胱天蛋白酶（caspase）的前结构域

胱天蛋白酶 (ｃａｓｐａｓｅ)是白细胞介素 1β转化酶(ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ 1βｅｎｚｙｍｅ ,ＩＣＥ)家族的总称 ,Ｃａｓｐａｓｅ(ｃｙｓｔｅｉｎｅａｓｐａｒｔａｔｅ ｓｐｅｃｉａｌｐｒｏｔｅａｓｅｓ)的含义是该类蛋白酶的活性部位为极为保守的半胱氨酸 (ｃｙｓｔｅｉｎｅ)残基 (取第一个字母“ｃ”) ,又特异性切割底物的天冬氨酸 ,用“ａｓｐａｓｅ”表示 ,简称ｃａｓｐａｓｅ ,该酶在细胞凋亡过程中起关键作用 ,是目前研究的热点。现已发现的ｃａｓｐａｓｅ有 14种 ,它们均以无活性的酶原的形式存在 ,包括一个Ｎ末端前结构域 (ｐ…     

PH结构域与细胞方向感觉

PH（pleckstrin homology）结构域与细胞方向感觉关系密切,目前已发现,PH结构域存在于60多种蛋白质中,这些蛋白质能与趋化细胞胞膜表面的相关结合位点结合,进而激发信号转导的下游事件.这种结合有以下特点：a.迅速而短暂;b.只与外界环境中两点间浓度梯度差相关,据此提出了“空间模式”;c.改变趋化剂的位置时,结合位点在胞膜上的分布也随之改变,由此提出了“时间模式”.深入而全面地探讨各种PH结构域及其结合位点在细胞方向感觉中的作用,对于细胞方向感觉的研究具有巨大的推动作用和深远的理论意义.     

膜结合鸟苷酸激酶蛋白质家族的结构与功能

MAGUKs蛋白家族成员位于细胞表面,通过其PDZ、SH₃、GK结构域调节离子通道受体的聚集,构建细胞骨架,参与信号转导,调控细胞周期进程,并与机体神经发育密切相关.     

通过自由能的差别划分蛋白质连续结构域

结构域是蛋白质三级结构下面的结构层次 ,大多数的蛋白质都可分为若干个结构域 ,结构域的不同组合使蛋白质具有不同的三级结构并具有不同的功能。蛋白质结构域的划分在理论与应用上都具有重要意义。但目前对结构域的划分还没有一个十分理想的方法。本文通过计算去折叠自由能来实现对蛋白质结构域的划分。用此方法对 5 0种不同蛋白质序列连续的双结构域进行了分析 ,大多数蛋白质的结构域划分结果与文献报道一致 ,另外一些虽然与文献报道结果不一致 ,但比文献报道的结果更合理     

担子菌交配型基因的克隆及功能研究进展

担子菌中已有２０多个交配型基因被克隆,Ａ、Ｂ位点的交配型基因具有明显不同的结构特征。Ａ位点的交配型基因编码两类含相似同源结构域的蛋白质,两种蛋白质形成异源二聚体,调节依赖Ａ因子的发育过程;而Ｂ位点的交配型基因编码信息素及其受体。交配型基因编码的同源结构域蛋白质在植物、动物和菌类中都具有广泛的保守性。     

现代分子生物学发展趋向

前言 一、现代反向生物学的研究方法促进了生命科学的发展 (一) 基因组的结构与功能 (二) 蛋白质的结构与功能 (三) 分子病理学和蛋白质工程的新领域 二、重组DNA的工程技术大大促进了生物学研究转化为生产力 。     

DEPDC超家族蛋白的结构与功能

DEP(Dishevelled, Egg-laying defective protein 10 and Pleckstrin)结构域由约90个保守的氨基酸残基组成,最早在DVL(Dishevelled)、EGL-10(Egg-laying defective protein 10)和PLEK(Pleckstrin)三个蛋白中被发现。越来越多的证据表明, DEPDC(DEP domain-containing)超家族蛋白在生物学中扮演着多种重要的角色,特别是与生物体内信号转导及癌症等相关。该文浅析了DEPDC超家族蛋白的结构与功能,以期为今后进一步揭开DEP结构域的结构与功能奠定基础。     

猪苓糖苷水解酶家族基因及其差异表达

猪苓与蜜环菌建立共生关系时,猪苓菌丝会反侵染并消解蜜环菌菌索,以获取营养物质,糖苷水解酶是参与这一过程的主要酶类之一。本研究从猪苓转录数据库中获得糖苷水解酶家族基因42类、309个;其编码的糖苷水解酶蛋白含各类结构域344个,以糖苷水解酶结构域glyco＿hydro为主,共计35类173个。对猪苓糖苷水解酶进行的gene ontology (GO)功能注释结果表明,这些蛋白参与的生物学过程以物质代谢及分解过程为主,特别是多糖等大分子物质代谢;181个猪苓糖苷水解酶具有水解酶活性,这些水解酶活性呈多样性分布。与未被蜜环菌侵染的猪苓部位相比,43个糖苷水解酶基因在蜜环菌侵染的菌核部位中差异表达,编码包括glyco＿hydro＿48、cellulase和polysacc＿deac＿1等功能结构域,可能发挥水解几丁质、纤维素酶活性及免疫调节等活性,这为猪苓与蜜环菌互作关系的研究提供了候选基因及蛋白。     

双孢蘑菇Septin基因Ab.Cdc3的克隆与分析

具有 GTPase 活性的 Septin蛋白广泛存在于除植物外的所有真核生物中,其功能多样。采用tBlastn将灰盖鬼伞Coprinus cinereus中与菌柄伸长相关的Septin蛋白Cc.Cdc3与双孢蘑菇基因组数据进行比对,在双孢蘑菇基因组中找到Cc.Cdc3同源蛋白编码基因Ab.Cdc3。生物信息学分析结果表明,Ab.Cdc3蛋白序列具有保守GTPase结构功能域。通过荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）方法分析Ab.Cdc3在不同生长阶段的表达模式,结果显示该基因在子实体菌柄中表达量较菌丝、原基和菌盖中的表达量高;采后不同保藏时间样品Ab.Cdc3基因表达分析结果显示,在采后0h表达量显著高于采后12h和48h;这些结果为进一步研究该基因在双孢蘑菇生长发育中的功能提供参考。     

MADS-box转录因子编码基因Vvrin1在草菇不同发育时期的表达分析

草菇是我国土特产出口的主要种类之一,而采后易开伞问题限制了草菇的贮藏及运输。MADS-box转录因子对植物的成熟衰老和真菌的子实体发育起到重要的调控作用。目前尚未见草菇MADS-box转录因子的相关报道。本研究通过生物信息方法及分子生物学的手段对草菇的基因组、转录组数据进行分析,获得了草菇MADS-box转录因子基因Vvrin1。该基因全长1 392bp,含2个内含子,编码419个氨基酸残基。该转录因子含有一个MADS-box结构域,序列与双孢蘑菇Agaricus bisporus、斑玉蕈Hypsizygus marmoreus和灰盖鬼伞Coprinopsis cinerea的MADS-box转录因子相似性分别为71%、67%和61%。通过表达谱数据及荧光定量PCR分析表明Vvrin1基因在草菇子实体伸长期菌柄的表达量出现高峰,具有极显著性差异（P<0.01）,推测该转录因子参与调控草菇菌柄的伸长,菌盖的开伞。这些结果为草菇成熟衰老（特别是开伞）的调控研究提供数据支持。