一种来自于土壤宏基因组文库的AprN基因的鉴定

宏基因组文库技术的发展拓宽了酶学的研究范围,从而导致了一系列新型的生物催化剂被发现和鉴定。采用蛋白酶的活性筛选策略,从已构建的碱性污染土壤宏基因组文库分离得到了一个表达蛋白酶的阳性克隆。生物信息学分析表明该克隆所包含的外源DNA片断编码一个由381个氨基酸编码组成的多肽,该多肽大约为39kDa,等电点为8.91。BLAST软件分析该外源DNA片断包含一个完整的碱性蛋白酶基因（ap01）,GC含量为46.3%。相关酶学数据表明该阳性克隆所分泌的碱性蛋白酶最适作用pH值为9.5,最佳作用温度为40℃。     

非洲山毛豆叶片蛋白组双向电泳样品制备方法的建立

以非洲山毛豆叶片为材料,对非洲山毛豆总蛋白质3种提取方法(TCA/丙酮沉淀法、尿素/硫脲法和酚-甲醇/醋酸铵沉淀法)以及3种蛋白裂解液进行比较分析。结果表明,采用酚-甲醇/醋酸铵沉淀法提取非洲山毛豆叶片总蛋白,用蛋白裂解液(7mol/L尿素,2mol/L硫脲,4%CHAPS,40mmol/LTris-base,1%Bio-LytepH3.5-10,65mmol/LDTT)裂解蛋白1h,2-DE图谱分离到的蛋白点效果最好。此方法适合于色素、多酚及黄酮类次生代谢物含量较多的非洲山毛豆叶片总蛋白制备方法。     

新一代测序技术的发展及应用前景

Sanger测序的提出给人类破译遗传密码提供了强有力的工具。而近几年飞速发展起来的高通量测序技术无论在成本还是效率上,都对传统测序提出了巨大的挑战。千元人类基因组计划的公布更是加快了测序研发的进程。通过下一代测序技术,科学家不仅能够绘制出各个物种的基因组图谱,还能探讨不同条件下的基因表达差异以及不同物种之间或者物种之内的序列差异,进而为传统生物学以及医学研究开辟新的视角。与此同时,随着各大测序平台的不断改进,普通实验室都有能力承担此类大型测序项目。就目前正在发展的几种高通量测序技术进行了综合阐述,并比较了各种测序技术的优缺点,最后对其应用领域作了简单介绍。     

动物snmRNA的系统识别与鉴定

小分子非编码RNA(snmRNA)在调控基因的转录和转录后加工、细胞分化和个体发育、遗传和表观遗传等几乎所有的重要生命活动中发挥关键作用。建立和发展snmRNA研究技术,系统地发现和注释基因组中的snmRNA基因并阐明其生物学意义是当前RNA组学的首要任务。围绕snmRNA的系统识别与鉴定等问题,该文对近年来采用实验技术和计算机预测方法发掘snmRNA所取得的主要研究成果进行综述。     

温室黄瓜根结线虫发生地土壤微生物宏基因组文库的构建及其一个杀线虫蛋白酶基因的筛选

【目的】本研究旨在通过非培养手段构建和筛选宏基因组文库,以求找到新型的杀线虫蛋白酶基因。【方法】采用密度梯度离心法提取和纯化温室土壤微生物总DNA,经平末端、连接、包装、转染后,构建宏基因组Fosmid文库,同时,以脱脂奶为底物,以根结线虫为靶标,对文库进行功能初筛。【结果】该文库库容31008个克隆,平均插入片段36.5kb,包含1.13Gbp的微生物基因组信息,适合大规模的微生物功能基因筛选,通过功能初筛,筛选到1个含杀线虫蛋白酶基因的Fosmid克隆(pro12)。进一步构建和筛选出亚克隆(espro124a5),通过对基因结构进行了初步分析发现:espro124a5是一种分泌型胞外蛋白酶,与来自于Maricaulis maris MCS10(accession no.YP_756822at NCBI)的丝氨酸蛋白酶S15仅有45%的同源性,是一种新型的丝氨酸蛋白酶,有其保守的催化三元组:Asp469、His541和Ser348。【结论】密度梯度离心法提取到的DNA纯度高、片段长,完全能满足构建宏基因组Fosmid文库的要求;同时,构建的宏基因组Fosmid文库库容大,有利于我们从中筛选其他的微生物基因资源。     

