析,为Trihelix家族成员在白桦抗病过程中的功能研究奠定基础。结果显示:(1)共筛选到白桦8个Trihelix家族成员(BpTrihelix1~BpTrihelix8),分布在6条染色体上;氨基酸分子量在35 633.96~81 871.27 Da之间,等电点在5.32~8.67之间,均为疏水性氨基酸。(2)组织特异性表达分析表明,8个家族成员在白桦根、茎、叶中均有不同程度的表达,且BpTrihelix3在根、茎、叶中的表达量均最高。(3)病原菌侵染试验结果发现,链格孢霉菌(Alternaria alternata)感染白桦植株叶片48 h和立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)感染白桦幼苗根部24 h时,BpTrihelix3、BpTrihelix4和BpTrihelix7均显著上调,其余家族基因表达量无明显变化,说明该家族基因成员中的BpTrihelix3、BpTrihelix4和BpTrihelix7响应了病原菌的感染,推测三者在白桦抗病过程中可能发挥重要作用。     

EBV阳性与阴性NPC细胞中AKR1B10的差异表达及生物学意义

研究EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）阳性与阴性鼻咽癌（Nasopharyngeal carcinoma,NPC）细胞中醛酮还原酶家族1成员B10(AKR1B10)的差异表达及生物学意义。收集NPC组织并检测EBV感染情况及AKR1B10表达水平，比较EBV阳性与阴性NPC组织中AKR1B10表达水平的差异；培养EBV阳性的NPC细胞株HK-1和C666-1、EBV阴性的NPC细胞株CNE-1及CNE-2，检测AKR1B10的表达水平。HK-1和C666-1进行分组，给予10μmol/L、20μmol/L AKR1B10抑制剂处理，20μmol/L AKR1B10抑制剂联合对照溶剂或20μmol/L β-catenin激动剂处理，检测细胞增殖水平、侵袭数目及c-myc、MMP2、MMP9的mRNA表达水平，AKR1B10、总β-连环蛋白（β-catenin）、核β-catenin的蛋白表达水平。结果显示HK-1和C666-1细胞中AKR1B10的蛋白表达水平高于CNE-1及CNE-2;10μmol/L、20μmol/L AKR1B10抑制剂组HK-1和C666-1...