小鼠基因组研究进展

小鼠基因组研究进展李善如１,２王冬平１陈永福２（１．军事医学科学院实验动物中心,北京１０００７１）（２．中国农业大学生物学院,北京１０００９４）ＴｈｅＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＭｏｕｓｅＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈＬＩＳｈａｎｒｕ１,２ＷＡＮＧＤｏｎ...     

不同预处理方法影响昆虫干标本DNA提取效果

为从昆虫干标本中获取高质量DNA,以利于后期PCR扩增目的基因,本研究对DNA提取前昆虫干标本的预处理方法进行探讨,分别测定其纯度和质量,并用不同引物进行了扩增效果对比。结果显示:经过预处理的样品DNA平均含量均高于CK的52.283 ng/滋L,最高为0.9%Na Cl处理3 h,平均含量达122.632 ng/滋L;米象4种预处理方法提取的DNA利用引物Lco1490/Hco2198及UEA7/UEA10均能扩增出650 bp长度条带,仅有0.9%Na Cl溶液浸泡3 h处理的米象可通过引物J173/J1331扩增出1 000 bp的长片段条带。研究表明,经过预处理后,一定程度上减少了基因组DNA的断链,主要对样品DNA的质量浓度影响显著;以9%Na Cl溶液3 h预处理后的昆虫干标本,利用磁珠法所提DNA的质量及PCR扩增效果最佳。     

介绍一种简便而灵敏的DNA染色法

介绍一种简便而灵敏的ＤＮＡ染色法过去在光学水平对ＤＮＡ进行特异性染色大多用孚尔根（Ｆｅｕｌｇｅｎ）染色法,此法特异性高,染色后颜色鲜艳,但染色程序繁杂,而且难以对微量ＤＮＡ进行精确定位。如线粒体、质体的ＤＮＡ。在此介绍一种近年才发展起来的能精确定位微...     

二种抗有丝分裂化合物诱发小鼠联会复合体损伤的研究

以抗有丝分裂化合物秋水仙素和对苯二酚处理雄性小鼠,分析了减数分裂前期细胞联会复合体出现的各类损伤。二种化合物在减数分裂前期都诱发各种特殊倾向性的联会复合体损伤(如联会复合体断裂、联会异常等现象)。联会复合体分析,可以作为监测减数分裂过程中源染色体联会异常所引起的染色体异常分离和染色体结构损伤的手段。 Abstract:Two anti-mitotic chemicals(colchicines and hydroquinone)were assayed for their effects on synaptonemal complex(SC)damage in male mice.The tested chemicals significantly induced SC anomalies including SC breakage,asynapsis and non-homologous.It is concluded that SC analysis could be used to pre-screen aneugenes and clastogenes in mammalian germinal cells.     

博安霉素与DNA相互作用的分子机理研究

通过光谱分析,粘度测定及＾１ＨＮＭＲ研究证实,博安霉素（ＢｌｅｏｍｙｃｉｎＡ６,ＢＬＭＡ６）是通过双噻唑其嵌插入碱基对之间与ＤＮＡ结合,同时测定了ＢＬＭＡ６与ＤＮＡ的结合常数,结合位点数并与博霉素Ａ２（ＢＬＭＡ２）,Ａ５（ＢＬＭＡ５）进行了比较,证实了末端胺基对ＢＬＭＡ６与ＤＮＡ结合的贡献,琼脂糖凝胶电泳对ＢＬＭＡ６及其Ｃｕ（Ⅱ）,Ｆｅ（Ⅱ）络合物断裂ＤＮＡ的研究表明,在ＤＮＡ断裂中某种氧自由基的     

DNA甲基化的3种可能转录抑制机制

尽管ＤＮＡ甲基化能抑制转录这一观点早已为人所知 ,但其精确的机制还不完全清楚[1] 。到目前为止 ,有 3种可能的机制被用来解释甲基化的转录抑制过程。第一种机制是ＤＮＡ甲基化直接干扰特异转录因子与各自启动子的识别位置结合[2 ] 。几种转录因子 ,如ＡＰ 2、Ｃ Ｍｙｃ/Ｍｙｎ、ＣＡＲＥＢ、Ｅ2Ｆ和ＮＦ κＢ ,能识别含ＣｐＧ残基的序列 ,当ＣｐＧ残基上的Ｃ被甲基化后 ,结合作用即被抑制 (图 1 )。相反 ,其他一些转录因子 (如ＳＰ1和ＣＴＦ)对结合位置上的甲基化不敏感 ,还有许多因子在ＤＮＡ上的结合位点上不含ＣｐＧ二核苷酸 ,ＤＮＡ…     

