Structural feature of sorghum chloroplast psbA gene and regulation effects of its 5'-noncoding region*

Comparative analysis reveals remarkable homology between the sequences of both psbA gene nucleotides and the inferred amino acids of sorghum, a C_4 plant, and those of rice, a C_3 plant. The 5'-noncoding region of sorghum psbA gene contains the conservative promoter elements, "-35" element and "-10" element, like the prokaryote and the promoter element, TATA box, like the eukaryote. As compared with that of the rice, an extra sequence of 7 bp is found in the leader sequence of the mRNA in the former. Using an in vitro system, it has been demonstrated that protein factor exists in sorghum chloroplast protein extract which specifically binds to the 5'-noncoding region of psbA gene. Measurement of the expression of luciferase shows a 2—5 time greater reaction of the expression plasmids pALqs which contain leader region of sorghum psbA gene than that of the expression plasmids pALqr which contain leader region of rice psbA gene in E. coli.     

丙型肝炎病毒高变区1模拟表位的交叉反应性分析

研究丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)高变区1(Hypervariable region 1,HVR1)抗原表位的交叉反应性,获取高反应性的抗原表位.设计并合成5种HVR1模拟表位基因,构建编码HVR1模拟表位的表达载体,表达并纯化表位蛋白.ELISA法检测表位蛋白与35份HCV抗体阳性血清的交叉反应性.包装HCV假病毒(HCV pseudotype particles,HCVpp),评价表位蛋白免疫BALB/c鼠血清在假病毒感染Huh7.5细胞中的作用.结果表明,表达纯化的5种表位蛋白(P1、P2、P5、P6、P8)均可与HCV抗体阳性血清反应,阳性反应率分别为54.3%(P1)、62.9%(P2)、80%(P5)、68.6%(P6)、54.3%(P8).表位蛋白P6、P8免疫BALB/c鼠血清对HCV假病毒感染Huh7.5细胞具明显的抑制作用.结果提示,选取的HVR1模拟表位在HCV感染免疫与疫苗研制中可能具有潜在的价值.     

京津冀地区新型城镇化对土地生态效率影响的实证分析

近年来, 城市化进程的不断推进对城市土地利用及生态环境产生了极大影响。选取城镇化发展最为迅速与典型的京津冀地区作为研究区域, 采用超效率DEA模型及Malmquist效率指数, 从经济学角度分析2006-2015年土地生态效率的时空演变, 随后, 基于人口、富裕和技术(STRIPAT)模型, 构建新型城镇化发展水平的综合指标评价体系, 分析新型城镇化对土地生态效率的影响。研究结果表明: 京津冀地区城镇化发展水平与土地生态效率之间存在显著的正相关关系, 即城镇化水平的不断提升对土地生态效率的提高具有积极作用, 各城市土地生态效率在新型城镇化发展背景下存在明显的空间差异, 此外, 土地利用与管理技术水平的提高、环境政策的改变等均会对土地生态效率的提升产生积极影响。这项研究旨在为提高城市土地管理水平, 推动城市可持续发展提供决策支持。     

不同护坡草本植物的根系特征及对土壤渗透性的影响

为明确三峡库区植被边坡植物物种根系特征与土壤渗透性之间的关系,以裸地为对照,应用WinRHIZO(Pro.2004c)根系分析系统对香根草(Vetiveria zizanioides(Lin.) Nash)、百喜草(Paspalum notatum Flugge)、狗牙根(Cynodon dactylon (L) Pers.)和紫花苜蓿(Medicago sativa L.)等4种护坡草本的根系特征进行定量分析.结果表明:(1)紫花苜蓿和香根草的根长密度和根表面积密度显著大于狗牙根和百喜草;(2)不同草本类型和同一草本不同土层之间土壤渗透性存在较大差异,且各草本土壤渗透性随土层深度的增加而降低;相对于裸地而言,4种草本均能显著增强土壤渗透性,其土壤渗透性优劣表现为:香根草＞紫花苜蓿＞百喜草＞狗牙根;(3)土壤的初始入渗率、稳渗率、平均渗透率和渗透总量等各参数均随根长密度和根表面积密度增大而增强,且与直径介于0.5-5 mm不同径级的根系特征之间存在明显的相关性,故根系对土壤渗透性的增强作用主要归功于0.5-5 mm径级的根长密度和根表面积密度;(4)根长密度、根表面积密度对考斯加科夫入渗模型参数K和a有较大影响,随着根长密度和根表面积密度的增加,表征土壤初始入渗率的K值逐渐增大,而表征入渗能力衰减的参数a逐渐减小.     

全球200:确定大尺度生物多样性优先保护的一种方法

生物多样性保护的优先性研究成为保护生物学研究的焦点之一,“全球２００”是世界自然基金会确立的旨在拯救地球上急剧损失的生物多样性优先保护区域的清单,是确定大尺度生物多样性优先保护的一种方法。本文介绍了“全球２００”的研究方法,分析了在应用中存在中存在的问题,着重讨论了“全球２００”中涉及到中国的部分以及它们与中国目前的生物多样性保护关键地区的异同。     

