汉江中下游后生浮游动物群落结构及其与环境因子的关系

在汉江中下游江段干流丹江口等7个点位开展了4次后生浮游动物群落结构和水环境特征调查,使用主成分分析、Spearman相关分析和冗余分析等统计分析方法研究了后生浮游动物群落和环境因子的关系。结果表明:汉江中下游干流江段共检出后生浮游动物51种,包括枝角类16种,桡足类16种,轮虫19种。其中汉江干流汉川段丰度最高为1500.1 ind.·L^-1,丹江口丰度最低为31.3 ind.·L^-1;汉江干流生物量汉川段最高为1.80 mg·L^-1(2018年7月),丹江口的生物量最低为0.05 mg·L^-1(2017年11月)。汉江中下游后生浮游动物丰度、生物量总的趋势是沿水流方向均呈升高趋势。与过去监测资料相比后生浮游动物丰度、生物量呈急剧增加和种类下降趋势。PCA分析结果显示,氮、磷等环境因子对2018年1月站点的影响明显,而温度与7月份站位成正相关关系;通过冗余分析显示环境因子对后生浮游动物群落的影响规律性不明显,考虑后生浮游动物群落变化不仅仅受沿江水质污染影响,还可能受其他未调查因子的影响。     

茶条槭自然种群种子和果实表型多样性研究

为探析茶条槭(Acer ginnala)种子和果实表型差异程度及变异规律,该研究采用巢式方差分析、主成分分析、聚类分析等方法,对茶条槭主要分布区内7个种群种子和果实的12个表型性状进行比较研究,分析茶条槭种群间和种群内的表型多样性以及与地理生态因子的关系。结果表明:除种子长/宽(SLW)外,其它11个表型性状在茶条槭种群间和种群内均具有显著差异;各性状平均变异系数(CV)为13.90%,变异幅度为8.14%～32.08%;种群间翅果性状的平均变异系数(15.63%)高于种子性状的平均变异系数(8.71%),表明种子性状的稳定性高于果实性状。主成份分析中,果实形态特征对茶条槭种群表型的贡献率大于种子贡献率。种群间表型分化系数为35.47%,说明种群内变异(64.53%)大于种群间变异(35.47%),暗示变异主要来源于种群内变异。茶条槭种子和果实表型性状受地理生态因子影响较小,主要受自身遗传因素的影响。基于种群间欧式距离的聚类分析将茶条槭7个种群分为2大支,没有严格按照地理距离而聚类,表明茶条槭种群表型性状变异的不连续性。茶条槭不同种群种子和果实具有较高的表型多样性,与其分布范围和生物学特性有关。     

促成年脊髓再生研究的新方向：提高成年神经元内在生长能力

成年动物脊髓损伤后神经元不能再生,其主要原因是由于抑制性损伤微环境的存在和损伤神经元内在的再生能力低下.阻断和/或中和髓鞘及瘢痕组织中的抑制成分以及它们共同的信号通路是目前促进脊髓损伤后再生的主要策略之一,但仅阻断微环境中的抑制信号而不改变神经元内在生长状态,不足以诱导广泛的再生.因此,目前对如何提高成年神经元内在的再生能力,如提高成年神经元内cAMP/PKA水平、阻断神经元内Rho/ROCK信号通路、调节转录因子等,使其不再对抑制环境中抑制分子起反应,已成为研究成年脊髓再生的热点之一,本文综述了该研究领域的研究成果及研究进展.     

基于转录组学的蓖麻耐盐基因的挖掘

为获取蓖麻耐盐基因的序列信息,挖掘盐胁迫下差异表达基因及相关代谢途径,本研究以盐胁迫（300 mmol/L NaCl）处理0、12和24 h后通篦5号的幼苗真叶为试验材料,借助高通量测序技术进行转录组测序分析。结果表明,在盐胁迫12 h和24 h分别有4822和3103个差异表达基因。对共有的1872个差异表达基因进行共表达模式聚类分析,发现这些基因共有3种表达模式。KEGG代谢通路分析结果显示,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解（ko00280）、植物昼夜节律调控（ko04712）以及淀粉和蔗糖代谢（ko00500）3个通路在盐胁迫适应过程中显著富集;GO功能富集分析结果显示,多数差异表达基因被富集到生物过程中,其中细胞进程（GO:0009987）和响应非生物胁迫（GO:0009628）过程富集到差异表达基因的数目最多。另外,共有19个转录因子参与蓖麻的盐胁迫响应。植物激素信号转导通路中有42个差异表达基因,其中有97.6%的基因分别在12 h和24 h是上调表达的。此外,还筛选出包括光合作用途径、抗氧化调节、Na+、K+和Ca2+转运相关参与蓖麻幼苗盐胁迫的差异表达基因。qRT-PCR结...     

基于单细胞ATAC测序数据的乳腺癌上皮细胞转录因子研究

研究表明,乳腺肿瘤细胞染色质开放区域上的转录因子显著影响乳腺癌患者的临床表型和预后。然而,在单细胞层面,这些调控元件如何调控乳腺癌发生发展尚不明确。为此,本研究从GEO数据库中下载了45 216个正常和肿瘤乳腺组织的单细胞染色质可及性测序(single-cell ATAC sequencing, scATAC-seq)数据,并对其进行了分析。根据标记基因在细胞群的基因活性得分进行细胞类型注释后得到7种乳腺细胞类型。皮尔逊相关性分析表明,肿瘤和正常乳腺样本的上皮细胞存在明显的染色质可及性差异,且乳腺上皮细胞存在高度样本间异质性(PCC=-0.07),暗示其是乳腺肿瘤的主要恶性细胞类型。为了探究正常和恶性乳腺上皮细胞的差异可及性区域中转录因子结合基序的富集情况,在提取上皮细胞群后对4个上皮细胞亚型的特征开放区域进行了转录因子结合基序富集分析。结果表明,恶性乳腺上皮细胞有194个转录因子显著富集(P<0.001),它们可能涉及乳腺肿瘤发展和转移等调控过程。对上皮细胞亚型中富集程度较高的转录因子进行活性分数计算及转录组数据验证,结果进一步显示这些差异调控元件可能与乳腺细胞恶性发展相关。此...     

