The pulse of the tree is under genetic control: eucalyptus as a case study

The pulse of the tree (diurnal cycle of stem radius fluctuations) has been widely studied as a way of analyzing tree responses to the environment, including the phenotypic plasticity of tree–water relationships in particular. However, the genetic basis of this daily phenotype and its interplay with the environment remain largely unexplored. We characterized the genetic and environmental determinants of this response, by monitoring daily stem radius fluctuation (dSRF) on 210 trees from a Eucalyptus urophylla × E. grandis full‐sib family over 2 years. The dSRF signal was broken down into hydraulic capacitance, assessed as the daily amplitude of shrinkage (DA), and net growth, estimated as the change in maximum radius between two consecutive days (ΔR). The environmental determinants of these two traits were clearly different: DA was positively correlated with atmospheric variables relating to water demand, while ΔR was associated with soil water content. The heritability for these two traits ranged from low to moderate over time, revealing a time‐dependent or environment‐dependent complex genetic determinism. We identified 686 and 384 daily quantitative trait loci (QTL) representing 32 and 31 QTL regions for DA and ΔR, respectively. The identification of gene networks underlying the 27 major genomics regions for both traits generated additional hypotheses concerning the biological mechanisms involved in response to water demand and supply. This study highlights that environmentally induced changes in daily stem radius fluctuation are genetically controlled in trees and suggests that these daily responses integrated over time shape the genetic architecture of mature traits.     

基于分子对接和系统药理学小青龙汤治疗哮喘的作用机制

为从分子层面阐述小青龙汤治疗哮喘的作用机制,探索小青龙汤的潜在靶标,本研究检索中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)并根据口服生物利用度(oralbioavailability,OB)、药物相似性(drug-likeness,DL)筛选出小青龙汤的活性成分,利用Pharmmapper数据库筛选小青龙汤潜在作用靶点,挖掘CTD、Genecards数据库以筛选与哮喘相关的作用靶点,利用Cytoscape 3.6.1软件构建小青龙汤的蛋白互作网络图、化合物靶点图,并通过计算拓扑学参数找到小青龙汤中关键的作用靶点和化合物。对小青龙汤对哮喘的作用靶点进行GO分析和KEGG分析。利用iGEMDOCK软件进行分子对接,预测作用靶点和主要化合物的结合度。通过筛选得到小青龙汤活性成分、潜在作用靶点;GO分析得到43个生物学过程、11个细胞组成和9个分子功能;KEGG分析包括PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、Wnt信号通路等。初步验证和预测了小青龙汤对治疗哮喘的作用机制,并为进一步深入揭示其作用机制提供参考。     

关于离散时间细胞神经网络的收敛性

本文基于图论中主路径的基本思想,给出了一类回归网络的收敛性定理及其证明,并将这一定理应用于离散时间的细胞神经网．     

论生物体的信息代谢

生物体的信息代谢是指依托生物体物质和能量代谢、建立在生物体各组织结构层次上的由单源信息的出现到互信息的构建到组合信息的形成到信息网络的整合以及由信息网络到组合信息到互信息到单源信息的逐渐崩解的同期性动态链接过程。信息代谢是生命信息进化的高级表现,也是生命的本质;它蕴育着各种生命活动。     

A Bipartite Network-based Method for Prediction of Long Non-coding RNA–protein Interactions

As one large class of non-coding RNAs(nc RNAs), long nc RNAs(lncRNAs) have gained considerable attention in recent years. Mutations and dysfunction of lnc RNAs have been implicated in human disorders. Many lnc RNAs exert their effects through interactions with the corresponding RNA-binding proteins. Several computational approaches have been developed, but only few are able to perform the prediction of these interactions from a network-based point of view. Here,we introduce a computational method named lnc RNA–protein bipartite network inference(LPBNI). LPBNI aims to identify potential lnc RNA–interacting proteins, by making full use of the known lnc RNA–protein interactions. Leave-one-out cross validation(LOOCV) test shows that LPBNI significantly outperforms other network-based methods, including random walk(RWR)and protein-based collaborative filtering(Pro CF). Furthermore, a case study was performed to demonstrate the performance of LPBNI using real data in predicting potential lnc RNA–interacting proteins.     

农村高血压患者协调性和连续性服务的利用现状研究

目的 分析高血压患者在农村医疗服务网络接受协调性和连续性服务的提供状况,为改进患者的整合服务利用提供决策参考。方法 根据国内外文献,以自行编制服务协调性和连续性提供的问卷为工具,调查数据采用描述性统计分析。结果 49.6%的患者伴有1种及以上疾病,约73.0%在乡镇卫生院有就医经历,到过2家及以上机构就医的占51.3%;在乡村两级治疗效果不佳的患者,能够获取村医和乡镇医生推荐转诊机构的比重最大,分别为28.4%和68.7%;上级医生能够根据下级机构相关诊疗信息连续诊疗的不到43.0%,下级医生能够根据前期诊疗信息继续诊疗的比例刚超4成;“上转容易、下转难”现象同样存在。 结论 农村慢性病患者的患病特点增加了在农村纵向医疗机构就诊的几率,但该网络提供连续性和协调性服务的程度却不高,应加强农村三级医疗机构间的全面整合。     