长江源区同域分布兔狲、藏狐和赤狐的时空重叠度

兔狲(Otocolobus manul)、藏狐(Vulpes ferrilata)和赤狐(V. vulpes)是青藏高原三江源区域分布的重要小型食肉兽。本研究于2014年6月至2019年9月在青海省长江源区沱沱河和通天河沿岸选取208个位点布设红外相机, 通过所获取的时空分布数据比较了上述3种同域分布小型食肉兽的时空利用情况。通过空间重叠度系数的比较分析, 兔狲和藏狐、兔狲和赤狐以及藏狐和赤狐之间的空间重叠度系数分别为0.25、0.48和0.17, 这表明兔狲、藏狐和赤狐三者在空间利用上存在一定的差异。通过核密度估计方法分析, 兔狲和藏狐属典型的昼行性动物, 而赤狐以夜行性活动为主。兔狲、藏狐和赤狐每个物种在冷暖两季的日活动节律重叠指数分别为0.83、0.78和0.88。两两比较分析表明, 兔狲和藏狐二者的日活动节律重叠指数最高(0.84), 兔狲和赤狐在夜间活动时段存在一定重叠(0.63), 而藏狐和赤狐的时间生态位分化最明显, 重叠指数最低(0.48)。此外, 在暖季, 两两物种之间的日活动节律重叠指数均小于其冷季的重叠指数。综上所述, 长江源区兔狲、藏狐和赤狐3种小型食肉兽可通过空间和时间资源的利用差异来降低物种间的干扰和竞争, 从而达到同域物种共存的目的。     

起始密码子下游区域AT含量优化工具BestAT的开发与应用

基因的表达水平受到起始密码子下游区域AT含量的影响,从巨大的序列集中筛选出具有特定AT含量和密码子用法特征的同义序列是一个繁琐的工作。本文研发AT含量优化工具"BestAT",初步解决了自动获取海量同义序列和充分展示同义序列的密码子用法特性两个关键问题,并且实现了与密码子用法数据库(CUD)的无缝结合,采用了密码子参数的原位标示和AT含量曲线等直观方式展示序列特性,为这类实验设计提供有力的支持。     

稻瘟病菌群体的分子遗传学研究II.广东省2000年度稻瘟病菌群体遗传结构的时空特性

利用随机扩增多态性DNA技术对广东省2000年度稻瘟病菌群体的遗传结构进行了分析。以相似性系数为0.62阀值时,可将采集于广东省三大生态稻作区、早稻和晚稻生长季节的104个菌株划分为14个遗传宗谱;其中宗谱5和宗谱8的菌株数各占总数的25%,为优势宗谱;宗谱4和12的菌株数各占总数的14.4%和9.6%,为亚优势宗谱;其余的29个菌株,分别归属于其它10个宗谱,其中有5个宗谱是单菌株宗谱。本年度稻瘟病菌群体的遗传结构呈现明显的区域性特性:遗传结构呈由北向南多样化的趋势;各个稻作区甚或亚区有其特异性的宗谱。本年度稻瘟病菌群体的遗传结构也显示分明的生长季节特性:来源于早稻和晚稻生长季节的菌株完全分属于宗谱图的上下两个半区,彼此之间不存在共同的宗谱;而且后者的遗传宗谱要比前者的复杂、多样。研究还表明,虽然稻瘟病菌群体的遗传结构2000年度与1998-1999年度的比较存在较大的差异,但是两者仍然具有良好的相承性和可比性。如何进一步验证和把握稻瘟病菌群体的遗传结构所表现出的时空特性是值得我们进一步探讨的重要课题。     

Is CD36 gene polymorphism in region encoding lipid-binding domain associated with early onset CAD?

CD36 is a fatty acid translocase in striated muscle cells and cardiomyocytes. Some study suggested that alterations in CD36 gene may be associated with coronary artery disease (CAD) risk. The aim of the current study was to compare the frequency of CD36 variants in region encoding lipid-binding domain in Caucasian patients with early-onset CAD, no-CAD adult controls and neonates. The study group comprised 100 patients with early onset CAD. The genetic control groups were 306 infants and 40 no-CAD adults aged over 70 years. Exons 4, 5 and 6 including fragments of flanking introns were studied using the denaturing high-performance liquid chromatography technique and direct sequencing. Changes detected in analyzed fragment of CD36: IVS3-6 T/C (rs3173798), IVS4-10 G/A (rs3211892), C311T (Thr104Ile, not described so far) in exon 5, G550A (Asp184Asn, rs138897347), C572T (Pro191Leu, rs143150225), G573A (Pro191Pro, rs5956) and A591T (Thr197Thr, rs141680676) in exon 6. No significant differences in the CD36 genotype, allele and haplotype frequencies were found between the three groups. Only borderline differences (p = 0.066) were found between early onset CAD patients and newborns in the frequencies of 591T allele (2.00% vs 0.50%) and CGCGCGT haplotype (2.00% vs 0.50%) with both IVS3-6C and 591T variant alleles. In conclusion, CD36 variants: rs3173798, rs3211892, rs138897347, rs5956, rs143150225 rs141680676 and C311T do not seem to be involved in the risk of early-onset CAD in Caucasian population.     

京津冀地区景观稳定性评价

景观稳定性是景观生态学中的一个复杂又重要的论题,其在景观生态学的不同研究中,研究与表征方法各异,但京津冀地区景观稳定性的研究相对较少。以京津冀地区为研究范围,以斑块密度(PD)、总边缘对比度指数(TECI)、香农多样性指数(SHDI)等6项景观指数,通过Arc GIS 10.2和Fragstats软件处理遥感影像解译数据;计算其1980、2000和2010年份的景观稳定性,并对不同年份的计算结果进行分析、评价与对比。研究表明,从1980年至2010年,京津冀地区水域湿地、耕地及林草的总面积在波动,但显然这30年间其分布呈破碎化趋势;景观极稳定及极不稳定的区域面积在不断扩大;河北南部、西北部和东北部景观极不稳定区域和北京、天津、河北西南及河北东部的极稳定区域面积在增加;北京、天津、唐山等城市景观稳定性逐步增强,而涿鹿县、文安县、宣化县等城市景观稳定性逐步降低。对景观稳定性的表征方式、分析与对比的方法做了探索,以期为今后大尺度景观稳定性的定量分析与时空对比提供参考。