应用全基因组PCR扫描方法进行猪链球菌 基因组结构的比较分析

2005年, 在中国四川局部地区爆发人感染猪链球菌疫情, 因其感染人数多, 病死率高引起关注, 为了确定该致病菌是否发生变异, 通过应用全基因组PCR扫描方法(WGPScaning)、多位点序列分型技术(MLST)以及毒力相关基因的序列测定, 比较分别来自本次疫情中的病人和病猪、以前流行期间感染的病人分离的菌株以及网上公布的来自欧洲的猪链球菌基因组序列, 结果显示各菌株的基因组结构相似, 毒力相关基因没有差异, 所有菌株都属于ST1序列群, 说明本次引起四川疫情的菌株未发生明显的基因组结构的改变.     

我国部分地区即食食品和蔬菜中金黄色葡萄球菌污染分布及耐药和基因分型情况

【目的】系统调查了我国15个代表性城市在即食食品(卤肉、烤肉、凉拌菜和巴氏奶)和蔬菜样品中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的污染分布情况,并对分离株进行耐药性分析及多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)研究,为食源性金黄色葡萄球菌的风险识别和分子溯源提供基础数据。【方法】依据GB 4789.10-2010对540份即食食品和蔬菜样品进行定性和最大可能数(Most probable number,MPN)分析;采用K-B纸片扩散法检测金黄色葡萄球菌分离株的耐药特征并通过PCR检测mecA基因;应用MLST方法确证金黄色葡萄球菌的主要ST型。【结果】结果发现9.3%(50/540)的样品中检出金黄色葡萄球菌,其中卤肉污染率最高,为16.3%(30/184),其次为烤肉(9.2%,6/65),蔬菜(6/150,4.0%)污染率最低。定量分析发现62.0%的阳性样品污染水平处于0.3–1.0 MPN/g,其中3份阳性样品污染水平≥110 MPN/g。对50株分离株进行24种抗生素耐药性检测,发现82.0%的分离株对氨苄西林和青霉素耐药,64.0%的分离株为多重耐药株。对mecA阳性分离株进行SCCmec分型,发现均为SCCmecⅣa。所有分离株进行MLST分型,共检出14种型别,其中ST3595和ST3847为新ST型。【结论】普遍的多重耐药性表明我国食源性金黄色葡萄球菌的耐药状况已较为严重,对消费者的安全健康存在潜在威胁。ST型与耐药存在一定的关联性,这为进一步了解该菌在我国食品中的流行趋势和风险评估提供了科学的数据支撑。     

酵线菌絮凝的分型及其生理生化特性的研究

通过对４１０余株酵母菌进行絮凝测定,从中筛选到５株强絮凝菌。依据不同糖对其絮凝水平的抑制,将５株强絮凝菌分为Ｆｌｏ１型和ＮｅｗＦｌｏ型。对这两种絮凝型菌株的相关生理生化特性进行了研究。结果表明,Ｆｌｏ１型菌絮凝只受甘露糖抑制,它对高温（７０℃）、蛋白酶Ｅ、胰蛋白酶敏感,而对蛋白酶Ｋ、糜蛋白酶、Ｃａ＾２＋、ｐＨ有一定受性。ＮｅｗＦｌｏ型菌絮凝受甘露糖等多种糖抑制,它对高温（７０℃）、各种蛋白酶、Ｃａ     

云南省彝、白、傣、哈尼族人红细胞乙二醛酶I的分型调查及其频率研究

采用淀粉/琼脂糖电泳技术对云南省彝族、白族、傣族、哈尼族四个少数民族人群红细胞乙二醛酶I(GLO I)进行分型调查,结果：GLO¹ 彝族0.1163、白族0.1468、傣族0.1205、哈尼族0.2070。比较上述四个少数民族之间及其与我国汉族和其他少数民族之间,以及与国外不同人种、不同地区人群之间比较,表明GLO I基因在中华民族大群体中具有一定的分布特征;但在我国各民族之间仍然存在着程度不同的差异,而这种民族间差异却明显小于种族间差异。通过对生活在不同地域的同一民族间比较,表明GLO I基因频率的分布无显著性的地域差异。     

病毒性肝炎患者血清抗-HBcIgA 、IgE 平行检测的临床意义

我国为乙型肝炎病毒（HBV）感染高发地区,因此在病毒性肝炎病原学和临床分型中,机体提高鉴别急慢性乙型肝炎,对HBV感染后的复制情况以及乙型肝炎慢性化及慢性乙型肝炎急性发作等方面,检测抗-HBcIgA、IgE均有很大的临床意义。本文试从抗-HBdgA、IgE平行检测的角度来探讨其临床应用价值,现将结果报告如下：     

胡麻亚麻酸亚油酸相关KASP标记的开发

胡麻是北方地区特有的、富含不饱和脂肪酸的油料作物。培育高亚麻酸品种、高亚油酸品种是胡麻品质育种的主要目标。分子标记辅助选择能提高胡麻育种效率,缩短育种年限。本研究进行了胡麻资源材料自然群体多年多点脂肪酸检测数据的统计分析和基因分型、群体构建、亚麻酸、亚油酸相关SNP位点的KASP基因分型及其验证等研究,取得了以下几个方面的结果：（1）检测246份胡麻种质资源材料多年多点5种脂肪酸成分,并对其进行了统计分析。相关性分析结果显示,亚麻酸与其他成分之间呈极显著负相关,尤其是亚麻酸和亚油酸之间负相关性最高;（2）对5种脂肪酸表型数据进行统计分析,确定了亚麻酸、亚油酸相关SNP标记分型群体：包括49份高亚麻酸（≥54%）材料、36份低亚油酸（≤13.5%）材料,及8号（CH-89）和254号（CI637PI91037）高亚油酸低亚麻酸材料;（3）验证并确定了7个SNP位点：g6-6229142、g10-19305239、g9-18961021与亚麻酸显著关联;g6-19208888、g9-14900088、g15-22369840和g2-7680441与亚油酸显著关联;（4）对确定的7个SNP位...     

