随机SNP在全基因组关联研究人群分层分析中的应用

在复杂疾病的全基因组关联研究中,人群分层现象会增加结果的假阳性率,因此考虑人群遗传结构、控制人群分层是很有必要的。而在人群分层研究中,使用随机选择的SNP的效果还有待进一步探讨。文章利用HapMap Phase2人群中无关个体的Affymetrix SNP 6.0芯片分型数据,在全基因组上随机均匀选择不同数量的SNP,同时利用f值和Fisher精确检验方法筛选祖先信息标记（Ancestry Informative Markers,AIMs）。然后利用HapMap Phase3中的无关个体的数据,以F-statistics和STRUCTURE分析两种方法评估所选出的不同SNP组合对人群的区分效果。研究发现,随机均匀分布于全基因组的SNP可用于识别人群内部存在的遗传结构。文章进一步提示,在全基因组关联研究中,当没有针对特定人群的AIMs时,可在全基因组上随机选择3000以上均匀分布的SNP来控制人群分层。     

Rapid detection of Clostridium botulinum toxins A, B, E, and F in clinical samples, selected food matrices, and buffer using paramagnetic bead-based electrochemiluminescence detection

Sensitive and specific electrochemiluminescence (ECL) assays were used to detect Clostridium botulinum neurotoxins serotypes A, B, E, and F in undiluted human serum, undiluted human urine, assay buffer, and selected food matrices (whole milk, apple juice, ground beef, pastry, and raw eggs). These novel assays used paramagnetic bead-based electrochemiluminescent technology in which biotinylated serotype-specific antibodies were bound to streptavidin-coated paramagnetic beads. The beads acted as the solid support and captured analyte from solution. Electrochemiluminescent detection relied on the use of ruthenium chelate-labeled anti-serotype antibodies and analysis with a BioVeris M-Series M1R analyzer. The sensitivities of the assays in clinically relevant matrices were 50 pg/ml for serotypes A and E, 100 pg/ml for serotype B, and 400 pg/ml for serotype F. The detection limits in selected food matrices ranged from 50 pg/ml for serotype A to 50 to 100 pg/ml for serotypes B, E, and F. The antibodies used for capture and detection exhibited no cross-reactivity when tested with the other serotypes. When purified native toxin was compared with toxins complexed to neurotoxin-associated proteins, no significant differences in assay response were noted for serotypes A, B, and F. Interestingly, the native form of serotype E exhibited reduced signal and limit of detection compared with the complexed form of the protein. We suspect that this difference may be due to trypsin activation of this particular serotype. The assays described in this article demonstrate limits of detection similar in range to the gold standard mouse bioassay, but with greatly reduced time to data. These rapid sensitive assays may have potential use in clinical settings, research studies, and screening of food products for botulinum toxins.     

滚环扩增技术及其在生物分子诊断中的应用

滚环扩增技术(RCA)是近年来发展起来的一种新型的核酸扩增技术.该技术是基于连接酶连接、引物延伸、与链置换扩增反应的一种等温核酸扩增方法.在恒温的条件下,可以产生大量的与环型探针互补的重复序列.与传统的核酸扩增方法相比,它具有扩增条件简单,特异性高,能在恒温条件下进行等特点.滚环扩增技术结合荧光、电化学、电化学发光等检...     

神经元凋亡的离体模型及其检测技术

近年来,随着细胞凋亡研究的深入,神经元凋亡与神经退变病的关系愈发引人注目,已建立多种神经元凋亡的离体模型.多种因素如营养剥夺、自由基、谷氨酸、低钙及β-淀粉样蛋白等均可诱发神经元凋亡.凋亡的检测,可先从酶或蛋白质的变化判断神经元的损伤情况,再结合形态学观察,最后通过DNA电泳等确证.     

液滴微流控分析技术在细菌快速检测中的应用

细菌的快速检测一直是食品卫生、环境安全和临床检验等研究领域关注的重点和热点。传统的细菌检测方法面临着操作步骤烦琐、灵敏度低、耗时长、样品/试剂消耗大、对检测条件和实验人员的要求较高等缺点,已难以满足当前快速检测的需求。近年来,随着微流控技术的突飞猛进,基于液滴微流控分析的检测方法也越发引人注目。该方法实质是一种高通量检测筛选技术,其利用微流控系统生成的大小均一、相互独立的微体积液滴,之后对这些液滴进行操控并进行针对性的检测与分析,具有灵敏度高、耗时短、样本/试剂消耗量少、污染小等优点,逐渐被用于生物、医药、化学、环境等多个领域,为实现细菌的快速检测提供了较大可能性。本文先从细菌的代谢增殖、核酸扩增和单细胞分析3个角度介绍了基于液滴微流控分析的细菌快速检测的常用原理,之后按照液滴检测的维度(一维、二维、三维)简述了常见的检测方式,最后结合作者们自身的研究内容,对该领域的新技术与潜在应用前景进行了展望,为该领域的同行提供了一个有价值的参考。     

