用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST

通过编写Perl脚本实现BLAST的本地化运行,使不懂编程的人也能在windows下进行自己的BLAST。     

FS2M01．pl，转换片段大小表为0／0矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本——FS2M01．pl来实现片段大小表向0／1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0／1矩阵的问题。     

基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错。本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息。通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息。本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考。     

Automated SNP Genotype Clustering Algorithm to Improve Data Completeness in High-Throughput SNP Genotyping Datasets from Custom Arrays

High-throughput SNP genotyping platforms use automated genotype calling algo- rithms to assign genotypes. While these algorithms work efficiently for individual platforms, they are not compatible with other platforms, and have individual biases that result in missed genotype calls. Here we present data on the use of a second complementary SNP genotype clustering algorithm. The algorithm was originally designed for individual fluorescent SNP genotyping assays, and has been opti- mized to permit the clustering of large datasets generated from custom-designed Affymetrix SNP panels. In an analysis of data from a 3K array genotyped on 1,560 samples, the additional analysis increased the overall number of genotypes by over 45,000, significantly improving the completeness of the experimental data. This analysis suggests that the use of multiple genotype calling algorithms may be ad- visable in high-throughput SNP genotyping experiments. The software is written in Perl and is available from the corresponding author.     

BACA: a mitochondrial genome retriever,organizer and visualizer

Retrieving and organizing data from complete genomes is a time‐consuming task, even more so if the interest lies only in part of the genome (for nongenomic analysis). Furthermore, when comparing several genomes or genes, data retrieval has to be repeated multiple times. We present baca , a software for retrieving, organizing and visualizing multiple mitochondrial genomes. baca takes a GenBank query, retrieves all related genomes and generates multiple fasta files organized both by genomes and genes. A web‐based user interface and an interactive graphical map of all genomes with all genes are also provided. The program is available from http://cibio.up.pt/software/baca .     

基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用

利用Phred/Phrap/Consed、cross.match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST序列分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘。并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析,为林木的功能基因组学研究提供有用的信息。     

质粒绘图软件PCircle的编制及Flash作为生物软件编制工具的可行性分析

以Flash作为软件编程工具 ,根据Flash在生物软件编制方面具有的优点 ,利用其优秀的图形图像处理能力与动作脚本语言 (ActionScript)相结合所具有的优势 ,编制了质粒绘图软件Pcircle。该软件克服了以往的质粒绘图软件在绘制图谱过程中不能随意修改操作的缺点 ,在绘制过程中 ,可在任意时候对生成的部件进行修改甚至删除。该软件已被生物软件网收录 ,供免费下载。同时详细分析了Flash作为生物软件编制工具所具有的优缺点 ,确定了作为生物软件编制工具的适用范围 ,可为Flash作为生物软件编制工具的使用起到指引作用。     

全基因组预测目标基因的新方法及其应用

运用隐马尔可夫模型, 利用Perl编程, 以几种模式生物的蛋白质数据库为基础, 构建了目标基因的全基因组预测的新方法。该方法具有高通量, 准确度高且操作简易等优点, 特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势。应用该方法对几种模式生物的全基因组PPR和TPR蛋白家族进行了预测, 其中粳稻日本晴中含有536个PPR蛋白、199个TPR蛋白; 籼稻9311中含有519个PPR蛋白、177个TPR蛋白; 拟南芥中含有735个PPR蛋白、292个TPR蛋白; 红藻中6个PPR蛋白、32个TPR蛋白; 蓝细菌以及古细菌中没有PPR蛋白, 但蓝细菌含有10个TPR蛋白, 古细菌有4个TPR蛋白, 并对所得结果进行了进一步生物信息学分析。