大螟不同地理种群COII基因序列分析

本研究通过对我国大螟Sesamia inferens 9个地理种群的线粒体DNA COII基因的测序,运用软件DNAStar的MegAlign程序分析了大螟不同地理种群之间的COII序列的遗传分歧及相似性;同时运用Mega 3.0软件建立其系统发育关系.结果表明,COII基因在大螟中进化速度较快,不同种群之间已产生较大的差异,序列相似性分析显示大螟种群间序列相似性最低仅为90.7(海南和江西种群),进化分歧矩阵同时也显示差异最大为0.102(云南和江西种群).此外,以与大螟同属的非洲大螟及螟蛾科的台湾稻螟为外群进行比较显示,COII基因在属内种间差异明显,遗传相似性为87.7～91.8,进化分歧为0.088～0.137;与台湾稻螟的差异最大,相似性仅为82.2～85.8,进化分歧为0.159～0.202.进化树显示,大螟贵州的丹寨种群、沿河种群和福建的福州种群聚为一个分支,江苏扬州种群和江西新余种群聚为一支,安徽的阜阳种群和芜湖种群关系最近,说明不同地理种群的大螟的遗传分化与地理距离之间具有一定的相关性.     

三个黄颡鱼群体遗传多样性及亲缘关系的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术对3个黄颡鱼群体(W S、TE和QF)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。通过筛选的30个引物对3个黄颡鱼群体基因组DNA的扩增,获得了19个有效引物,其中有6个微卫星位点具有多态性,并计算出了3个黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离,TE和QF群体间的遗传相似系数最大(0.8736),遗传距离最小(0.1790);W S和QF群体间的遗传相似系数最小(0.7284),遗传距离最大(0.2768)。同时运用聚类分析(UPGMA)的方法建立了3个黄颡鱼群体的系统发生树。     

电子顺磁共振测量蛋白质分子内选定位点之间距离的方法及应用

蛋白质分子的结构决定了其特性和功能,准确测量蛋白质分子中特殊位点之间的距离对其结构解析至关重要。该文在简要介绍电子顺磁共振(electron paramagnetic resonance,EPR)方法测量蛋白质分子内未偶自旋之间距离基本原理的基础上,重点综述了近年来EPR结合定点自旋标记(site-directed spin label,SDSL)技术在研究蛋白质结构与功能方面的应用情况,归纳了EPR-SDSL方法测量距离的特点和存在问题,并提出了改进用连续波EPR技术测量距离的准确度的思路和实现方法。     

SARS病毒再测序DNA微阵列的探针设计

探针设计是SARS病毒再测序DNA微阵列制作的关键步骤,为了保证探针的杂交条件尽可能一致,采用了作者提出的两种等长变覆盖的探针设计方法,即基于Tm距离的算法和遗传算法。针对SAILS病毒基因组中的两段特异序列设计了一组探针,并与等长移位法和变长变覆盖法的设计结果进行了比较。等长变覆盖法得到的探针集在探针长度一致的情况下,探针的Tm值有较小的标准差和变化范围。结果表明,等长变覆盖法得到的探针具有更好的杂交条件一致性。     

西藏羌塘自然保护区与人类活动有关的藏羚、藏野驴和藏原羚密度

1999年,2000年和2002年,在西藏西北部的西藏羌塘自然保护区分别沿三条横跨该自然保护区的长度为750-860km的东西向样线估计了藏羚(Pantholopshodgsoni)、藏野驴(Equuskiang)和藏原羚(Procaprapicticaudata)密度(每平方公里个体数)和遇见率(每平方公里遇见个体数)。在低海拔(4500-4700m)地区,藏羚、藏野驴和藏原羚数量很少,在那些人类活动强度高或中等的地区,藏羚、藏野驴和藏原羚的数量也极少,以致无法估计密度或遇见率。在高海拔(4700-5200m)地区,藏羚和藏野驴数量在那些人类和家畜活动强度低的地区,数量总比那些中等人类活动强度的地区高,尽管藏羚的数量差别比藏野驴小。藏原羚的情形不一样,在人类活动强度低或中等的地区的遇见率相仿。在某种程度上,这种差别可能与这些动物的生境偏好有关。看起来,藏原羚、其次是藏野驴比藏羚更能耐受人类和家畜的活动。注意到这三种动物在人类和家畜活动低的地区的结果方差都大,表明三种动物在有人类和家畜活动低的地区与在那些中等人类和家畜活动地区的分布相反的成群分布。三年中有蹄类动物遇见率的模式都相似,在调查期间有蹄类动物种群没有波动的趋势     

