基于宏病毒组学技术挖掘猪腹泻粪便的病毒群落组成

为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序。结果显示,测序获得了1,676,726个RNAcontig和95,111个DNAcontig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58%和3.10%。其中星状病毒科、杯状病毒科和小RNA病毒科是病毒总群落中占比最高的前3个科。虽然DNA病毒在病毒总群落中的占比较低,但其单组分环状DNA (CRESS-DNA)病毒种类丰富多样,包含有18种CRESS-DNA病毒。经基因组序列深度拼接,共获得了46条病毒全基因组序列,包括2株猪星状病毒和3株类似星状病毒、2株札幌病毒、16株小双节RNA病毒和23株CRESS-DNA病毒。其中1株札幌病毒归属于GII/3亚型,与人札幌病毒亲缘性较近。16株小双节RNA病毒中有4株归属于GGI亚型,其余12株归属于GGII亚型。23株CRESS-DNA病毒中有1株归属于类双生病毒科、12株CRESS-DNA病毒归属于小环状DNA病毒科,另外10株CRESS-DNA病毒未分类。本研究揭示现阶段猪腹泻粪便中以RNA病毒为主导,且存在宿主...     

烟草脉斑驳病毒侵染本氏烟的转录组研究

为了研究烟草脉斑驳病毒（TVMV）侵染本氏烟的抗病分子机制,本文建立了TVMV转录组数据库,挖掘抗病相关基因以及代谢和信号通路,采用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台对侵染TVMV的本氏烟进行转录组测序,并进行生物信息学分析;利用R package:edge R等软件分析了有关抗病的差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体论（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）基于途径的通路富集分析。基于TVMV侵染本氏烟转录组的测序结果中共获得4 593个差异表达基因,其中3 564个基因上调表达,1 029个基因下调表达。共筛选出10个抗病相关的差异表达显著基因,6个上调,4个下调。GO数据库中注释到生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类共50个功能组。其中,在第三大类分子功能中,蛋白质结合功能以及ATP结合功能所涉及的差异表达基因最显著,分别为501个和453个差异基因。KEGG共富集20条通路,注释到核糖体途径的差异基因富集程度最高,基因最显著,差异表达基因数为307个。蛋白质结合、ATP结合、核糖体、真核生物核糖体的生物反应、DNA复制（DNA replicat...     

热激处理的西瓜未受精胚珠转录组分析

为揭示热激影响西瓜未受精胚珠膨大的分子机理,本研究以中果型西瓜品种中科6号为试材,将当天开花的西瓜未授粉子房于37℃培养箱中进行热激处理,分别对热激处理0 h(A1)、4 h(A3)、8 h(A5)、12 h(A7)和24 h(A8)的样品取样,提取RNA并进行转录组测序.4个比较组(A3_A1、A5_A1、A7_A1...     

3D回旋仪模拟微重力效应对小鼠骨骼和代谢组学的影响

目的 3D回旋仪被广泛的应用于植物、细胞和线虫模拟微重力效应的研究中。但是尚未建立相关的啮齿类动物实验模型并探讨其作用机制。方法 将30只8周龄的雄性C57BL/J小鼠随机分成3组：独立通风笼组(MC组,n=6),生存盒组(SB组,n=12),3D回旋仪组(CS组,n=12)。实验结束后,使用Micro-CT检测小鼠左股骨丢失情况。采用代谢组学检测血清代谢物变化。结果 3D回旋仪处理后,CS组小鼠呈现出骨小梁数量减少(P<0.05)和骨小梁间距增加(P<0.5)的特征。在代谢组学中发现CS组有86种代谢物具有显著性差异。这些差异代谢物主要参与了蛋白质的消化吸收和矿物质吸收等代谢通路。结论 3D回旋仪模拟微重力效应引起了C57BL/J小鼠骨丢失和代谢物及代谢通路改变。     

脓毒症肺外感染ARDS肺部微生物组的分析

目的 分析比较脓毒症肺外感染导致的急性呼吸窘迫综合征(ARDS)患者不同预后的肺部微生组的基线水平的异同,尝试寻找肺部微生物组在ARDS疾病转归中的变化规律以及与预后相关的标志微生物。方法 收集2018年6月至2020年6月在江门市中心医院ICU收治的脓毒症肺外感染导致ARDS(ARDSexp)的病例55例和非ARDS患者对照组(Control组)25例。按照不同预后分为：存活组(ARDSexp-Survival组)20例和死亡组(ARDSexp-Dead组)35例。通过宏基因二代测序技术(mNGS)比较3组患者基线水平的支气管肺泡灌洗液间微生物的异同,尝试寻找与预后相关的标志微生物。结果 ARDSexp细菌负荷量增加。在病原微生物方面,发现大肠埃希菌(Escherichia coli)阳性检出率明显增加(P<0.05)。在背景菌方面,双歧杆菌属(Bifidobacterium)阳性检出率明显增加(P<0.05)。结论 脓毒症肺外感染ARDS肺部微生物组变化与患者预后密切相关,其中E.coli或双歧杆菌属(Bifidobacterium)的增加可能是ARDSexp死亡的危险...     

