卧龙自然保护区黑熊种群生存力初步分析

依据黑熊种群的相关参数,借助旋涡软件（Vortex 8.21),对卧龙自然保护区内黑熊的种群动态进行了模拟分析,结果表明：在没有近亲繁殖和食物歉收,人类诱捕等灾害影响的情况下,卧龙黑熊种群数量100年间稳步增长;而在加入近亲繁殖和灾害等因素时,种群数据下降,据此,提出了相应的保护措施和建议。     

利用Batch-ANIm快速分析无色杆菌属菌株间的亲缘关系

基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义.本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-ANIm.html).采用该工具对已测序的 109株无色杆菌属(Achromobacter)菌株进行ANIm(基于MUMmer算法)计算,共获得5 886个ANIm值.整体上,基于"100-ANIm"进化距离获得的聚类分析结果与核心基因组进化树比较一致,表明ANIm聚类分析可用于快速展示无色杆菌属菌株之间亲缘关系.很多无色杆菌属种内菌株之间的ANIm值小于95％,但种间ANIm值却大于95％,这表明从基因组水平上部分无色杆菌属菌株的分类学命名存在错误,特别是无色杆菌属的代表种A.xylosoxidans,命名为A.xylosoxidans的50个菌株,只有40个菌株真正属于A.xylosoxidans.同时,基于全基因组序列的ANI值比较可以将部分种名不确定的菌株分类学命名精确到种水平.     

系统发育谱（Phylogenetic Profile）生成软件

系统发育谱生成软件（Phylogenetie Profile Generator,PPG）采用Microsoft Visual Basic和Perl两种语言编写,将枸建系统发育谱所涉及的全部过程进行集成,用户只需提供原始的蛋白或核酸序列,软件即可生成所需的系统发育谱,并提供文本和XML两种形式的输出结果。软件具有Windows和Limix两个版本,可提供免费下载。软件下载地址：http：/／life．cnu．edu．cn／kexueyjshow．php？id=56     

应用CiteSpace对生态学科meta分析的文献计量学和可视化分析

Meta分析是针对一系列独立研究结果进行定量综合分析的方法。从20世纪90年代初开始被应用于生态学的研究中,已经对这一学科的数据汇总方式产生重大影响。为了探究meta分析方法在生态学领域的研究现状及热点,以Web of Science论文核心合集为检索数据库,通过输入关键词检索了1992至2018年之间的论文,并利用Web of Science自带的文献分析工具和Histcite对检索的文献信息进行统计分析,分析了不同年份、国家、期刊、学科基础知识论文的发表和被引情况,用CiteSpace软件对其进行热点分析并绘制了知识图谱。研究发现,我国生态学研究在meta分析方法的改进和利用方面与美国、英国等国家相比尚有差距;使用meta分析方法开展研究越来越多,但研究方向上出现了一些转变,越来越多的研究关注全球变化背景下植物光合作用、物种入侵的机理以及模拟氮循环过程对物候和植被生产力的影响及价值评估的研究,并成为本领域的研究前沿。     

数据处理和分析方法在MALDI-TOF MS鉴定微生物中的应用

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）因其具有快速、准确、高通量等特点在食品微生物检测和临床微生物鉴定领域有广泛的应用。对MALDI-TOF MS数据的预处理和分析是微生物鉴定的关键步骤,通过对数据的处理可以从大量的数据中提取微生物的特征肽或者蛋白信息,并通过有监督和无监督学习方法对这些特征信息进行分类和聚类,从而实现对微生物的鉴定、分型和同源性分析。本文就MALDI-TOF MS鉴定微生物中所应用的数理统计分析方法和数据分析软件进行综述。     

MedLab硬软件全面升级为6．0（生物信号采集处理系统等）

南京美易科技有限公司属南京江宁国家级高新技术开发区内的高新技术企业,企业拥有企业标准并已通过ISO9001：2000国际质量管理体系认证。13年来,我们一直致力于生理科学实验仪器的研制与开发。公司成员大多是高校教师,技术力量雄厚,多学科的交叉和结合,使拥有自主知识产权的MedLab（登记号：3128284）系列产品在生物信号采集处理领域处于领先地位,多项功能超过国际同类产品,并不断开发出各类实验新产品。MedLab生物信号采集处理系统已获得国家专利（专利号ZL02220911．5）并获得香港专利博览会金奖。MedLab能替代传统的多道生理记录仪、示波器、X—Y记录仪和刺激器等仪器,一机多用,功能强大,可应用于医学院、药学院、生命学院、体育学院、师范学院、农学院等生命学科的生理学、药理学、病理生理学、运动生理学和心理学等实验。     

农用抗生素2-16高产菌株选育及发酵优化组合研究

对农用抗生素2-16产生菌（Streptomyces ahygroscopicus var．huangshanensis）依次进行紫外线诱变、NTG诱变、低能碳离子注入处理,筛选获得高产菌株515号,效价较出发菌株0号提高223．10％。利用SAS软件提供的Plackett—Burman设计和响应面分析法对菌株515号的发酵培养基进行优化,采用优化培养基后效价较原始培养基提高38．53％。     

安捷伦推出汉化版ChemStation分析实验室软件

日前,安捷伦科技公司推出第一个汉化版ChemStation软件,用于分析实验室中进行仪器控制、数据采集和数据分析。中国、香港、台湾和新加坡的客户可以选择购买汉化版或英版ChemStation软件。     

A comprehensive software suite for the analysis of cDNAs

We have developed a comprehensive software suite for bioinformatics research of cDNAs; it is aimed at rapid characterization of the features of genes and the proteins they code. Methods implemented include the detection of translation initia- tion and termination signals, statistical analysis of codon usage, comparative study of amino acid composition, comparative modeling of the structures of product proteins, prediction of alternative splice forms, and metabolic pathway reconstruction. The software package is freely available under the GNU General Public License at http： / /www.g-language.org/ data/cdna/.     

蛋白质组学中色谱保留时间对齐算法的研究进展北大核心CSCD

色谱是目前蛋白质组学流程中的一个基本环节,而色谱的保留时间对齐是有效提高鉴定和定量准确性的重要步骤之一。经过多年的发展,目前已经产生了一系列保留时间对齐算法。文中主要从可用性角度对蛋白质组学分析中色谱保留时间对齐算法及工具进行了系统总结,并对其发展趋势及应用方向进行了展望。