基于配准的插值

断层间图像插值是三维重建的一个关键步骤,因为图像上像素之间的间隔常常小于断层图像之间的距离,而在三维重建需要它们有一致的分辨率.由于是同模态断层图像层间插值,对于解决同模态弹性配准问题,Thirion的demons算法比较适合.所以配准采用Demons方法.Demons算法先判断出待配准图像上各个象素点的运动方法,通过对各个象素点的移动来实现非刚性配准.在这个算法中,每张图像都被视为同灰度值轮廓的集合.该算法可以应用于精度要求比较高的体数据插值重建过程.     

酯酶同工酶及RAPD技术在香菇杂种优势研究中的应用

采用酯酶同工酶及RAPD技术对香菇3个亲本双核体(苏香、野生46#、野生80#)及其10个单核体、以及它们的10个杂交后代进行了遗传差异和亲缘关系的研究,同时针对亲本单核体酯酶同工酶标记和RAPD标记遗传距离、以及杂交子和亲本单核体RAPD标记遗传距离与香菇产量超亲优势进行了相关性分析。结果表明,酯酶同工酶和RAPD技术都可进行香菇杂种优势群的划分研究,但RAPD标记检测的多态性要远远高于酯酶同工酶标记。相关分析结果表明,亲本单核体酯酶同工酶标记遗传距离与香菇产量超亲优势无相关性,而RAPD标记遗传距离与其存在极显著正相关;杂交子和以苏香为来源的单核体亲本之间RAPD标记遗传距离与香菇产量超亲优势也存在极显著正相关,而杂交子和以野生46#、野生80#为来源的单核体亲本之间RAPD标记遗传距离与其相关不显著。     

南方滨海地区盐雾沉降的时空分布——以福建古雷半岛为例

研究滨海地区盐雾沉降的时空分布及其影响因素,以期为滨海绿化植物的选择与配置提供依据.以福建省古雷半岛为研究站点,设置盐雾沉降缸研究离海岸线距离和防护林对盐雾沉降量的影响;同时模拟不同生活型植物的高度,研究不同高度盐雾沉降量的差异.结果表明:春夏秋冬四季,盐雾沉降量均表现出随离海距离的增加逐渐降低的趋势,冬季盐雾沉降量在离海岸线500 m内快速下降,在500 m以外则下降速度趋缓;防护林的存在能减少盐雾沉降量,这种效果在盐雾危害严重的冬季更明显,可使盐雾沉降量降低15.4%;在无防护林遮挡条件下,盐雾沉降量在不同高度上差异不显著;主成分分析(PCA)和冗余分析(RDA)显示,离海距离、平均风速和东北风向频率是3个影响盐雾沉降量的主要环境因子.南方沿海地区盐雾沉降量存在明显的时空变化,离海500 m范围为盐雾危害重点防范区域,防护林或类似遮挡物的存在,可以显著减少盐雾沉降量.     

ILLUMINA Golden Gate DNA甲基化芯片的KL-FCM聚类分析

DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,其甲基化水平被发现与疾病的发生发展密切相关,对其进行聚类分析有希望发现新的疾病亚型并建立有效的疾病预测预后方法。传统的聚类分析方法之一模糊C-均值（FCM：Fuzzy C-means）适用于特征空间呈球形或椭球形分布的场景,缺乏普适性。而Illumina Golden Gate平台通过计算基因的各甲基化位点的甲基化百分比描述其甲基化程度,其值位于（0,1）之间,服从混合贝塔分布,不能直接采用FCM进行聚类分析。鉴于此,本文提出基于KL特征测度的KL-FCM聚类算法,采用各样本间的K-L距离作为样本划分时的度量准则。最后,本文基于KL-FCM算法实现IRIS测试数据集和基因的DNA甲基化水平数据的聚类分析。实验结果表明该方法可以以更低的计算负荷获得优于k-均值（k-means）和传统FCM的分类效果。