生物技术软件介绍Ⅱ

生物技术软件介绍Ⅱ王槐春（军事医学科学院医学情报研究所北京１００８５０）本人在《生命科学》１９９２年第２期上介绍了六类生物技术数据库和软件。近一年多来,我们又引进和开发了一批新的生物技术软件,现综合简介如下。所介绍软件有些是我们自行设计,有些购自国外...     

下颌单颗磨牙缺失区三维测量及数据库的建立

目的:研发三维测量软件,使用该软件对下颌非游离端单颗磨牙缺失后缺牙区相关解剖数据进行三维测量分析并建立数据库,为临床及科研提供参考依据。方法:选择50名确诊为下颌非游离端单颗磨牙缺失的成年患者,拍摄锥形束CT并运用3D-DMTC软件进行测量分析,测量缺牙区相关解剖数据。对各项结果用SPSS 21.0软件进行统计分析,并建立下颌单颗磨牙缺失后相关解剖数据库。结果:成功研发三维测量软件3D-DMTC。测得缺牙区牙槽嵴顶到下颌神经管的最近距离平均值为:15.84±2.10 mm;下颌神经管距离下颌骨颊侧壁最近距离平均值为:5.83±1.56 mm;下颌神经管距离下颌骨舌侧最近距离平均值为:3.78±1.19 mm;相邻两牙间最短距离平均值为:10.08±1.58 mm;剩余牙槽骨体积平均值为:2674.94±775.67 mm3。建立下颌单颗磨牙缺失后相关解剖数据库ADSML。结论:通过使用自主开发的测量软件测量得到相关数据并建立数据库,可辅助临床医生深入对患者颌骨的解剖情况的认识,并为临床治疗及相关科研提供参考。     

孟氏隐唇瓢虫qRT-PCR分析中内参基因的筛选

选择合适的内参基因是qRT-PCR研究的关键。本文以孟氏隐唇瓢虫Cryptolaemus montrouzieri Mulsant为研究材料,利用qRT-PCR技术,对孟氏隐唇瓢虫4个候选内参基因Actin、RPS23、GAPDH和β-tubulin的mRNA的表达量进行了分析,并用Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper软件分析它们在孟氏隐唇瓢虫不同发育阶段及成虫不同组织中的表达稳定性。结果表明,以成虫不同组织为材料时,综合三种软件分析结果显示4个候选基因表达稳定性平均等级值排名为RPS23(rank=1)β-tubulin(rank=2.3)GAPDH(rank=3)Actin(rank=3.7),以不同发育时期虫体为材料时,综合分析结果显示4个候选内参基因表达稳定性平均等级值排名为RPS23(rank=1.7)Actin(rank=2)GAPDH(rank=2.7)β-tubulin(rank=3.7)。综合分析在瓢虫不同发育阶段及成虫不同组织两种处理下,三种软件的评价效果,4个候选基因表达稳定性等级值的总平均排名为RPS23(rank=1.3)Actin(rank=2.8)=GAPDH(rank=2.8)β-tubulin(rank=3)。RPS23在瓢虫不同发育阶段及成虫不同组织中均显示出较高的表达稳定性及与其它基因之间极大的相关性,可以确定为孟氏隐唇虫不同发育阶段及成虫不同组织基因表达分析中一个稳定表达的基因,可作为单个内参基因或者其它内参基因的协同基因,本实验为开展孟氏隐唇瓢虫功能基因表达分析奠定了方法学基础。     

关于计算机软件发展的研究

计算机已经成为一种日常生活不可缺少的工具,在人们的生产生活的各个领域发挥越来越重要的作用。计算机通过其应用软件为人们提供服务,计算机软件的发展很大程度上扩大了计算机的应用。现在社会需要的软件功能也越来越大,怎么样开发功能强大的软件,怎么样降低软件的开发成本是一个比较重要的问题,本文对软件的现状和趋势做了一些研究。     

PerkinElmer推出适用于高容量图像数据管理和分析的Columbus（TM）2．0图像数据管理平台

通过采用由网络实现的灵活的全面解决方案，细胞成像和分析技术的全球的领导者为研究人员提供了速度更快、集成度更高的的图像数据管理功能波士顿，2009年9月21日（美国商业新闻）一专注于提高人类健康及环境安全的全球领先公司PerkinElmer，Inc．，在波士顿举行的高内涵分析东部会议上宣布推出Columbus（TM）2．0平台，它是针对细胞成像和分析的高内涵筛选（HCS）数据管理软件的旗舰产品。     