昆虫与寄主植物营养关系的DNA分子追踪

农田生态系统中昆虫与寄主植物的食物营养关系错综复杂,利用田间直接观察法、肠道内含物形态学分析、同位素标记等方法都难于全面解析,常造成营养关系的缺失。近年来,DNA分子追踪技术迅速发展,利用一段较短的DNA序列能有效鉴别植食性昆虫取食寄主植物的种类,为这一领域研究提供了新方法。本文全面介绍了3种DNA分子追踪技术——诊断PCR技术、克隆测序技术和下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)。其中诊断PCR技术包括单一PCR技术和多重PCR技术,适用于目标昆虫与已知寄主植物之间的营养关系分析;克隆测序技术能够在寄主植物种类未知的前提下,解析目标昆虫完整的寄主植物种类信息;下一代测序技术实现了短时间内对混合样品的测序,加之昆虫与植物DNA条形码序列数据库大量扩增,有效地提高寄主植物的鉴别能力。诊断PCR技术和克隆测序技术已在追踪地下害虫的取食行为、植食性昆虫取食范围及其在寄主植物间的转移与选择习性等方面被广泛应用,且进展明显。综合考虑各种技术的优缺点,本文提出将DNA分子追踪技术与同位素标记等其他方法相结合的研究策略,以便系统解析农田生态系统中昆虫与寄主植物之间的营养关系。     

高频度微卫星不稳定性大肠癌"修饰型"微卫星变化与MLH1及KRAS基因突变密切相关

本研究通过方法学的改良和观察方式的创新试图阐明这种现象的原因.微卫星非传统的检测方法仅能实现微卫星定性检测,我所在的研究组开发了自动片段分析双荧光标识技术,提高了微卫星检测的感度和重复性,并实现了微卫星片段变化长度的定量.小于6碱基的微卫星变化被定义为修饰型微卫星不稳定,大于8碱基的变化被定义为跳跃型微卫星不稳定,它们的电泳谱截然不同.前者表现为在非肿瘤来源微卫星位点基础上的增加或减少,后者表现为距离非肿瘤微卫星片段远隔部位的新波形的出现.通过研究我们发现,在DNA错配修复缺陷细胞系及基因敲除大鼠自发肿瘤样本,仅有修饰型微卫星不稳定性检出;在人类DNA错配修复缺陷细胞系连续80次传代也没有检出跳跃型变化.跳跃型变化不能通过简单重复序列不稳定基础上的增加或减少的累加而获得.在76例散发大肠癌,我们检测了微卫星不稳定性,KRAS基因突变,并对高频度微卫星不稳定性病例的两个主要DNA错配修复基因MSH2和MLHl进行了全长测序.我们发现,在大肠癌,按频度的传统分类与按波形变化的分类有高度的一致性,高频度微卫星不稳定性病例均检测到跳跃型表现,低频度微卫星不稳定性都表现为修饰型变化.在12例高频度微卫星不稳定病例,有三例检出了跳跃型和修饰型同时存在微卫星不稳定的特殊表型,这3例均检出KRAS的突变,更有趣的是该3例病例也同时检出了DNA错配修复基因MLH1的变异.而在其他9例高频度微卫星不稳定病例,KRAS突变及MLH1、MSH2交变未检出.通过对突变谱的分析我们还发现,修饰型微卫星不稳定与KTAS基因12号密码子的转换型突变高度相关,而微卫星稳定的病例检出的KRAS基因12号密码子突变多为颠换型突变.修饰型微卫星不稳定表型检出的高频度转换突变可由DNA错配修复缺陷的分子背景解释.通过本研究,我们认为以波形为基础的微卫星不稳定新分型可能是解决目前微卫星研究领域矛盾的一个选项.一直公认为高频度微卫星不稳定性是"真正"的DNA错配修复缺陷表型,我们的研究提示实际上高频度微卫星的可能是多元的.修饰型微卫星不稳定与DNA错配修复缺陷直接关联,而跳跃型微卫星不稳定的原因尚未阐明.在高频度为微型不稳定中,携带修饰型变化的病例可以通过DNA错配修复系统缺陷来解释其病因.