肿瘤突变特征与病理分型的关联研究

准确评估肿瘤的病理亚型对诊断、治疗和预后至关重要。以往病理亚型的诊断主要依赖HE染色法和免疫组织化学法,而随着测序技术的不断发展,对患者进行基因型和表型特点的个体分析成为可能,将肿瘤病理分型与基因分型结合用于疾病分型、诊治选择和疗效判断的精准医学研究逐渐兴起。不同病理亚型的肿瘤细胞来源、致癌因素和临床表型均不尽相同,其在基因组上会留下特异“印迹”,即突变特征。本研究通过整合癌症基因组数据库(The Cancer Genome Atlas, TCGA)中肾癌、肺癌和食管癌的外显子测序数据,分别对3种肿瘤通过肿瘤基因突变特征进行肿瘤病理分型聚类和预测。首先通过非监督聚类方法将3种肿瘤分别按照24种突变特征进行聚类分析,其次通过随机森林法从24种突变特征中进一步选择对于区分不同病理亚型有显著性的突变特征并进行聚类分析,构建突变特征对3种肿瘤病理亚型的分型模型。在肾癌中,该模型准确率达到了100% (95% confidence interval (CI): 0.93~1.00),肺癌和食管癌中分别达到了78% (95% CI: 0.66~0.86)和84% (95% CI: 0.60~0.97)。以上研究结果表明,突变特征作为新型分子标记物,对肿瘤的病理分型、诊断,尤其是早诊具有一定的参考意义。     

家畜基因组选择研究进展

近年来,随着基因芯片技术的发展与育种技术的进步,动植物的基因组选择成为研究热点。在家畜育种中,基因组选择凭借其准确性高、世代间隔短和育种成本低等优势被应用于各种经济动物的种畜选择中。本文详细介绍了基因分型技术和基因组育种值估计方法(最小二乘法、RR-BLUP法、GBLUP法、ssGBLUP法、贝叶斯A法、贝叶斯B法等),并对这些育种方法选用的标记范围、准确性以及计算速度进行了比较,总结了我国和其他国家基因组选择在种畜选择中的应用情况及存在的问题,展望了目前国内外在基因组选择上的最新研究动态及进展,以期为其他育种工作者进一步了解基因组选择提供参考。     

观赏羽衣甘蓝SSR标记分型与亲缘关系研究

观赏羽衣甘蓝凭借优良的观赏特性和抗逆性已经成为重要的冷季观赏植物。国内观赏羽衣甘蓝育种起步较晚,并且缺乏对种质资源遗传背景的系统研究。本研究应用SSR标记对不同类型的观赏羽衣甘蓝材料进行标记分型和亲缘关系分析。从99对均匀分布于甘蓝基因组的SSR引物中筛选出46对多态性好的引物,对27份不同类型的观赏羽衣甘蓝材料进行标记分型,共扩增出210个多态性位点,平均PIC值为0.58。进一步利用标记分型结果进行STRUCTURE群体结构、UPGMA聚类和聚类热图分析,结果显示3种分析结果基本一致,可以将27份材料分为圆叶、羽叶和皱叶3种类型,其中圆叶和羽叶类型的亲缘关系更近,与皱叶类型的亲缘关系较远;STRUCTURE分析还可以将双亲为不同类型的杂交种材料进行区分;聚类热图分析可以将标记分型结果形象的展示出来。本研究为进一步建立观赏羽衣甘蓝分子指纹图谱,明确种质资源的遗传背景,建立观赏羽衣甘蓝分子标记辅助选择育种体系,培育具有自主知识产权的新品种奠定基础。     

转录因子二聚化配体3（TFDP3）在乳腺癌组织中的表达及其与乳腺癌分子分型的相关性研究

目的:本研究旨在分析总结癌-睾丸抗原TFDP3在乳腺癌中的表达规律,探究TFDP3表达与乳腺癌分型及发病进程关系。方法:通过对不同分型及分期的乳腺癌组织切片进行免疫组化检测,分析TFDP3在其中的表达情况,并结合样本来源患者的临床信息,对TFDP3的表达与乳腺癌分子分型、分期及预后的相关性进行统计分析。同时,通过Western Blot检测了5种乳腺癌细胞系(MDA-MB-231、MCF-7、SK-BR-3、T47D及MCF-10A)中TFDP3的表达情况,并通过细胞免疫荧光实验,检测TFDP3在细胞中的定位。结果:TFDP3在已检测的乳腺癌样本中的表达率为49%。乳腺癌临床分子分型标记物HER2的表达与TFDP3的表达呈正相关,但乳腺癌的分期、临床病理分型以及临床分子分型标记物ER、PR的表达均与肿瘤组织中TFDP3的表达无相关性。结论:TFDP3在各在乳腺癌组织中高表达,其表达量与HER2的表达量呈正性相关。这为研究已TFDP3为靶点的乳腺癌免疫治疗,提供了新的依据。