High-resolution 3D structures reveal the biological functions of reoviruses

Viruses in the family Reoviridae are non-enveloped particles comprising a segmented double-stranded RNA genome surrounded by a two-layered or multi-layered icosahedral protein capsid. These viruses are classified into two sub-families based on their particle structural organization. Recent studies have focused on high-resolution three-dimensional structures of reovirus particles by using cryo-electron microscopy （cryo-EM） to approach the resolutions seen in X-ray crystallographic structures. The results of cryo-EM image reconstructions allow tracing of most of the protein side chains, and thus permit integration of structural and functional information into a coherent mechanism for reovirus assembly and entry.     

南海北部更新世高分辨率孢粉序列与气候变化

依据南海ODP1144站下段（225.7-501.3m,ca.0.36-1.02Ma)孢粉记录,将1144站下段225.7-501.3m划分19个组合带（11-29）,并分别与氧同位素11-29期（MISs11-29)相对应。冰期时,花粉总沉积率增加,孢粉组合以松粉（Pinus),蕨类植物孢子（Fern)含量降低,草木植物花粉（Herb)含量增加为特征。气候干冷;间冰期时,则相反,间冰期孢粉组合特征反映其气候特征与现代相似,约0.82Ma后孢粉组合中的热带山地针叶类分子叶枝杉（Phyllocladus)的出现,以及草本植物禾本科（Gramineae),莎草科（Cyperaceae)取代耐干冷的蒿属（Artemisia),可能与夏季风增强有关,这一现象可与中国第四纪黄土-古土壤记录进行比较。     

种植转Bt基因水稻对土壤酶活性的影响

转Bt基因及非Bt基因水稻的盆栽试验研究表明,转Bt基因水稻在生长发育过程中可以向土壤中释放杀虫晶体蛋白,而且杀虫晶体蛋白的释放量与水稻生长发育时间有关;与非Bt基因水稻相比,转Bt基因水稻生长15d时,土壤脲酶活性显著下降(降幅为2．47％),土壤酸性磷酸酶活性显著升高(增幅为8．91％),而土壤芳基硫酸酯酶、蔗糖酶和脱氢酶活性的变化差异不显著;生长30d时,土壤脲酶活性仍显著下降(降幅为16．36％),土壤酸性磷酸酶、芳基硫酸酯酶和脱氢酶活性显著升高(增幅分别为35．69％,19．70％和16．83％),而土壤蔗糖酶活性变化差异仍不显著。     

斯洛文尼亚典型岩溶区土壤剖面CO2冬季动态变化特征

土壤CO₂是岩溶作用的重要驱动力,也是陆地生态系统碳循环与岩溶碳循环的纽带。选择斯洛文尼亚典型岩溶区草地生态系统土壤剖面,开展大气与土壤CO₂、土壤水分与土壤温度等指标高分辨率监测,分析不同指标动态变化、分层效应及相互关系。结果表明,土壤温度、水分和CO₂含量变幅分别为3.8—12.9℃、26.9%—34.7%和(682—6760)×10^-6。土壤温度变化趋势与气温变化一致,上部土壤层随气温出现昼夜变化,响应敏感,下部土壤层则表现为多日变化;土壤水分变化主要受降雨控制,对降雨过程响应及时,不同深度分层效应显著,上部与下部含量较高,暗示草地根系有利于土壤水分保持,土岩界面的存在可能是下部保持较高水分的原因。土壤CO₂含量总体上受土温控制,随着深度增加逐渐升高。降雨过程中,不同深度土壤CO₂含量均有不同程度且较快速的升降现象,暗示雨水入渗土壤层后产生的活塞效应和随后的向下迁移是导致土壤CO₂含量陡升陡降的主要原因。从降雨过程大气CO     

应用高分辨率熔解曲线分析石蜡标本中KRAS基因突变

目的:KRAS基因在结直肠癌患者突变率为30％～50％,并且KRAS基因状态与抗EGFR抗体疗效的密切相关.常用的直接测序法其检测灵敏度低、容易出现假阴性结果.采用高分辨率溶解曲线分析法检测结直肠癌中KRAS基因突变,探索其应用于临床检测的可行性.方法:本文收集20例结直肠癌患者石蜡包埋组织标本,应用高分辨率熔解曲线方法检测KRAS基因突变(2,3号外显子).将KRAS基因突变型DNA(p.G12D)和野生型DNA梯度混合稀释,突变型DNA浓度分别为40％、20％、10％、2％,进行高分辨率熔解曲线方法进行检测,并将扩增产物进行直接测序,比较两种方法的灵敏度.结果:在20例结直肠癌患者中检出5例2号外显子突变,p.G12D 2例,p.G12V 2例,p.G13D 1例,3号外显子未检出突变.HRM方法检测基因突变的检出限可达2％,直接测序法检测基因突变的检出限为20％.结论:HRM法比直接测序法灵敏度高,能精确检测出结直肠癌石蜡标本中低浓度的KRAS突变,有望应用于临床基因突变检测.     

High-Resolution Crystal Structure and Redox Properties of Chloroplastic Triosephosphate Isomerase from Chlamydomonas reinhardtii

Triosephosphate isomerase （TPI） catalyzes the interconversion of glyceraldehyde-3-phosphate to dihydroxyacetone phosphate. Photosynthetic organisms generally contain two isoforms of TPI located in both cytoplasm and chloroplasts. While the cytoplasmic TPI is involved in the glycolysis, the chloroplastic isoform participates in the Calvin-Benson cycle, a key photosynthetic process responsible for carbon fixation. Compared with its cytoplasmic counterpart, the functional features of chloroplastic TPI have been poorly investigated and its three-dimensional structure has not been solved. Recently, several studies proposed TPI as a potential target of different redox modifications including dithiol/disulfide interchanges, glutathionylation, and nitrosylation. However, neither the effects on protein activity nor the molecular mechanisms underlying these redox modifications have been investigated. Here, we have produced recombinantly and purified TPI from the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii （Cr）. The biochemical properties of the enzyme were delineated and its crystallographic structure was determined at a resolution of 1.1 A. CrTPI is a homodimer with subunits containing the typical （β/α）8-barrel fold. Although no evidence for TRX regulation was obtained, CrTPI was found to undergo glutathionylation by oxidized glutathione and trans-nitrosylation by nitrosoglutathione, confirming its sensitivity to multiple redox modifications.     