一株高效同化氨氮霉菌的筛选及其代谢组分析

【目的】本试验旨在通过筛选出一株可以高效同化氨氮的霉菌，揭示其在不同培养基中的代谢组差异和其发酵饲料的氨基酸含量变化，明确霉菌氨同化代谢机制。【方法】用(NH₄)₂SO₄为唯一氮源的培养基分别培养7株木霉(Trichoderma spp.)、7株黑曲霉(Aspergillus niger)和9株米曲霉(Aspergillus oryzae)，筛选氨氮利用率和谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase, GS)活性都较高的霉菌为供试菌株，再利用非靶向代谢组学比较供试菌株在马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextrose agar,PDA)培养基和无机氮培养基中的代谢差异，测定发酵饲料的粗蛋白质和有机氮含量，利用氨基酸靶向代谢组学解析供试菌株发酵饲料提取液中氨基酸含量变化。【结果】结果表明，筛选到的米曲霉MQ28氨氮利用率为54.46%,GS活性为0.61μmol/(h·g)，均显著高于其他菌株(P<0.05)。基于比较代谢组学分析，确定MQ28在氨同化过程中与多种氨基酸代谢密切相关。MQ28发酵使饲料粗...     

贵州台江早、中寒武世凯里组的疑源类*

产凯里生物群的台江八郎剖面凯里组疑源类组合包含 18形态属 ,2 0形态种和 11未定种 ,疑源类化石以无明显附属突起的球形亚类和翼环亚类最多 ,网面和棘剌亚类次之 ,而梭形亚类和对弧亚类很少。具有明显装饰的疑源类类型Micrhystridium ,Retisphaeridium ,Goniophaeridium仅在第 9层、第 2 1— 2 4层出现。在与国内外同期疑源类对比的基础上 ,对下、中寒武统界线进行了划分 ,划分的界线与三叶虫划分的界线位置大体一致 ,并根据疑源类组合特征 ,对沉积环境进行探讨。     

Searching for potential drug targets in two-component and phosphorelay signal-transduction systems using three-dimensional cluster analysis

Two-component and phosphorelay signal transduction systems are central components in the virulence and antimicrobial resistance responses of a number of bacterial and fungal pathogens; in some cases, these systems are essential for bacterial growth and viability. Herein, we analyze in detail the conserved surface residue clusters in the phosphotransferase domain of histidine kinases and the regulatory domain of response regulators by using complex structure-based three-dimensional cluster analysis. We also investigate the protein-protein interactions that these residue clusters participate in. The Spo0B-Spo0F complex structure was used as the reference structure, and the multiple aligned sequences of phosphotransferases and response regulators were paired correspondingly. The results show that a contiguous conserved residue cluster is formed around the active site, which crosses the interface of histidine kinases and response regulators. The conserved residue clusters of phosphotransferase and the regulatory domains are directly involved in the functional implementation of two-component signal transduction systems and are good targets for the development of novel antimicrobial agents.     

A systematical analysis of tryptic peptide identification with reverse phase liquid chromatography and electrospray ion trap mass spectrometry

In this study we systematically analyzed the elution condition of tryptic peptides and the characteristics of identified peptides in reverse phase liquid chromatography and electrospray tandem mass spectrometry (RPLC-MS/MS) analysis. Following protein digestion with trypsin, the peptide mixture was analyzed by on-line RPLC-MS/MS. Bovine serum albumin (BSA) was used to optimize acetonitrile (ACN) elution gradient for tryptic peptides, and Cytochrome C was used to retest the gradient and the sensitivity of LC-MS/MS. The characteristics of identified peptides were also analyzed. In our experiments, the suitable ACN gradient is 5% to 30% for tryptic peptide elution and the sensitivity of LC-MS/MS is 50 fmol.Analysis of the tryptic peptides demonstrated that longer (more than 10 amino acids) and multi-charge state ( 2, 3) peptides are likely to be identified, and the hydropathicity of the peptides might not be related to whether it is more likely to be identified or not. The number of identified peptides for a protein might be used to estimate its loading amount under the same sample background. Moreover, in this study the identified peptides present three types of redundancy, namely identification, charge, and sequence redundancy, which may repress low abundance protein identification.     

辽西义县组长节锯蜂科(昆虫纲,膜翅目)昆虫化石

描述产自辽宁西部北票上园地区和凌源大王杖子义县组长节锯蜂科（Ｘｙｅｌｉｄａｅ）巨长节锯蜂亚科（Ｍａｃｒｏｘｙｅｌｉｎａｅ）昆虫化石１２种,归于４族８属,其中６新属１２新种,包括Ａｎｇａｒｉｄｙｅｌａ ｒｏｂｕｓｔａ ｓｐ．ｎｏｖ．,Ａｎｇａｒｉｄｙｅｌａ ｅｘｃｕｌｐｔａ ｓｐ．ｎｏｖ．,Ａｎｇａｒｉｄｙｅｌａ ｓｕｓｐｅｃｔａ ｓｐ．ｎｏｖ．,Ａｎｇａｒｉｄｙｅｌａ ｅｎｄｅｍｉｃａ ｓｐ．ｎｏ