猪UCP3基因部分编码区序列分析及其单核苷酸多态与胴体、肉质性状的遗传效应

以猪解耦联蛋白基因 3(UCP3)作为控制猪胴体与肉质性状主基因的候选基因。利用直接测序法对 4个品种猪骨骼肌中UCP3基因的部分编码区序列 (第 4外显子部分及第 5、6、7外显子全部片段 )进行比较分析 ,发现3个cSNP位点 ,其中ORF中第 84 2碱基的突变可导致相应编码氨基酸序列的改变 :甲硫氨酸→苏氨酸 ,选取此位点作为猪UCP3基因的多态位点。用PCR SSCP检测方法在 3个品种猪中进行该cSNP位点多态性片段的基因型分型 ,结果显示在 3个猪群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB) ,χ2 独立性检验结果表明 3种基因型在各品种间分布不一致 ,梅山猪同大白、长白猪分别比较差异极显著 (P <0 0 1) ;对大白×梅山资源家系F2 代 139头个体进行了该多态片段的基因型鉴定 ,并对其基因型与所检测个体相应的胴体、肉质性状采用GLM分析进行遗传效应研究 ,结果表明 :该基因对一些胴体、肉质性状有显著性影响 ,并且该基因以加性效应为主 (如 ,眼肌高度、背最长肌色值、系水力的加性效应都达显著水平 )。因此 ,推测UCP3基因可能是影响猪胴体及肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因 ,并且能够在分子标记辅助选择中用于对猪胴体、肉质性状的遗传改良及固定     

针茅水孔蛋白基因多态性分析及其地理分布

以分布于内蒙古的草甸草原(森林草原)、典型草原、荒漠草原上的7种针茅属植物为材料,利用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,分析了水孔蛋白基因的外显子1和内含子1的遗传多态性.结果表明:外显子1有AA、BB和CC 3种基因型,内含子1有DD、EE、FF和GG 4种基因型;种间存在基因多态性,种内没有多态性,所有种均表现出遗传的单态性和100%的纯合度.从基因型地理分布看,AA基因型在草甸草原、森林草原、典型草原及荒漠草原区的针茅种上均有分布,BB、CC基因型只分布在荒漠草原区的针茅中;DD基因型分布于草甸草原、森林草原及典型草原区的针茅属植物中,荒漠草原区分布有EE、FF、GG等3种基因型.荒漠草原区的植物是旱生程度最强的一类草原群落,该区的3种针茅具有丰富的遗传多态性.     

常用实验用近交系小鼠粒体ＤＮＡ遗传变异的分析

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ和ＰＣＲ－ＳＳＣＰ技术,研究了分析了国内常用的实验用近交系小鼠线粒体ＤＮＡ（mtＤＮＡ）的品种间遗传变异。ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析发现,小鼠mtＤＮＡ的Ｄ－loop、tRNA^Met Glu Ile及ＮＤ３基因核酸序列,在４６个限制性内切酶酶切位点上均无差异;用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ分析方法对这些小鼠mtＤＮＡ的高变异区Ｄ－Loop的５′及3′端作进一步分析,亦未发现品种间遗传变异。结合mtＤＮＡ具有的母系遗传方式的特点,这一结果提示：常用的实验用近交系小鼠形成中可能只有１种雌性血统起了作用。     

MHC (Major Histocompatibility Complex)-DRB Genes and Polymorphisms in Common Marmoset

A New World monkey, the common marmoset (Callithrix jacchus), will be used as a preclinical animal model to study the feasibility of cell and gene therapy targeting immunological and hematological disorders. For elucidating the immunogenetic background of common marmoset to further studies, in the present study, polymorphisms of MHC-DRB genes in this species were examined. Twenty-one Caja-DRB exon 2 alleles, including seven new ones, were detected by means of subcloning and the polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) methods followed by nucleotide sequencing. Based on the alignment of these allele sequences, we designed two pairs of specific primers and established a PCR-SSCP method for DNA-based histocompatibility typing of the common marmoset. According to the family segregation data and phylogenetic analyses, we presumed that Caja-DRB alleles could be classified into five different loci. Southern blotting analysis also supported the existence of multiple DRB loci. The patterns of nucleotide substitutions suggests that positive selection operates in the antigen-recognition sites of Caja-DRB genes. Received: 18 February 2000 / Accepted: 17 May 2000     

Leptin基因的PCR-SSCP与牛体重、体尺指标的相关性

利用PCR—SSCP技术研究了南阳牛、秦川牛、郏县红牛、西镇牛、鲁西牛和荷斯坦奶牛6个牛品种539个个体leptin基因的遗传多态性。结果表明,PCR扩增产物大小为330bp,PCR—SSCP分析表现出多态。南阳牛、秦川牛、郏县红牛、西镇牛、鲁西牛和荷斯坦奶牛的A等位基因频率分别为0．558,0．492,0．571,0．658,0．591,0．615;B等位基因频率分别为0．442,0．508,0．429,0．342,0．409,0．385。不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关性分析的结果表明：南阳牛群体内除12月龄的体高和日增重、18月龄的坐骨端宽和日增重外,BB型个体的六月龄、十二月龄、十八月龄、二十四月龄体斜长、胸围、体重、坐骨端宽、体高和日增重均显著的大于AB和AA型个体（P〈0．05）;秦川牛群体内BB基因型个体十字部高上显著高于群体AA、AB型个体（P〈0．05）,即BB〉AA、AB,可作为秦川牛体尺指标（十字部高）候选基因之一,但在体重、胸围、体长指标上均无显著差异（P〉0．05）,所以不宜作为体重、胸围、体长指标候选基因;郏县红牛群体内AB与BB基因型个体在十字部高和坐骨端宽上显著高于群体AA型个体（P〈0．05）,而群体内不同基因型在体重和体尺指标（体高、体斜长、胸围）上无显著差异（P〉0．05）。序列分析表明,leptin基因多态是第66位发生G→T、第67位发生A→C及299位发生新的单核苷酸突变C→T所造成。     

