一种基于Z-Curve映射下DNA序列信噪比的快速算法研究

DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征.针对信噪比计算量大的问题,给出基于Z-Curve映射下快速计算信噪比的方法,该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明,快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上,极大减小基因的信噪比计算时间.     

外源DNA直接导入小麦及其在育种上的应用

本研究选用两个白粒小麦品种作供体,提取其总ＤＮＡ,采用花粉管直接携带法导入７５（１９８）红粒品种受体植株。ＤＮＡ导入的第一代（Ｄ１）,目的性状的转化频率为１．７５％和２．９４％。Ｄ２代变异率显著低于Ｄ１代。对Ｄ１,Ｄ２代所得目的性状变异后代,按照常规育种程序进行Ｄ３代观察与鉴定,得到已稳定遗传的后代,从中选取保持原品种其它优良性状而籽粒为的白色的变异类型混合脱粒,获得７５（１９８）改良新品系。     

选择性别

最近对南非跑步选手Caster semenya的性别争论,显示了人类性别形成的复杂性。专家们必须确定DNA,生殖器或激素是否能够作为性别决定性特征。     

DNA纤维上的原位杂交技术

ＤＮＡ纤维上的荧光原位杂交（Ｆｉｂｅｒ－ＦＩＳＨ）技术是一种非重要的分子细胞遗传学技术。对于高分辨物理图的绘制、基因组和染色体结构的研究、致病基因的定位克隆等都有很大作用,本文介绍了该技术的基本操作和应用,以及与引物原位ＤＮＡ合成（ＰＲＩＮＳ）等技术相结合进行更精确基因定位的潜力。     

EDU 免疫荧光法检测整合素连接激酶（ILK）高表达 对新生大鼠心肌细胞DNA 合成的影响

目的:通过EDU免疫荧光法观察整合素连接激酶(Integrin-Linked Kinase,ILK)在新生大鼠心肌细胞内高表达后对心肌细胞DNA合成的影响。方法:取新生(1-3天内)大鼠原代心肌细胞,培养72小时后随机分为正常对照组、ILK转染组。对照组转染重组腺病毒载体(adeno-GFP),ILK组转染重组腺病毒载体+ILK基因(adeno-ILK)。转然成功后48小时将两组心肌细胞分别通过5-乙基-2’-脱氧尿嘧啶核苷(EDU)免疫荧光法测定心肌细胞DNA合成。结果:ILK转染组心肌细胞内DNA合成较对照组明显增加(P<0.05)。结论:ILK高表达具有促进新生大鼠心肌细胞的DNA合成的能力。     

Genealogy and phylogeography of Cyprinid fish Labeo rohita （Hamilton, 1822） inferred from ATPase 6 and 8 mitochondrial DNA gene analysis

ATPase 6/8 gene （842 bp） of mitochondrial DNA was sequenced in Labeo rohita samples （n = 253） collected from nine rivers belonging to four river basins; Indus, Ganges, Brahmaputra and Mahanadi. Analysis revealed 44 haplotypes with high haplotype diversity （Hd） 0.694 and low nucleotide diversity （π） 0.001. The within population variation was larger （83.44%） than among population differences （16.56%）. The mean Fsv value （0.166; P 〈 0.05） for overall populations revealed moderate level of genetic structuring in the wild L. rohita populations. The haplotype network presented a single clade for wild L. rohita population, from different rivers. Negative values for Fu＇s index （Fs）, mismatch distribution analysis indicated period of expansion in L. rohita population. The time after recent expansion was estimated for each population, between 0.042 to 0.167 mya. The pattern of Isolation by Distance （IBD） was not significant （r = -0.113, P 〈 0.287）, when all the sampling locations were compared （Mantel test）, however, when an outlier （Indus, Brahmaputra and Mahanadi） was removed from the whole population set, a clear positive correlation between pairwise Fsv and geographic distance （Km） was seen. The analysis of data demonstrated that ATPase6/8 gene polymorphism is a potential marker to understand genetic population structure of wild L. rohita existing in different rivers. The study identified population substructure in wild L. rohita with common ancestral origin [Current Zoology 60 （4）： 460--471, 2014].     