ZCCHC10通过激活P53促进急性髓系白血病细胞中CCL18基因的转录

肿瘤抑制因子P53是一种转录因子,可激活一系列靶基因的转录,从而调控细胞周期停滞、DNA修复、免疫、炎症和细胞凋亡等多种生理或病理过程。前期研究表明, CCHC型锌指蛋白10 (zinc finger CCHC-type containing 10, ZCCHC10)通过激活P53在肺癌和急性髓系白血病中发挥抑癌作用。为进一步探讨ZCCHC10在急性髓系白血病中的作用机制,本文通过RNA测序(RNA sequencing, RNA-seq)技术对过表达ZCCHC10或空载体的ML2细胞进行了转录组分析,一共鉴定到1 284个差异基因[|log2(fold change)|≥1, q值<0.05],包括778个上调基因和506个下调基因。其中,趋化因子CCL18在过表达ZCCHC10的ML2细胞中上调18倍。生物信息学分析显示, CCL18基因启动子上含有两个P53反应元件。生物素标记DNA亲和实验和染色质免疫共沉淀实验证实, P53可结合到CCL18基因启动子上。荧光素酶活性分析表明, P53可以增强CCL18基因启动子的活性。这些研究表明ZCCHC10通过激活P53促进CCL1...     

氮添加对内蒙古温带草原土壤活性有机碳的影响

日益加剧的氮沉降不断影响着草地生态系统碳循环过程及碳汇功能,活性有机碳能够指示土壤碳库变化,探究氮添加对草地中土壤活性有机碳组分的影响对正确认识碳循环过程并制定合理有效的生态系统管理措施具有重要意义。该研究以内蒙古温带典型草原为研究对象,设置5个不同氮添加处理,探讨不同氮添加水平下温带典型草原土壤活性有机碳组分含量的变化特征及影响因子。结果表明:氮添加减少了可溶性有机碳(DOC)、微生物生物量碳(MBC)和易氧化有机碳(EOC)含量,且DOC、MBC、EOC含量均随着土壤深度的增加而减少。5 g·m^–2·a^–1氮添加处理显著促进了活性有机碳组分的分解。氮添加对土壤活性有机碳组分的影响受生物因子(微生物生物量、胞外酶活性等)和非生物因子(土壤理化性质、团聚体稳定性等)共同调控。氮添加降低了土壤密度,提高了大团聚体平均质量直径和占比,增大了有机质与底物的接触面积,促进了活性有机碳分解,减少了DOC和EOC含量。氮添加抑制多酚氧化酶和过氧化物酶活性,减少了难分解有机质的分解,降低了EOC和MBC含量。此外,氮添加提高了β-葡萄糖苷酶和纤维素水解酶活...     

急性氨氮胁迫下大口黑鲈的肝脏转录组特征分析

为研究大口黑鲈(Micropterus salmoides)受到氨氮胁迫时基因表达的变化规律,文章采用Illumina平台的HiSeq测序策略分析了氨氮胁迫12h和24h后大口黑鲈肝脏的基因表达谱。氨氮胁迫后在大口黑鲈肝脏共获得111.66 Gb的有效数据,组装获得133486个单基因簇(Unigenes), N50为1000 bp。通过比较转录组分析在2个时间点共获得2072个差异表达基因,其中氨氮胁迫12h获得1516个差异表达基因, 907个上调, 609个下调;氨氮胁迫24h获得556个差异表达基因,其中330个上调, 226个下调。GO功能注释分析结果表明,在氨氮胁迫12h差异基因富集数目明显多于24h,但在“氧化还原酶活性”条目中富集的差异基因数目则是氨氮胁迫24h多于12h。此外, KEGG功能富集分析发现,氨氮胁迫对大口黑鲈肝脏氧化应激、细胞自噬和凋亡相关等途径产生影响。选取10个差异表达基因进行qPCR验证,其表达水平与转录组差异基因分析结果一致,证明了测序结果的可靠性。其中,与氧化应激相关基因缺氧诱导因子1α (HIF1α)、生长停滞DNA损伤可诱导蛋白β (Gad...     

RNA甲基化修饰调控和规律

表观遗传学修饰包括DNA、RNA和蛋白质的化学修饰,基于非序列改变所致基因表达和功能水平变化。近年来,在DNA和蛋白质修饰基础上,可逆RNA甲基化修饰研究引领了第3次表观遗传学修饰研究的浪潮。RNA存在100余种化学修饰,甲基化是最主要的修饰形式。鉴定RNA甲基化修饰酶及研发其转录组水平高通量检测技术,是揭示RNA化学修饰调控基因表达和功能规律的基础。本文主要总结了近年来本课题组与合作团队及国内外同行在RNA甲基化表观转录组学研究中取得的主要前沿进展,包括发现了RNA去甲基酶、甲基转移酶和结合蛋白,揭示RNA甲基化修饰调控RNA加工代谢,及其调控正常生理和异常病理等重要生命进程。这些系列研究成果证明RNA甲基化修饰类似于DNA甲基化,具有可逆性,拓展了RNA甲基化表观转录组学研究新领域,完善了中心法则表观遗传学规律。