Study of Completed Archaeal Genomes and Proteomes： Hypothesis of Strong Mutational AT Pressure Existed in Their Common Predecessor

The number of completely sequenced archaeal genomes has been sufficient for a large-scale bioinformatic study.We have conducted analyses for each coding region from 36 archaeal genomes using the original CGS algorithm by calculating the total GC content(G+C),GC content in first,second and third codon positions as well as in fourfold and twofold degenerated sites from third codon positions,levels of arginine codon usage(Arg2:AGA/G;Arg4:CGX),levels of amino acid usage and the entropy of amino acid content distribution.In archaeal genomes with strong GC pressure,arginine is coded preferably by GC-rich Arg4 codons,whereas in most of archaeal genomes with G+C0.6,arginine is coded preferably by AT-rich Arg2 codons.In the genome of Haloquadratum walsbyi,which is closely related to GC-rich archaea,GC content has decreased mostly in third codon positions,while Arg4Arg2 bias still persists.Proteomes of archaeal species carry characteristic amino acid biases:levels of isoleucine and lysine are elevated,while levels of alanine,histidine,glutamine and cytosine are relatively decreased.Numerous genomic and proteomic biases observed can be explained by the hypothesis of previously existed strong mutational AT pressure in the common predecessor of all archaea.     

缺血后处理兔心肌蛋白质组学双向凝胶电泳分析的初步研究

目的:研究缺血后处理对缺血再灌注心肌保护的相关蛋白的变化。方法:将6只新西兰大白兔随机分为两组(每组3只):心肌缺血再灌注对照组(I/R组)和缺血后处理组(P组)。两组均接受左冠状动脉前降支阻断30min,开放再灌注180min。缺血后处理组,结扎LAD30min,然后灌注30s,阻断30s,重复4次,继而再灌注直至180min,分别取各组缺血区心肌进行二维凝胶电泳,利用ImageMaster2D软件分析实验结果。结果:P组和I/R组对比,有11个蛋白表达发生了显著变化,其中表达增强的有7个蛋白,表达降低的有4个蛋白。结论:这些差异表达的蛋白可能在缺血后处理对心肌缺血再灌注损伤的保护中发挥了作用。     

两株地理隔离的桦褐孔菌深层发酵产生抗氧化次生代谢产物的代谢组学分析

采用基于核磁共振代谢组学的方法研究了两株地理隔离的桦褐孔菌中国牡丹江菌株(IOM)和芬兰万塔菌株(IOV)在深层培养过程中主要代谢产物组成的差异。IOM和IOV两菌株在培养过程中积累菌丝体生物量、菌丝体酚类(TMP)以及三萜化合物(TMT)的过程相似,但IOM菌株产生较高水平的TMP。代谢产物组成动力学比较结果表明,IOM在第3天含有较高水平的硬毛素类似物、桦褐孔菌二糖和TMT,但在第5天均有所下降。导致这些差异的代谢产物为fuscoparianolD,21,24-羊毛甾-7,9(11),23-三烯-3β,22,25-三醇,羊毛甾-8,23-二烯-3β,22,25-三醇,23,24-环戊羊毛甾-3β,21,25-三醇-8-烯,桦褐孔菌二糖,phelligridinsC,D及H,甲基地花菌素A和C,地花菌素B,davallialactone及methyl davallialactone。这些代谢产物在IOV的提取物中均参与清除自由基,而在IOM的提取物中主要是酚类化合物参与自由基的清除。两菌株的这些差异反应了环境条件对桦褐孔菌生长及代谢的影响,即不仅影响其次生代谢产物的合成,还影响代谢产物在防止细胞氧化损伤过程中所起的作用。     

组蛋白酶D与恶性肿瘤的相关性研究

组蛋白酶D是绝大多数真核细胞溶酶体内的主要成分之一,在正常生理务件下,参与细胞的生长调控,然而,当机体细胞微环境发生异常改变时,它能降解细胞间质、促进细胞分裂增殖和血管生成等功能.近年来,普遍认为,其表达失调与恶性肿瘤的复发和转移密切相关,且可能是肿瘤预后判断的一个生物标记,本文主要就其与恶性肿瘤的相关性进展加以综述.