基于生物信息学分析探讨CD59在肺癌中的表达及其临床意义

CD59为含128个氨基酸的糖基磷脂酰肌醇锚定的糖蛋白,是膜结合性补体调节蛋白的重要成员,在血液和多种组织中表达。本研究通过转录组测序数据分析发现, CD59在早期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者的外周血白细胞中表达下调,在此基础上,利用Oncomine、GEPIA、UniProt、COMSIC、SWISS-MODEL、STRING和Kaplan-Meier Plotter等数据库探讨了CD59在肺癌中的表达、蛋白质结构变化及其与患者生存之间的关系,并利用免疫印迹法(Western-blot)分析了CD59在早期肺癌组织和血清中的水平。Oncomine和GEPIA数据库分析发现, CD59的m RNA在肺癌组织中表达下降; Western-blot实验证实, CD59蛋白在早期肺癌组织和血清中的水平也下降。COSMIC数据库分析发现,肺癌患者中的CD59蛋白有3个氨基酸位点(即8、87和128位)存在突变,其中第8和128位点的突变属于同义突变,而第87位的氨基酸由酪氨酸(Y)突变为苯丙氨酸(F);进一步的SWISS-MODEL同源...     

耐热嗜盐菌的分离及16S rRNA基因序列分析

从位于西藏自治区澜沧江边一个47℃的盐井中分离筛选到一株耐热嗜盐菌菌株 YJ0238.对其进行了生理生化特性研究,采用PCR方法扩增其16S rRNA基因序列,并进行了测定.基于生理生化特性和16S rRNA基因序列的同源性比较,以及系统发育分析,发现菌株YJ0238是Idiomarina属中成员zobellii的一个亚种,其16S rRNA基因序列已被GenBank数据库收录,序列号为EF693953.迄今为止,国内极少有关高温、高盐环境中微生物研究的报道,本研究可为今后研究同类极端环境中新的物种资源以及微生物多样性提供素材和参考.     

两株棉花立枯病拮抗菌MH1和MH25的筛选与鉴定

从棉花根际分离了1277个细菌分离物,以棉花立枯病病原真菌立枯丝核菌(Rhizoctonia solani Kuhn)为靶标菌,通过平板对峙法获得25个具有拮抗性能的分离物,其中MH1和MH25具有较强的拮抗性能,且拮抗性能稳定,具有较好的生防潜力.经过形态观察、生理生化特征分析及16S rDNA序列分析,MH1为短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis),MH25为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).MH1和MH25的16S rDNA序列在GenBank中注册号分别为:EF488102,EF488103.     

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。     

宏蛋白质组学信息分析的基本策略及其挑战

宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思路.由于宏蛋白质组的研究对象是复杂度极高的微生物样品,因此,需要构建尽可能囊括样本中所含微生物的基因组信息的物种数据库.面对庞大的数据库,必须考虑到分析过程中所消耗的计算资源和鉴定结果的质控标准,因此,需要高度优化库容量、搜库、假阳性控制等参数.鉴于宏蛋白质组数据中广泛存在复杂的同源蛋白质序列,因此,需要充分利用NCBI数据库中的分类信息进行匹配,并运用LCA算法过滤处理才能将蛋白质有效地归组到物种.本文立足于宏蛋白质组学信息分析,从宏蛋白质组的数据库建立、蛋白质归并、生物学意义发掘等几个方面着手,对该领域的发展现状、面临挑战以及未来研究方向进行了评述.     

环状RNA及其作为疾病标志物的潜能

环状RNA（circular RNA, circRNA）是一种共价闭合环状结构的内源性非编码RNA分子,不具有5′端帽子和3′端poly(A)尾巴结构,具有广泛性、保守性、组织特异性以及稳定性等特性;根据序列来源的不同可分为3种类型：外显子circRNA、内含子circRNA、外显子-内含子circRNA;随着生物信息学的快速发展和高通量测序技术的不断革新,目前已经在真核细胞中发现大量内源性circRNA,主要分布于细胞质中,其独特的序列结构,使它具有microRNA海绵、调节选择性剪接或转录、与RNA结合蛋白结合、滚动翻译和衍生假基因等功能;它参与癌症、糖尿病、神经系统疾病和动脉粥样硬化等疾病发生、发展过程。众多研究显示circRNA会成为新型的疾病临床诊断标志物或人类疾病治疗的潜在靶点,该评述较为详细地从circRNA的形成、特性、生物学功能、研究方法、研究数据库以及和疾病的关系等方面来阐述circRNA的最新研究进展,方便研究人员进行circRNA研究。     

《生物技术进展》作者投稿指南

《生物技术进展》是由农业部主管,中国农业科学院茶叶研究所和生物技术研究所联合主办的学术期刊,于2011年7月创刊,双月刊,国内外公开发行。本刊由中国农业科学院生物技术所所长林敏研究员任主编,中国科技核心期刊,在中国知网、中国学术期刊（光盘版）、万方数据库、维普期刊网全文收录。     

基于目标基因芯片数据预测lncRNAs调控脑缺血再灌注损伤后的作用效应

长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)在细胞中有重要调控作用。已有研究报道,脑缺血再灌注损伤可诱导大量lncRNAs表达水平的改变,然而其具体作用机理未知。现从GEO数据库中下载基因芯片数据,分析损伤后脑组织中lncRNAs和mRNAs的表达改变。结果显示27条lncRNAs和408条mRNAs表达上调,9条lncRNAs和31条mRNAs表达下调。同时,基因本体论和通路富集分析显示差异表达的转录本在免疫和炎症反应、细胞凋亡调控等生物过程及相关通路显著富集。此外,基于lncRNAs目标预测程序和lncRNAs-mRNAs共调控网络,对序列数据和表达数据进行综合分析,发现差异表达lncRNAs参与调控细胞凋亡、免疫和炎症反应,并推测出linc RNA(chr1 9:5771 425-5848475_F)、lincRNA(chr1:1 37503023-1 37625604_R)和lincRNA(chr1 4:21 029450-21 049451_F)等lncRNAs潜在的靶基因和调控机制。这些发现提示lncRNAs广泛参与调控脑缺血再灌注损伤,为缺血性脑卒中损伤机制和治疗方案提供新的研究方向。     

生物信息学在长非编码RNA研究中的应用

长非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度大于200个核苷酸的非编码RNA分子,它们在细胞生命活动中的许多关键过程中起到重要调控作用。近年来关于lncRNA的研究发展迅速,涌现出一批用于lncRNA的鉴定、定量、结构分析以及功能预测的生物信息学工具和数据库,本文将对这些lncRNA研究的资源进行综述。