A Method for Identification of Selenoprotein Genes in Archaeal Genomes

The genetic codon UGA has a dual function: serving as a terminator and encoding selenocysteine. However, most popular gene annotation programs only take it as a stop signal, resulting in misannotation or completely missing selenoprotein genes. We developed a computational method named Asec-Prediction that is specific for the prediction of archaeal selenoprotein genes. To evaluate its effectiveness, we first applied it to 14 archaeal genomes with previously known selenoprotein genes, and Asec-Prediction identified all reported selenoprotein genes without redundant results. When we applied it to 12 archaeal genomes that had not been researched for selenoprotein genes, Asec-Prediction detected a novel selenoprotein gene in Methanosarcina acetivorans. Further evidence was also collected to support that the predicted gene should be a real selenoprotein gene. The result shows that Asec-Prediction is effective for the prediction of archaeal selenoprotein genes.     

全球经济不景气，欢美在制药领域投资各异

自爆发金融危机以来,向风险企业的投资额呈整体下降的趋势,但是对制药风险企业的资金供给从来没有停止过。在制药领域,原来的投资资金基本上是作为临床研究等的研究开发费使用的,无论市场是否景气．总是需要资金的。     

转基因作物增强抗农业病菌能力

研究人员将野生植物中的一种基因移植到病害风险大的西红柿和土豆中,结果增加了这些植物抵抗农业病菌的能力。新成果发表在3月的《自然一生物技术》期刊上,如果这一结果能广泛地复制,那么它将在减少作物大量损失的同时,避免杀虫剂使用所造成的环境、健康和成本问题。     

火炬松DREB1基因的电子克隆与生物信息学分析

利用来自Forest TreeDB数据库中热胁迫cDNA文库ESTs聚类、拼接组装的Unigene以及基因GO注释,得到了假定的火炬松DREB1基因,全长1 293bp,具有完整的蛋白编码框的cDNA序列。采用DNAMAN软件分析碱基组成、限制酶切位点和重复序列等,结果发现,该序列与其他物种中克隆得到的DREB1具有较高的同源性,初步断定所电子克隆得到的cDNA序列为火炬松DREB1基因(PteaDREB1)。在此基础上,利用网上的公共数据库和相关软件(Antheprot等)对PteaDREB1编码的理化性质和一级结构进行分析,并模拟了其二级结构和三级结构。结果表明,该蛋白为疏水性非球形可溶蛋白,含有295个氨基酸,分子量为32.4kD,等电点为8.22;其二级结构以螺旋和卷曲为主,三级结构具有DREB蛋白家族中典型的结合DNA的AP2结构域。这进一步说明所克隆到的cDNA片断为火炬松DREB1基因。上述研究结果可为PteaDREB1基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用奠定基础,具有一定的现实意义和应用前景。     

沈阳细河水中多环芳烃的分布、来源及生态风险评价

通过测定不同季节细河水中多环芳烃(PAHs)的含量,研究了细河水中PAHs的分布,探讨了PAHs的来源,评价了其生态风险。细河水中6月(夏季)16种PAHs的含量为0.214～0.857μg·L-1,平均为0.562μg·L-1;9月(秋季)水中PAHs含量为0.195～0.633μg·L-1,平均0.380μg·L-1;11月(冬季)水中PAHs含量为0.122～0.486μg.L-1,平均含量为0.236μg·L-1。苯并(a)芘含量明显高于国家地表水环境质量标准(GB3838-2002);对细河水中PAHs污染来源分析发现,6月和9月PAHs的主要来源为石油污染和石油及其精炼产品的燃烧;通过商值法对细河的初步风险评价表明,细河水中苯并(a)芘存在较大的生态风险,应引起关注。     

江淮地区小麦涝渍灾害风险评估与区划

基于灾害风险分析理论,根据历年气候资料,小麦生长发育、种植面积和产量资料,对江淮地区各县小麦涝渍脆弱性、自然气候风险、灾损风险和抗灾能力等方面进行分析评估,建立了包括涝渍脆弱度、气候风险指数、灾损风险指数、涝渍综合风险评估系数等不同的涝渍风险表征模型,并构建了涝渍综合风险评估系数作为区划指标,对江淮地区小麦涝渍灾害风险进行了空间区域划分。结果表明:涝渍脆弱度、气候风险指数、灾损风险指数和抗灾力系数4个因子的组合,可以较好地反映江淮地区小麦涝渍风险特征;按照高、较高、中和低4个等级对小麦涝渍综合风险进行了区划;安徽省江淮南部为高风险区;沿淮中部以及江淮中部南部、沿洪泽湖区域为涝渍较高风险区;河南省33°N以南区域、以及安徽、江苏省淮北中部区域为涝渍中风险区;33°N以北地区为涝渍低风险区。     

微生物宏基因组数据分析方法研究进展

随着测序技术的迅速发展,人们对宏基因组的研究逐渐深入。通过宏基因组学对微生物群落的测序和分析,以理解微生物组成与环境之间的相互作用。微生物宏基因组的分析摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,并获得了微生物群落的相对丰度和群落的功能等信息。用于微生物数据分析的工具和软件较多,对于研究者选择合适的分析方法具有一定困难。概述了微生物宏基因组分析方法的流程,总结了分析中常用的工具及软件,为研究者快速筛选分析方法,揭示数据背后的生物学意义提供参考。     

基于多源异构大数据挖掘的流感病毒防控预测预警平台构建研究

流感传播速度快,病原变异频繁,影响范围广,对其快速反应与防范对全球来说仍然是一个严重的挑战。医疗卫生和高通量测序技术的组合产生了非常复杂可变的海量的异质异构数据集,对其实现整合挖掘分析是个重要任务。现有逐级上报方式的流感监测体系存在分析结果滞后(1～2周)的问题,与流感病毒变异和传播速度快形成尖锐矛盾。因此,实时而全面的了解其流行动态非常必要。基于以上原因,建立统一的大数据平台,整合不同来源、不同结构的监测数据和特定算法及模型,对信息加以分析利用,并对病毒的流行、发展、变异、控制和反馈进行全生命周期的监控,通过时间、地域、环境和病毒之间的关联性等综合分析,形成一个高效安全、快速稳定,且准确及时的流感地理信息图谱预测预警系统,成为提升流感中心信息管理水平的必由之路。     

基于多源异构大数据挖掘的流感病毒防控预测预警平台构建研究 *

流感传播速度快,病原变异频繁,影响范围广,对其快速反应与防范对全球来说仍然是一个严重的挑战。医疗卫生和高通量测序技术的组合产生了非常复杂可变的海量的异质异构数据集,对其实现整合挖掘分析是个重要任务。现有逐级上报方式的流感监测体系存在分析结果滞后(1~2周)的问题,与流感病毒变异和传播速度快形成尖锐矛盾。因此,实时而全面的了解其流行动态非常必要。基于以上原因,建立统一的大数据平台,整合不同来源、不同结构的监测数据和特定算法及模型,对信息加以分析利用,并对病毒的流行、发展、变异、控制和反馈进行全生命周期的监控,通过时间、地域、环境和病毒之间的关联性等综合分析,形成一个高效安全、快速稳定,且准确及时的流感地理信息图谱预测预警系统,成为提升流感中心信息管理水平的必由之路。