基于高分辨率卫星遥感影像的2003-2009年崂山自然保护区景观格局动态变化分析

崂山自然保护区是我国同纬度地区植物种类最多、植物区系成分最复杂的地带,也是迁徙候鸟的重要中转站和栖息地。本文基于崂山自然保护区2003年和2009年的高分辨率卫星遥感影像进行生态系统分类,开展景观格局动态变化分析。研究发现：2003年到2009年间,针阔混交林和旱地的面积呈减少趋势,而居住地、工业用地和交通用地等与人类活动关系密切的景观类型则增加;整体而言,生态系统类型并没有增加,景观内部各斑块类型面积分配比例趋向均衡,其中核心区基本保持不变,而缓冲区和实验区景观内部各斑块破碎化程度加重,趋向小块离散分布;缓冲区和实验区的农田转化为居住地、工业用地和交通用地,其中实验区变化最为剧烈,主要受人为驱动力影响,实验区长期处于无监管状态,是其剧烈变化的最主要原因。     

高分辨率熔解曲线法检测CYP4A118590T＞C单核苷酸多态性

目的 建立CYP4A11 8590T＞C单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）的高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）检测方法.方法先采用温度梯度PCR,确定适宜的退火温度;再利用正交试验,优化引物、DNA模板量和Mg2＋量,最终确定PCR反应体系和反应条件.通过对607例无血缘关系的受试者基因组DNA进行HRM分析,并随机选择50例产物测序.结果 引物最适退火温度为57.8 ℃;PCR最佳反应体系为20 μl,包括2×conc dNTP mix 10 μl,上下游引物（10 μmol/L）各0.5 μl,DNA溶液（30 ng/μl）1.0 μl,Mg2＋（2.5 mmol/L）1.5 μl和灭菌水6.5 μl.607例受试者中CYP4A11 8590TT、TC和CC基因型频率分别为54.7 %、37.6 %和7.7 %.结论该正交试验优化的HRM技术可用于检测CYP4A11 8590T＞C单核苷酸多态性,且其分析结果和测序结果一致.     

辅助数据在面向对象分类方法中的应用——以密云水库上游为例

密云水库上游位于华北平原向蒙古高原的过渡带内,自然条件差异大,人类活动对该区域影响显著。因此,对该地区土地覆盖类型遥感监测方法的研究具有典型的指导意义。基于高分辨率遥感影像,着重探讨辅助数据在面向对象分类方法中的应用,对密云水库上游地区的土地覆盖进行分类提取。结果显示,研究区内共包含26类土地覆盖类型,其中落叶阔叶灌木林、落叶阔叶林、草丛以及旱地,这4种类型的面积占总面积的85%,是全区的主要土地覆盖类型。在分类时,采用多源异构辅助数据,研究了北方山区常绿针叶林、旱地等土地覆盖类型的识别方法,有效降低了"同物异谱"和"同谱异物"现象对分类精度的影响。     

孤立性肺结节患者血清CEA、NSE、Cyfra21-1水平与结节直径的关系及联合高分辨率CT的诊断价值研究

摘要 目的：研究孤立性肺结节（SPN）患者血清癌胚抗原（CEA）、神经特异性烯醇化酶（NSE）、细胞角蛋白19片段（Cyfra21-1）水平与结节直径的关系及联合高分辨率CT的诊断价值。方法：将医院从2017年3月～2020年3月期间收治的SPN患者154例纳入研究。根据术后病理检查结果分为恶性结节组104例和良性结节组50例。对所有患者均进行高分辨率CT胸部增强扫描,并比较不同结节患者的CT影像征象表现。此外,检测并比较不同结节患者的血清CEA、NSE、Cyfra21-1水平,分析血清CEA、NSE、Cyfra21-1与结节直径的关系。通过受试者工作特征（ROC）曲线分析血清CEA、NSE、Cyfra21-1水平联合高分辨率CT诊断SPN良恶性的效能。结果：肺恶性结节患者胸部CT影像征象表现为毛刺征、深分叶征、胸膜凹陷征、血管集数征、棘突征人数占比均高于良性结节,而钙化征人数占比低于良性结节（均P＜0.05）。肺恶性结节患者的血清CEA、NSE、Cyfra21-1水平均明显高于良性结节患者（均P＜0.05）。结节最大直径＞2.0 cm的SPN患者血清CEA明显高于结节最大直径1.0～2.0 cm患者,而结节最大直径1.0～2.0 cm患者血清CEA明显高于结节最大直径＜1.0c m患者（均P＜0.05）;且经Spearman相关性分析显示,血清CEA水平与SPN患者结节直径呈正相关,而血清NSE、Cyfra21-1水平与SPN患者结节直径无相关性。经ROC曲线分析可得,血清CEA、NSE、Cyfra21-1联合高分辨率CT诊断SPN良恶性的曲线下面积、灵敏度、特异度均明显高于上述各项血清学指标和高分辨率CT单独诊断。结论：SPN患者血清CEA水平与结节直径呈正相关,而血清NSE、Cyfra21-1水平与结节直径无明显相关,血清CEA、NSE、Cyfra21-1联合高分辨率CT诊断SPN良恶性的价值较高。