脑电图信号在疲劳驾驶检测中的应用与挑战

当前快节奏生活已经成为日常生活的常态,对人们的身心健康带来了不少负面影响,特别是在驾驶过程中容易出现疲劳困倦的情况。因此,疲劳驾驶检测技术成为了研究的热点,并取得了显著的进展。本文将介绍基于脑电图（electroencephalogram,EEG）信号的疲劳驾驶检测方法。本文首先概述基于EEG信号的疲劳驾驶检测的总体流程,包括信号采集、预处理、特征提取和分类等步骤。然后,详细介绍EEG信号中与疲劳相关的特征及其在疲劳驾驶检测中的应用。这些特征包括频域特征、时域特征、拓扑特征等,通过分析这些特征可以有效地识别出驾驶员是否处于疲劳状态。接下来,探讨目前已有的疲劳驾驶检测模型的性能评估和评价指标。针对基于EEG信号的疲劳驾驶检测,常用的指标包括准确率、灵敏度、特异度等。本文分析不同模型在这些指标上的表现,并比较它们的优劣。本文还简单介绍了EEG信号分类方法及其应用现状。常见的分类方法包括支持向量机、神经网络、贝叶斯分类器等,这些方法在疲劳驾驶检测中得到了广泛应用。针对目前基于EEG信号的疲劳驾驶检测面临的问题,本文提出了一些解决方法。例如,统一数据标注标准、增加被试数量等。最后,在总结全文内容的基础上讨论了基于EEG信号的疲劳驾驶技术未来的发展方向。在未来,可以进一步提升疲劳驾驶检测技术的准确性和实用性,以更好地应对快节奏社会给驾驶员安全带来的挑战。     

商陆抗病毒蛋白基因导入百合愈伤组织初报

利用美洲商陆抗病毒蛋白(Pokeweed antiviral protein,PAP)具有广谱的抗病毒特性,通过冻融法将含有PAP基因的重组表达载体PBll21转入土壤农杆菌LBA4404中,利用叶盘法在农杆菌的介导下转比麝香百合愈伤组织,通过抗性筛选和PCR输测获得了转PAP基因的百合植株。     

TK1与LDH联合检测对非霍奇金淋巴瘤鉴别诊断及疗效评估的作用

目的:探讨联合检测血清胸苷激酶1(TK1)与乳酸脱氢酶(LDH)水平在非霍奇金淋巴瘤(NHL)患者鉴别诊断及疗效监测中的临床意义。方法:收集2016年1月至2018年6月我院诊治的111例非霍奇金淋巴瘤的初诊患者血清标本,并选择50例正常人血清标本作为对照,采用免疫印迹增强发光法检测TK1浓度,比色法检测LDH浓度。所有患者随访至少1年,分析和比较惰性NHL与侵袭性NHL及各自四类分期之间血清TK1和LDH水平的差异,化疗后完全缓解、部分缓解与未缓解组LDH水平以及NHL患者中血清TK1和LDH的阳性率。结果:高度侵袭性NHL患者和侵袭性NHL患者血清TKI和LDH水平与惰性NHL患者相比显著增高(P0.05),但惰性NHL患者血清TK1和LDH水平与正常组之间差异无统计学意义(P0.05);Ⅲ、Ⅳ期侵袭性NHL患者血清TK1和LDH水平与Ⅰ、Ⅱ期患者相比显著增高(P0.05)。与化疗前相比,四次化疗后,完全缓解组NHL患者血清LDH水平下降21.05%,部分缓解组为16.66%,病情稳定组血清LDH水平升高至11.54%,三组NHL患者血清LDH水平比较差异具有统计学意义(P0.008),两组之间的差异均有统计学意义(P0.05)。结论:联合检测血清TK1和LDH水平对于NHL患者的鉴别诊断、疗效评估均具有重要参考价值。     

人类免疫缺陷病毒潜伏库定量检测技术的研究进展

以静息CD4~+T细胞为主的人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)潜伏库的清除已成为治愈HIV-1感染的主要障碍,人们迫切需要建立一种高通量、可靠的、高灵敏度的方法来定量检测病毒潜伏库的真实大小。本文就目前关于HIV潜伏库的多种定量检测方法进行综述。     

呼吸中的疾病诊断标志物及检测技术

人类呼出气体中的各种化合物能提供各种疾病和健康状况的重要信息.近年来,由于红外、电化学、化学发光等新技术的重大突破和质谱仪的使用,使得在极低浓度下精确测量呼出的挥发性有机化合物(VOCs)和气溶胶颗粒成为可能,呼吸检测领域因而取得了重大进展.呼吸检测因其可以作为一种实时、快速和无创的方法来评估和监测各种疾病与健康状况信...