BMP-15基因外显子Ⅰ在三种绵羊中的多态性及与繁殖力相关性分析

为研究绵羊繁殖力与绵羊BMP-15 (bone morphogenetic protein 15)基因的多态位点关系,并寻找调控绵羊繁殖力的分子标记,以甘肃高山细毛羊、蒙古羊、小尾寒羊三种绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术与DNA碱基测序相结合的方法,检测该基因第一外显子67、92两个位点在上述三个不同品种绵羊中是否存在FecX^H (Q23→Ter)和FecX^I (V31→D)突变,同时根据检测结果与其繁殖力做相关性分析。结果表明,在三种绵羊中既未检测出与Inverdale绵羊相同的FecX^I突变,也未检测出与Romney绵羊相同的FecX^H突变,因此推测BMP-15基因中影响Romney与Inverdale绵羊高繁殖力的突变位点对以上三种绵羊均无显著影响。     

PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对弱精子症精子mtATPase6基因突变的检测

为了检测弱精子症精子mtATPase6基因突变,采用PCR方法扩增了17例弱精子症mtDNA8602～9416区域815bp目的片段,用MspI和HaeⅢ限制性内切酶酶切,分别用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和单链构像多态性(SSCP)筛查突变。筛选出3例突变标本,经测序确认突变位点和突变性质。结果显示17例标本全部扩增出mtDNA8602～9416的815bp目的片段,PCR产物经MspI限制性内切酶酶切后电泳结果与剑桥序列预期酶切图谱相一致。PCR产物经HaeⅢ酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱上出现泳动带的异常,在17例弱精子症中共筛选出2例酶切片段异常标本。PCR-HaeⅢ酶切产物的SSCP电泳图谱分析结果显示,在PCR-RFLP(HaeⅢ)电泳图谱正常的15例弱精子症标本中筛选出1例异常。两种方法在弱精子症精子标本中筛选出mtATPase6基因突变3例(3/17,17.7%)。3例测序结果发现A8701G、C8943T、C8964T、T8966C、G9053A、C9060A、C9075T、A9120G、C9296T共9个点突变,其中A8701G、T8966C、G9053A三个突变为错义突变,其余均为同义突变。上述结果提示,弱精子症精子mtATPase6基因存在较高突变率;PCR-RFLP和PCR-SSCP能简单、快速、灵敏地筛选mtATPase6基因突变。     

山东部分地方猪种MyoG基因5'端遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪、大蒲莲猪、沂蒙黑猪和里岔黑猪的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因5'端进行单核苷酸多态性检测,并分析MyoG基因对猪的初生重、60日龄重、210日龄重,60～210日龄平均日增重和背膘厚的影响。根据猪MyoG基因5'端的DNA序列(U14331)设计3对引物,发现5-2引物对扩增的片段有多态性,且存在3种基因型(AA、AB、BB),并对纯合子进行测序,发现2080位G→A突变。χ2独立性检验表明,基因型频率在莱芜猪和大蒲莲猪与沂蒙黑猪和里岔黑猪间存在显著差异(P<0.05)。固定效应模型分析结果表明,初生重基因型间差异显著(P<0.05),而60日龄重、210日龄重、60～210日龄平均日增重和背膘厚基因型间差异不显著(P>0.05)。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其他两种基因型比较有较小的初生重和日增重,同AA和AB基因型比较差异极显著(P<0.01),3种基因型在初生重和60～210日龄日增重的大小排列顺序一致,为AA>AB>BB。因此,推测基因型对个体的初生重和日增重存在一定的影响,选择带有A等位基因的个体有望提高个体的初生重和日增重。     

Characterization of the highly variable <Emphasis Type="Italic">cry</Emphasis> gene regions of <Emphasis Type="Italic">Bacillus thuringiensis</Emphasis> strain ly4a3 by PCR-SSCP profiling and sequencing

Characterization of cry gene contents can help to predict the insecticidal activities of Bacillus thuringiensis isolates and in the searching of new cry genes. PCR-Single-strand conformation polymorphism (SSCP) profiling and sequencing of the highly variable cry gene regions were used to characterize cry gene content of B. thuringiensis strain ly4a3. The highly variable regions with about 1100 bp in sizes were amplified using a degenerate primer pair for cry genes, OL2(d) and OL5(r). A library of the PCR product was constructed, and all white colonies were subjected to PCR using another degenerate primer pair for cry genes, OL3(d) and OL5(r), with products about 250 bp in sizes. Two different profiles were observed based on SSCP profiling for the PCR products. The cry genes in the two corresponding colonies were sequenced and their deduced amino acids showed high identities to Cry1Ab (84.5%∼98.4%) and Cry1I (88.78%∼98.4%), respectively. This method allows the quick characterization of cry gene content of B. thuringiensis isolates and the detection of new cry genes.     

PCR-SSCP技术在昆虫学研究中的应用

聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术是一种简便、灵敏的突变检测方法。随着该技术的不断发展和完善,其应用也越来越广泛。尤其是近年来该技术在昆虫学研究中涉及了:基因突变位点的检测、昆虫分类鉴定、多样性分析及连锁图谱的构建等多个领域。文章综述PCR-SSCP技术的发现、原理、在昆虫学研究中的应用及其优点和不足之处。