烟曲霉cyp51A基因序列BLAST数据库的建立CSCD

目的构建我国烟曲霉cyp51A基因序列BLAST数据库。方法对本课题组收集的143株耐药与非耐药临床烟曲霉进行cyp51A基因测序,使用BLAST工具包汇总测序结果,构建本地数据库。结果此BLAST数据库包含143株耐药与非耐药烟曲霉cyp51A基因序列,以1株耐药与1株非耐药待测烟曲霉标本的cyp51A序列对此数据库进行检索和比对可以确定烟曲霉cyp51A基因型。结论本数据库有望用于cyp51A基因的检索与比对,鉴定烟曲霉cyp51A耐药基因型。     

欢迎订阅2023年《中国生态农业学报(中英文)》北大核心CSCD

《中国生态农业学报(中英文)》原名《中国生态农业学报》,由中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国生态经济学学会主办,中国科学院主管,科学出版社出版。系中文核心期刊、中国科技精品期刊、百种中国杰出学术期刊、中国权威学术期刊,为中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊全文数据库、中国学术期刊文摘、中国科学引文数据库、中国科技论文与引文数据库、CNKI中国期刊全文数据库源刊,并被国际农业生物学文摘(CABI)、美国化学文摘(CA)、日本科学技术振兴机构数据库(JST)、哥白尼索引(IC)、美国乌利希国际期刊指南、SCOPUS等国际数据库及检索单位收录。     

用于蜜蜂和熊蜂肠道微生物分类的细菌16S rRNA数据库优化

蜜蜂和熊蜂是重要的传粉昆虫, 对农业生产及生态平衡的维持具有重要作用。近年来, 研究发现蜜蜂及熊蜂肠道内含有大量微生物, 其组成简单、特异。正常的肠道微生物群落对蜜蜂的生长、激素调节、致病菌抵抗等具有重要作用。随着高通量测序的发展, 研究者们也可快速获得传粉蜂肠道微生物组成, 这给生物多样性和物种保护及蜂类健康等的研究带来了便捷。但是由于蜜蜂和熊蜂肠道微生物群落均由特殊菌种组成, 目前的细菌16S rRNA数据库无法对其进行准确的分类, 并且部分东方蜜蜂(Apis cerana)特有的肠道微生物菌种缺乏16S rRNA序列信息。本文从来源于5个不同省份的东方蜜蜂肠道中分离得到在东方蜜蜂中普遍含有的Apibacter菌属纯菌, 获取其全长16S rRNA序列, 并对目前蜜蜂和熊蜂肠道的5个核心菌种的分类进行了综述, 对其分类和命名进行了修正。根据蜜蜂肠道微生物的明确分类, 在目前常用的SILVA细菌分类数据库基础之上对其进行了命名及分类优化, 并加入东方蜜蜂中普遍含有的Apibacter序列, 从而获得了优化数据库Bee Gut Microbiota-Database (BGM-Db)。通过1组东方蜜峰及1组西方蜜蜂(Apis mellifera)的肠道菌群高通量测序结果, 分析不同数据库的表现, 我们发现相比于SILVA和Ribosomal Database Project (RDP), BGM-Db对蜜蜂肠道16S rRNA高通量测序短序列实现了菌种级别的分类, 分辨率更高。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

circRNA相关数据库及其应用

环状RNA(circular RNA, circRNA)是由真核生物中的前体mRNA反向剪接产生的环状内源性RNA分子,分布广泛、结构稳定、序列高度保守,具有细胞和组织特异性。circRNA以多种方式参与调控生物学过程以及疾病的发生发展。目前发现的功能模式包含竞争性内源性RNA作用、与蛋白质互作、翻译成蛋白质以及顺式调控亲本基因的转录等。随着circRNA的基本信息、功能分析和与人类疾病的关系等研究内容不断更新增加,急需对海量的信息进行整合分析,以及对相应细胞或组织来源的circRNA进行分类。本文从基本信息整合及分析、相关功能分析和与人类疾病的相关性等方面,对目前常用的circRNA数据库进行综述,以期为circRNA研究提供参考。     

《微生物学免疫学进展》期刊征集广告启事

《微生物学免疫学进展》1973年创刊,系中华预防医学会系列杂志,是由中国生物技术股份有限公司旗下的兰州生物制品研究所有限责任公司主办的国家级科技期刊,系中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊),中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)统计源期刊,《中国学术期刊影响因子年报》统计源期刊,中国期刊全文数据库(CJFD)收录期刊,美国化学文摘(CA)收录期刊,中国知网、万方数据库、维普数据库全文收录期刊。本刊为双月刊,全年6期,国内外公开发行。本刊的国际标准连续出版物号为ISSN1005—5673,国内统一连续出版物号为CN 62-1120/R。     

乳腺癌基因芯片数据使用探讨

随着生命科学的迅猛发展,生物信息量的急剧增加,大量基因芯片的实验数据是公开发布在Internet网上的,尤其是学术机构在发表论文时所使用的实验数据都可以免费提供给研究人员下载使用。如何能有效地、正确地利用这些数据资源,特别是在利用数据验证算法、训练模型等问题的研究中,查询和使用基因芯片数据库网上资源便显得非常重要。对与乳腺癌基因芯片有关的数据库的数据查询及使用进行研究和探讨。     

圆盘菌属中国新记录种

<正>圆盘菌属Orbilia Fries是圆盘菌科的模式属。CABI数据库中收录了该属247个名称,但其中仅有50个左右是圆盘菌属成员(Baral,私人通讯),《Dictionary of the Fungi》(Kirketal.,2001)仅承认34     

耕耘不辍 与时俱进——《微生物学免疫学进展》创刊42周年

<正>《微生物学免疫学进展》历史1.创刊于1973年8月,创刊名《生物制品参考资料》;2.1975年更名为《生物制品资料》;3.1979年更名为《微生物学免疫学译刊》;4.1988年更名为《微生物学免疫学进展》;5.1994年,季刊,国内外公开出版发行;6.2010年6月加入中华预防医学会系列杂志;7.2012年1月变更为双月刊。收录情况1.《中国学术期刊综合评价数据库》统计源期刊;2.《中国核心(遴选)数据库》收录期刊;3.《中国生物学文摘》和《中国生物学文献数据库》收录期刊;4.美国化学文摘(CA)收录期刊;5.《中国学术期刊(光盘版)全文收录期刊;6.中国知网、万方数据库、维普数据库等全文收录期刊;7.中国知网(CNKI)优先数字出版期刊。