质粒DNA抗原芯片检测抗双链DNA抗体的初步研究

目的:建立以质粒DNA作为抗原的检测血清中抗双链DNA(dsDNA)抗体的芯片方法,并与酶联免疫吸附实验比较,初步探讨用芯片法检测抗dsDNA抗体的临床价值。方法:将原核表达载体质粒pcDNAⅡ用质粒DNA快速抽提试剂盒提取纯化DNA后按1∶2稀释,用点样仪点在经3-氨丙基三乙氧基硅烷(APES)修饰的玻片上,温孵后用含有1%小牛血清白蛋白和2.5%蔗糖的PBST封闭,以Cy3标记的人IgG为二抗,建立检测dsDNA抗体的芯片方法,并与德国欧蒙公司生产的抗双链DNA检测ELISA试剂盒做比较,对包括58例系统性红斑狼疮(SLE)、25例干燥综合征(SS)、10例皮肌炎(DM)和7例类风湿关节炎(RA)在内的病人和60例健康人对照进行了抗dsDNA的对比检测。结果:对阳性标本的检测,与现用常规检测方法ELISA相比,芯片检测抗dsDNA的灵敏度为91.3%,特异度为90.7%,阳性预测值为89.3%,阴性预测值为92.5%;对健康对照的检测,2种方法均为阴性,符合率为100%。结论:与ELISA相比,用质粒DNA作为抗原建立的芯片方法的灵敏度和特异度较高,为今后建立同时检测多个自身抗体的芯片奠定了基础。     

分子生态学研究揭示中国飞蝗种群的进化关系

飞蝗是一种重要农业害虫,具有很强的迁飞能力,其分布区比任何其他蝗虫都更广阔,几乎覆盖了东半球的整个温、热带地区。然而,基于生物学或形态学差异,飞蝗仅在中国就鉴定出了3个亚种,而在世界范围内则存在至少9个亚种———这跟其迁飞能力是相矛盾的,学术界对此也一直存留争议。张德兴教授的研究团队（中国科学院动物研究所分子生态学和进化研究组）运用分子生态学的研究手段,从多个独立微卫星DNA位点对覆盖飞蝗中国分布区的25个样点的1300多个标本进行综合分析。他们发现,尽管飞蝗具有很强的迁飞扩散能力,中国的飞蝗确实分为北方种群、南方种群和西藏种群3个具有显著遗传差别的种群,但是与传统认识不同的是,广布于中国中、东部的飞蝗并非东亚飞蝗,而是应隶属于亚洲飞蝗亚种。该研究成果一方面验证了飞蝗经典分类的一些结论,另一方面则指出对由Boris Petrovitch Uvarov（1889~1970）（被学界誉为“蝗虫之父”）在20世纪30年代建立的关于东亚飞蝗的有关权威观点进行修正的必要性。该研究团队还进一步分析飞蝗在中国形成和维持3个具有显著遗传差别的种群的原因,指出：历史生物地理学因素可能是导致形成这3个地理种群的关键原因,特别是更...     

满江红鱼腥藻遗传多样性的RAPD分析

共生在水生蕨类植物满江红(又称“红萍”:Azolla)叶腔中的固氮兰细菌曾被认为是一个种满江红鱼腥藻(Anabaena azollae Strasb.).但由于现存的满江红在分类学上有2个亚属,7个种1,对不同满江红叶腔中鱼腥藻的鉴别,多年来引起人们的重视.80年代,鱼腥藻的单克隆抗体和RFLP的研究,发现了它与宿主分类上一定程度的对应关系2,3.90年代以后,Van Coppenolle和Eskew分别以RAPD-PCR和DAF-PCR对从满江红共生体中提取的DNA进行了分析4,5,但后者发现了共生体中藻的DNA对整个PCR产物的干扰作用会影响满江红属本身系统分类.       

中国人群中微卫星位点DXYS156的多态研究

以中国２个汉族群体和８个少数民族群体的Ｓ２０名个体为研究,采用ＰＣＲ扩增后案丙烯酰胺凝胶电泳分离的方法,分析了Ｙ染色体上ＤＸＹＳ１５６Ｙ和Ｘ染色体上ＸＹＳ１５６Ｘ这两个微卫星位点的遗传多态性。结果表明,在所研究的１０个中国人群中,共观察到１０个不同长度片段的等位基因,在Ｘ染色体上的５个闰基因是：１３０ｂｐ、１３５ｂｐ、１４０ｂｐ、１４５ｂｐ、１５０ｂｐ,在Ｙ染色体上的五个等位基因晃：１６０ｂｐ、１