使用 RASP 软件预测中国柴胡属的起源和扩散简

采用系统发育的祖先性状重构软件RASP（Reconstruct Ancestral State in Phylogenies）,首次使用扩散隔离分析的统计学方法（Statistical Dispersal-Vicariance Analysis,S-DIVA）和Binary Bayesian MCMC（BBM）方法,选择粗糙西风芹（Seseli squarrulosum）和竹叶西风芹（S.mairei）为外类群,对来自中国的26个柴胡属植物的核糖体内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,ITS）和叶绿体rps16序列进行分子系统分析。结果表明,ITS和rps16序列集所构建的重要节点中,祖先分布区概率占绝对优势的是中国南方地区,推测中国南方是中国柴胡属的起源中心,且时间—事件（Time Event,TE）曲线结果表明距今20和2.5百万年（20和2.5 Ma Bp）出现扩散峰值,在15 Ma Bp出现谷值,推测其20 Ma Bp（庐山亚冰期）,南方和北方种类交流隔离,中国北方分布类型为主体的类群,以散点式的分布,南方分布类型为主体的类群,形成次生分化中心,并按照一定的路径向外扩散,形成对外扩散的高峰期;15 Ma Bp时,以南方为冰期的避难所,出现扩散的低谷期;2.5 Ma Bp（大理亚冰期）左右,因为青藏高原的隆起,中国柴胡属种类再一次发生物种多样化和形成向外扩散的高峰期。     

定量古生物学软件PAST及其常用功能北大核心CSCD

近半个世纪以来,古生物学涉及越来越复杂的现象与过程,难以用传统的经验科学方法来解决。伴随着相关研究引入日益增多的定量分析,古生物学逐渐成为一门可定量分析的科学。作为最早的古生物学专用的免费统计软件包,PAST功能全面、易于使用,并在过去十几年中发展迅速,目前已在相关软件中占据重要地位。本文在简单介绍该软件基本操作方法的基础上,结合古生物学应用案例,解读最常用到的几类"常规统计分析"与"多元统计分析"的使用;同时,针对古生物学相关领域中的"多样性、丰度及居群结构","形态学"和"生物地层学"问题,给出具体分析实例。在相关案例的分析介绍中,详细梳理用PAST实现这些分析的具体步骤,因而具有较好的实用参考价值。受篇幅所限,文章对软件中其他不常用但相对重要的9个模块只进行简要介绍,以供读者在偶尔涉及该类分析时参考。PAST软件不仅功能强大,而且能够针对古生物学及地层学浮现出来的最新前沿问题不断进行调整、更新,值得在古生物学界推广使用。     

碳包铁纳米粒子作为磁性靶向药物载体的物理性能研究

一种全新的磁靶向纳米药物载体——用直流碳弧法制备的碳包铁纳米粒子,它具有独特的纳米结构,在石墨碳层中完全包裹进铁纳米颗粒,实现在纳米碳包围中的纳米磁性粒子分散状态,其中的纳米碳具有大的比表面积和较高的化疗药物吸附量,达到每毫克吸附160μg的表阿霉素。铁纳米粒子磁场强,靶向效果好,有较佳的磁靶向发热效应,在动物病灶局部放置0.1g碳包铁纳米粒子将能使发热温度平均升到52℃;而将碳包铁纳米粒子均匀与猪肝混合也有明显的产热效果:含量0.4%碳包铁纳米粒子的一组猪肝能将温度升到42℃,而含量0.6%碳包铁纳米粒子的一组猪肝能将温度升到48℃。X射线衍射表明借助于碳的包裹,碳包铁纳米粒子有好的抗氧化性和稳定性。碳包铁纳米粒子有可能作为一种全新的磁性靶向药物载体用于癌症治疗。     

MedLab硬软件全面升级为6．0

南京美易科技有限公司属南京江宁国家级高新技术开发区内的高新技术企业,企业拥有企业标准并已通过ISO9001：2000国际质量管理体系认证。13年来,我们一直致力于生理科学实验仪器的研制与开发。     

MedLab硬软件全面升级为6．0

南京美易科技有限公司属南京江宁国家级高新技术开发区内的高新技术企业,企业拥有企业标准并已通过ISO9001：2000国际质量管理体系认证。13年来,我们一直致力于生理科学实验仪器的研制与开发。公司成员大多是高校教师,技术力量雄厚,多学科的交叉和结合,使拥有自主知识产权的MedLab（登记号：3128284）系列产品在生物信号采集处理领域处于领先地位,多项功能超过国际同类产品,并不断开发出各类实验新产品。MedLah生物信号采集处理系统已获得国家专利（专利号ZL02220911．5）并获得香港专利博览会金奖。MedLab能替代传统的多道生理记录仪、示波器、X—Y记录仪和刺激器等仪器,一机多用,功能强大,