基于网络分析的生态建设评估指标体系定量选取——以福建省为例

科学有效的指标体系是开展区域生态建设评估以及规划、管理的重要技术手段。然而目前在生态指标体系构建中仍缺乏对指标内涵的系统研究,同时指标的选取过程不够透明,掺杂诸多主观臆断,损害了生态指标体系构建的科学性和有效性。针对福建省生态建设实践,将网络分析与量化指标选择过程相结合,(1)根据福建省生态建设规划和目标,建立主题导向的生态省建设评估网状指标体系;(2)从因果联系、生态过程和管理需求三方面分析各个备选指标之间的相互联系,形成基于主题导向的生态指标网络;(3)根据生态指标应用的科学性和实用性标准,基于网络分析原理,建立生态建设评估指标选择标准矩阵和备选指标矩阵;(4)构建面向经济社会成本和生态完整性的指标选取模型,定量化选取符合福建省实际发展特征的生态建设评估操作指标体系。将有助于深入理解生态建设评估指标体系的内涵,提高指标体系构建的科学性和系统性,提升生态指标体系在实际生态建设评估、规划和管理应用中的效用。     

伴中央颞区棘波的儿童良性癫痫注意网络功能影响因素的研究进展

摘要：儿童良性癫痫伴中央颞区棘波（BECTS）是目前已知常见和著名的儿童癫痫之一,既往临床中普遍认为其预后良好,但随着神经心理学研究的深入,学者们发现其反复发作可以引起神经、认知、心理、行为、注意网络功能等多重障碍。本文将从注意网络功能的定义、注意网络功能评定方法以及BECTS患儿引起注意网络功能损害的影响因素如发病年龄、睡眠结构改变、大脑结构改变等几方面进行综述。     

侵染中华蜜蜂6日龄幼虫的蜜蜂球囊菌的微小RNA差异表达谱及调控网络

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis,简称球囊菌)是专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。MicroRNA(miRNA)作为一类重要的基因表达调控因子,能够广泛参与真菌及其宿主的相互作用过程。本研究通过比较分析球囊菌孢子(AaCK)和侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂) 6日龄幼虫肠道内的球囊菌(AaT)的smallRNA(sRNA)组学数据对球囊菌的差异表达miRNA(differentiallyexpressed miRNA,DEmiRNA)、靶mRNA及二者间的调控网络进行全面解析,旨在揭示miRNA介导的球囊菌对中蜂幼虫的侵染机制。【方法】对于球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道的small RNA-seq (sRNA-seq)数据,利用BLAST工具连续比对东方蜜蜂(Apiscerana)和球囊菌的参考基因组筛滤得到AaT的sRNA组学数据。分别将AaCK和AaT的sRNA组学数据比对miRBase数据库,对球囊菌侵染宿主前后miRNA的数量和结构特征进行分析。联用RNAhybrid+svm_light、Miranda和TargetScan软件预测AaCK vs AaT比较组中DEmiRNA的靶mRNA,进而利用相关生物信息学软件对上述靶mRNA进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。通过Cytoscape软件对DEmiRNA-mRNA调控网络进行可视化。利用Stem-loop RT-PCR、RT-qPCR和分子克隆验证测序结果的可靠性。【结果】在AaCK和AaT中分别鉴定到380和387个miRNA。结构特征分析结果显示,AaCK和AaT的mi RNA皆集中分布在18–25 nt,且首位碱基主要偏向于U。AaCKvsAaT比较组共有270个DEmiRNA,包含155个上调miRNA和115个下调miRNA,分别靶向结合6091和6145个mRNA。GO分类结果显示,上述靶mRNA主要涉及代谢进程、细胞进程、应激反应等15个生物学进程;细胞、细胞组分、细胞器等12个细胞组分;催化活性、结合、转运子活性等11个分子功能。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述靶mRNA富集在123条代谢通路,参与对氨基酸代谢、碳水化合物代谢以及核苷酸代谢等物质代谢,氧化磷酸化、硫代谢、氮代谢等能量代谢,以及MAPK和Hippo等信号通路的调控。球囊菌DEmiRNA与靶mRNA之间存在复杂的调控关系,其中miR-29-x、miR-250-x、miR-4968-y、miR-11200-x、novel-m0023-5p、novel-m0130-5p和novel-m0135-5p等DEmiRNA可靶向结合与球囊菌的半胱氨酸蛋白酶、DNA甲基化转移酶以及几丁质酶相关的mRNA;此外,miR-7-x、miR-9-z、miR-319-y和miR-5951-y等同时参与调控MAPK信号通路;进一步分析发现,miR-250-x同时参与对DNA甲基化转移酶、MAPK信号通路及其他酶类合成与代谢途径的调控,并可能参与球囊菌与中蜂6日龄幼虫之间的跨界调控。通过Stem-loopRT-PCR和RT-qPCR验证了4个DEmiRNA的差异表达,并利用分子克隆和Sanger测序证实miR-7-x的序列与测序结果一致。【结论】本研究解析了侵染中蜂6日龄幼虫的球囊菌的miRNA差异表达谱及DEmiRNA的调控网络,揭示了球囊菌DEmiRNA可能通过调控病原的物质和能量代谢、增殖、毒力、信号通路及相关mRNA参与对中蜂幼虫的侵染过程。miR-7-x、miR-250-x、novel-m0023-5p等关键DEmiRNA有望作为白垩病治疗的新型分子靶点。